陈龙
- 作品数：30 被引量：147H指数：7
- 供职机构：深圳市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金深圳市科技计划项目广东省医学科学技术研究基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 2019—2021年深圳地区诺如病毒暴发分子流行特征被引量：2
- 2023年
- 目的了解深圳地区2019—2021年诺如病毒暴发分子流行特征。方法收集2019年1月至2021年12月诺如病毒暴发信息及标本,应用实时荧光反转录聚合酶链式反应样本进行诺如病毒检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析;对其中3株GII.2[P16]进行基因组扩增和序列分析。结果2019年1月至2021年12月,共报告诺如病毒暴发246起,主要发生在幼儿园(132,53.66%)和小学(52,21.14%)。每起暴发发病数范围为3~130,中位数为8。每年11月至次年3月为诺如病毒暴发的流行高峰。211起暴发分型成功,GI和GII分别检出7种和11种基因型,78起(36.97%)诺如病毒暴发由GII.2[P16]引起。对GII.2[P16]基因组分析表明,深圳2020年暴发株仍属于GII.2[P16](2016-2017)亚群,在非结构蛋白P22(L777S)和3C蛋白酶(A1047V和P1074T)上出现氨基酸变异。结论GII.2[P16]是2019年1月至2021年12月引起深圳市诺如病毒暴发的流行株,主要发生在学校和幼儿园,持续监测和基因组分析有助于发现流行株的变异和新毒株的出现。
- 张海龙孟君朱曦陈龙姚相杰韦杏燕杨艳辉杨洪旷翠萍靳淼何雅青
- 关键词：诺如病毒基因型基因组分析
- 116例人腺病毒感染的分子流行病学初步研究
- 目的：研究眼部人腺病毒(Human adenovirus,HAdv)感染的分子流行病学情况.方法：收集眼疾患者眼拭子标本,用荧光定量PCR方法检测,结合Hep-2细胞培养对病变细胞基因组进行扩增、克隆、测序,确定病毒基因...
- 冼慧霞何雅青陈龙姚相杰阳帆杨洪何建凡谢建滨
- 关键词：分子流行病学基因型
- 深圳市龙华区2018年手足口病病原学特征被引量：5
- 2019年
- 目的分析2018年深圳市龙华区手足口病病原学特点,为辖区手足口病预防和控制策略的制定和调整提供科学依据。方法采用荧