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利用谱图校正提高色谱-质谱联用的分析效率: 2014年; 在使用对二甲基亚砜(DMSO)和NEDD8激活酶抑制剂(MLN4924,MLN)刺激的人脐静脉内皮细胞(HUVEC)内的蛋白质进行分析的过程中,利用Progenesis LC-M S软件对色谱图进行了保留时间的校正,并比较了同组分多次重复实验中的谱图相似率及两种刺激下细胞内蛋白质色谱图的相似度。样品经双酶切处理后,加入QconC AT标准蛋白质混合物作为参照,经高效液相色谱-串级质谱分离,后续又对谱图进行了校正与分析。经过谱图校正,将蛋白质鉴定结果从7 000个左右提高到8 000个以上,提高了蛋白质的鉴定效率。在利用谱图计数进行相对定量时,还分析了DMSO和MLN分别刺激HUVEC后细胞内的蛋白质差异在1 000个左右,并给出了校正后的色谱总离子流图的相似度比较。相比其他方法更为简单快捷和流程化,具有高通量高灵敏度的优点。; 陆文渊张扬沈诚频殷薛飞刘晓慧杨芃原; 关键词：蛋白质分析

基于长柱的一维nanoLC-MS/MS的蛋白质分离鉴定: 蛋白质组学研究的样品组成复杂,需要对样品通过分离后进行检测。大规模蛋白质组学的研究通常使用多维液相色谱对酶解后肽段进行分离并利用串联质谱技术进行定性和定量研究。但是多维分离的方法通常要消耗两到三天的时间,处理过程复杂,增...; 殷薛飞刘晓慧张扬申华莉晏国全陆豪杰杨芃原; 关键词：LC-MS/MS 长柱

应用8标iTRAQ技术结合2D LC-MS/MS分析大鼠再生肝的差异蛋白质组被引量：5: 2010年; 首次应用8标iTRAQ(Isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术结合2D LC-MS/MS(Two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry),以部分肝切除的大鼠为模型,全面分析了再生早期(6、12 h)、中期(24、48 h)和晚期(72、120 h)肝脏蛋白质的表达差异。共鉴定357种蛋白质,6个时间点共有60种蛋白质的表达量与对照组(手术切下的正常肝组织)有显著差异。其中,ADH1(Alcohol dehy-drogenase 1)和PRDX1(Peroxiredoxin 1)等的表达变化趋势与已有报道相同,GO(Gene ontology)的蛋白质功能注释提示ADH1、CAT(Catalase)、ENO1(Enolase 1)和APOA1(Apolipoprotein A-Ⅰ)等可能通过影响细胞凋亡和能量供给等方式参与肝再生调控。聚类分析表明,术后12 h和24 h蛋白质的整体表达模式相似,6 h与此二者相近,48 h和72 h相似,而120 h与这些时间点相差最远。该研究验证了8标iTRAQ是并行处理多组样本的有效技术,适合于生理和病理过程多时间点蛋白质组的定量差异分析,可以监控关键分子的动态变化,更易发掘重要的调控靶点分子。该文为进一步探讨肝再生机理提供了有价值的线索。; 张一甫秦兆宇刘晓慧林成招贺福初; 关键词：ITRAQ LC-MS/MS 肝脏再生差异蛋白质组

蛋白质质谱检测技术在临床中的应用被引量：4: 2019年; 质谱技术前期在大分子离子化技术与仪器技术以及蛋白质质谱(组)定性定量方法学的进展,为临床蛋白质质谱的应用奠定了技术基础。由于蛋白质是生命的执行体,蛋白的表达与否和表达量与人们的健康情况及疾病状态紧密的相连,人类蛋白质组计划的实施推动了医学界对临床蛋白质检测和临床蛋白质组的关注和应用,以蛋白质组学驱动的精准医学很快将和以基因组学驱动的精准医学并驾齐驱。通过重点介绍蛋白质质谱定性和定量技术的进展,总结如何通过临床质谱和临床蛋白质组方法,尤其是采用三重四级杆质谱和同位素标记参比的多重反应监测质谱方法,寻找重要疾病的临床标志物群的技术路线和方案。; 刘晓慧刘晓慧张莹申华莉刘宝红张莹; 关键词：蛋白质多肽标志物多反应监测

基于一维长柱液相色谱串联质谱的蛋白质组分离鉴定方法: 本发明属生物技术领域，涉及基于一维长柱液相色谱串联质谱的蛋白质组分离鉴定方法。该鉴定方法使用50cm的反相色谱柱，采用一维长梯度对蛋白质组学样品进行分离，经电喷雾电离，串联质谱进行一维蛋白质组分离鉴定，使用结果表明，本鉴...; 杨芃原陆豪杰殷薛飞刘晓慧申华莉晏国全陈晨; 文献传递

一种疾病蛋白质生物标志物鉴定方法: 本发明涉及一种疾病蛋白质生物标志物鉴定方法，包括以下步骤：S1、针对单一或复杂疾病筛选候选蛋白；S2、通过确认疾病靶蛋白，进而预测靶肽段以及其保留时间和可检出性；S3、通过预测靶肽段以及其保留时间和可检出性信息构建靶向蛋...; 刘晓慧熊悦婷杨芃原

基于氨基酸座次信息的肽段保留时间精准预测: 基于液相色谱良好的重复性,保留时间可视作肽段自身极其重要的性质。在目标蛋白质组研究和DIA实验中,肽段保留时间得到了愈来愈多的重视。对肽段保留时间的预测,一直以来都是极其重要的研究,其中利用机器学习方法来对肽段保留时间进...; 陆文渊刘晓慧杨芃原; 关键词：氨基酸反相液相色谱; 文献传递

表达蛋白质质谱分析被引量：2: 2014年; 对基因编码的蛋白质进行系统分析可以为注释基因组信息和研究疾病发生机理提供参考.质谱因其高通量、高灵敏度和高精度等特点成为蛋白质表达谱研究的核心技术.过去10年,质谱技术的发展大大促进了蛋白质表达谱的研究.本文综述了蛋白质表达谱的定性和定量研究进展,并展望了进一步的研究方向.; 刘晓慧殷薛飞申华莉陆豪杰杨芃原; 关键词：质谱

颅内动脉瘤诊断血清标志物以及预测颅内动脉瘤破裂潜能血清标志物: 本发明涉及颅内动脉瘤诊断血清标志物以及预测颅内动脉瘤破裂潜能血清标志物。颅内动脉瘤诊断血清标志物选自以下蛋白因子中的一种或几种：PRTN3、CTSG、PDLIM1、MMP9、IGKV3‑20、MPO、PROC、LTF、F...; 刘晓慧熊悦婷郑永涛冷冰杨芃原

一组蛋白作为肿瘤标志物在制备恶性肿瘤诊断试剂和试剂盒中的用途: 本发明属生物学和医学检验领域，涉及一组肿瘤生物标志物及其应用，具体涉及一组蛋白作为新的肿瘤标志物以及用于诊断肿瘤的发生和预后的方法和制备试剂盒。本发明提供了特异的一组蛋白包括APOE、ITIH3、APOA1、APOL1作...; 刘晓慧郑卫敏王万胜刘凌晓娄文辉王小林杨芃原; 文献传递

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刘晓慧