张德礼
- 作品数：24 被引量：124H指数：6
- 供职机构：清华大学信息科学技术学院自动化系更多>>
- 发文基金：国家火炬计划国家自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 优劣环境交替性生物循环选育的理论与技术体系和应用被引量：1
- 2003年
- 张德礼李衍达黄高升朱关福方福德
- 关键词：病毒疫苗恶性横纹肌样瘤水貂细小病毒
- 人类新基因的电子克隆、实验确认与功能分析
- 该研究旨在采用电子克隆法发现具有自主知识产权和重要功能的人类新基因并经实验初步证实,为国内采用生物信息学方法克隆新基因开辟道路,并力求为国际同行提供成功的新经验、新思路.在人类疾病或功能基因组学方面,从PubMed公布基...
- 张德礼
- 关键词：人类基因组表达序列标签电子克隆生物信息学
- 类固醇5-α还原酶样基因Srd5α2l2的克隆及表达分析
- 2003年
- 采用表达序列标签 (EST)介导的基因克隆和表达谱分析 ,从小鼠心脏克隆了一个cDNA为 2 3 4 8bp ,主要在心脏表达的新基因Srd5α2l2 (GenBankAccNo .AF5483 65) .该基因由 12个外显子组成 ,3′非翻译区富含ATTTA序列 ,最大开放阅读框编码一个由 3 61个氨基酸组成的假定蛋白 ,该蛋白质C端含有类固醇 5 α还原酶的保守结构域 (3 oxo 5 alpha steroid 4 dehydrogenase ,STEROID_DH ) .生物信息学分析表明 ,人cDNA克隆DKFZp3 13D0 82 9(AL83 3 10 8)是Srd5α2l2的人同源基因 .经同源性检索 ,支持Srd5α2l2的全部 41条EST中 2 5条来自小鼠心脏组织 .RT PCR检测初步证实 ,该基因主要在心脏中表达 ,而在其他组织中不表达或弱表达 .综合考虑Srd5α2l2的序列特征和表达谱 。
- 陈祥贵李勇张德礼成君朱文丽刀京晶
- 关键词：基因克隆
- 人类SR蛋白超家族新成员——SFRS12(SRrp508)的基因克隆和特性分析被引量：56
- 2002年
- 采用生物信息学方法克隆出全长 3811bp的人类RC5 0 8cDNA片段 ,经核酸和蛋白质分析为人类新基因 (Gen Bank登记号 :AF4 5 90 94 ) ,利用RT PCR方法从人类胰脏组织中扩增出包含编码 5 0 8个氨基酸残基最大开放读码框架 (ORF)的 16 80bpcDNA片段 ,经核酸测序证明与电子克隆结果完全一致。该基因具有启动子和TATA box,ORF前同一相位有多个终子码 ,后有加尾信号 ,显示为客观存在基因。该基因含有 12个外显子 (96～ 2 0 93bp)和 11个内含子 (14 0～ 5 15 3bp) ,定位于人类 5号染色体 5q11.2～q12 .1,无任何连锁基因存在。该基因ORF 342～ 186 8(15 2 7)横跨10个外显子 ,所编码 5 0 8氨基酸蛋白的全长序列与大鼠丝氨酸 精氨酸二肽富含性 (SR)剪切调控蛋白 86 (SRrp86 )高度同源 ,在核酸和蛋白水平的同源性分别为 84 %和 86 % ,与其他已知蛋白无论在核酸水平还是在氨基酸水平几乎均无整体的同源性。结果表明 ,所克隆的 5 0 8氨基酸蛋白才是大鼠SRrp86的人类同源物 ,从而修正了Barnard(2 0 0 0 )所指出的人类同源物为人类精氨酸富含性核蛋白 5 4 (p5 4 )这一论断 ,并提示它是日益增长的SR蛋白超家族的又一个新成员。该基因组织表达谱广泛 ,有可能具有转录因子活性 ,暂命名为SR相关剪切调控蛋白 5 0 8(SRrp5 0
- 张德礼孙晓静凌伦奖陈润生马大龙
- 关键词：基因克隆特性分析
- 人类新基因C17orf32的电子克隆和编码区序列RT-PCR验证被引量：33
- 2002年
- 利用生物信息学与实验验证的技术路线 ,成功地克隆了人类新基因C17orf32的cDNA (GenBank登记号 :AY0 74 90 7和TPA :BK0 0 0 2 6 0 ) ,发现C17orf32的完整开放阅读框架 (ORF ,31～ 6 5 7bp)cDNA (6 2 7bp)与人类假定基因LOC12 4 919ORF (2 5～ 80 7bp)的 2 5～ 6 5 1位只有一个碱基不同 .经RT PCR验证并cDNA测序、人类表达序列标签 (EST)数据库的BLAST检索和基因组成规律分析三方面的结果 ,均支持C17orf32的序列 ,而不支持LOC12 4 919的编码序列 .C17orf32基因组序列全长 4 6 10kb ,含有 6个外显子和 5个内含子 ,cDNA序列全长 16 79bp ,ORF横跨全部 6个外显子 .该基因ORF翻译起始处符合Kozak规则 ,ORF起始码上游同一相位有终止码 ,ORF后有 2个加尾信号和PolyA尾 .C17orf32基因的成功克隆表明 ,NCBIGENOMEAnnotationProject在 2 0 0 1年 12月预测的人类假定蛋白XP- 0 5 886 5编码基因LOC12 4 919的模式参考序列XM- 0 5 886 5中存在偏差 ,即在C17orf32基因cDNA的 4 0 6与 4 0 7位碱基之间错误插入一个碱基G ,从而导致在插入位点后 ,ORF编码 12 5位氨基酸以后蛋白质序列的改变 ,出现 2 6 0个氨基酸的多肽 .因此 ,应慎重看待计算机注释的人类基因组编码序列 .
- 张德礼丁培国凌伦奖陈润生马大龙
- 关键词：人类新基因电子克隆RT-PCR
- 动物细胞系的染色体组型与遗传变异率分析被引量：15
- 2001年
- 在建立国内首家犬、猫、猴、鼠传代细胞库，即７种动物肾细胞系（Ｆ－８１、ＣＲＦＫ、ＭＤＣＫ、Ｖｅｒｏ、Ｖｅｒｏ－２、ＭＡ－１０４、ＢＨＫ－２１）的种子库和工作库的基础上，通过细胞染色体组型、Ｇ带核型、染色体数目变异率、结构畸变率分析，了解７种细胞系传代培养不同代次的染色体变异情况。以相应的细胞株皮下接种裸鼠形成肿瘤实验、软琼脂细胞克隆形成率与植物凝集素作用下细胞凝集实验为对照，筛选出无致癌／致瘤性、符合细胞遗传学要求、无传染因子污染的细胞系（Ｆ－８１、ＣＲＦＫ、Ｖｅｒｏ、Ｖｅｒｏ－２）或极低致癌性的ＭＤＣＫ细胞系用于制苗，发现肿瘤细胞系高变异率株可在裸鼠体内快速选育成功。细胞系染色体遗传特征决定致瘤性质并具有种属特异性，得到一些１００％成瘤和１００％不成瘤的细胞株并探讨了与染色体组型的关系。对于肿瘤的发病机理及实验治疗，都是非常好的模型。一些细胞系不仅成瘤而且还可转移（致恶性横纹肌样瘤的ＢＨＫ－２１和Ｖｅｒｏ细胞株），其他致瘤细胞株只成瘤不转移或不明显转移。
- 张德礼李六金李六金夏耕田何旭玉高步先白晓鸿黄高升刘尚高阎隆飞方福德胡春雷王黎军姜焕宏冯阿曼张广民安社刚任远强郭建民胡淑贤樊军喜牛永利宋占军李迎
- 关键词：染色体核型
- 横纹肌样瘤的起源研究——高变异率BHK-21细胞致裸鼠产生恶性横纹肌样瘤的实验研究被引量：2
- 1999年
- 横纹肌样瘤（ＲＴ）的起源迄今仍是世界上悬而未决的重大难题。第一例ＲＴ发现于肾脏。但迄今发现的ＲＴ均难以复制成功。在纯化３代的肿瘤阴性对照猫肾和犬肾原代细胞皮下接种裸鼠的致癌／致瘤率为０％（０／３２），肿瘤阳性对照Ｈｅｌａ细胞皮下接种裸鼠产生进行性生长恶性肿瘤的比率为１００％（４０／４０）的前提下，ＢＨＫ－２１细胞皮下接种裸鼠均产生进行性生长的恶性肿瘤（６５／６５），其中染色体众数为４０±２（比率５８％～６８％）的ＫＡ株致ＲＴ比率为５２．３８％（１１／２１），具有两个染色体众数４０±２（比率４１％～５３．５）和７２±２（比率３１％～３５％）的ＹＡ株致ＲＴ的比率为８３．３３％（１０／１２），染色体众数为７３±３（比率４２％～５０％）的成瘤细胞体外再培养ＮＭ２８／ＹＡ株致ＲＴ的比率为７１．４３％（１５／２１），染色体众数为４２（比率２８％～３０％）的Ｍ株致ＲＴ的比率为０％（０／１０），致形态类似于分化比较好的平滑肌肉瘤的恶性肿瘤的比率为１００％（１０／１０），可见ＢＨＫ－２１细胞不能用作病毒活疫苗培养基质，可替代Ｈｅｌａ细胞用作恶性肿瘤阳性对照细胞。高变异率ＢＨＫ－２１细胞株皮下接种无胸腺裸鼠大多产生恶性ＲＴ（２?
- 张德礼李六金白晓鸿白晓鸿何旭玉高步先黄高升
- 关键词：横纹肌样瘤BHK-21细胞HELA细胞
- 人类新基因的计算机识别、实验验证与功能基因组研究
- 本研究旨在采用计算机识别法发现具有自主知识产权和重要功能的人类新基因并经实验初步证实。采用的具体技术路线如下：
1)在公共数据库选择感兴趣的EST或cDNA;2)全自动化运行SiClone软件进行EST装配;3...
- 张德礼季梁马大龙李衍达
- 关键词：表达序列标签计算机克隆基因识别
- 文献传递
- 从系统生物学角度看人类新基因的电子克隆、实验确认与功能研究
- 本研究旨在采用电子克隆法发现具有自主知识产权和重要功能的人类新基因并经实验初步证实，为国内采用生物信息学方法克隆新基因开辟道路，并力求为国际同行提供成功的新经验、新思路。
- 张德礼
- 关键词：生物信息技术功能基因组学
- 文献传递
- 恶性横纹肌样瘤(MRT)的起源研究——高变异率HeLa细胞致裸鼠产生MRT的实验研究被引量：6
- 2000年
- ：HeLa细胞KB株、X株、NM20／X株、H株的染色体众数依次为60±3（超二倍体）、62±3（超二倍体）、68±3（超二倍体和亚四倍体）和78±2（亚四倍体），所占比率分别为72%～76%，69%，52%和40%。在纯化3代的肿瘤阴性对照二倍体猫肾（染色体众数38所占比率80%）和犬肾原代细胞皮下接种裸鼠的致癌／致瘤率分别为0%（0／22）和0%（0／10），X株HeLa细胞冻融裂解物皮下接种裸鼠产生进行性缩小肿瘤的比率为20%（1／5）的前提下，HeLa细胞KB株、X株、NM20／X株皮下接种裸鼠产生进行性生长恶性肿瘤的比率分别为100%（10／10），100%（25／25）和100%（5／5），H株细胞皮下接种裸鼠产生恶性肿瘤的比率为50%（5／10）。其中，只有HeLa细胞KB株10～11代（染色体结构畸变率高达20%，出现18%双着丝点和2%断片）以超高数量接种的1组4只裸鼠（0.17ml 12.75×107／鼠）才均形成MRT，特别是从染色体众数不同的3株HeLa细胞中筛选出致瘤性强的X株，连传20代后皮下接种裸鼠形成低分化肿瘤，定名为NM20／X株0代，其染色体众数因经裸鼠体内传代选育而明显增大（染色体众数为68±3，所占比率为52%），实体瘤手术切除后体外连传11代，再皮下接种裸鼠均形成MRT（5／5），但要求完形活细胞接种量要大（5～12×107／鼠），肿瘤产生?
- 张德礼黄高升李六金何旭玉夏耕田高步先白晓鸿刘尚高
- 关键词：恶性横纹肌样瘤HELA细胞
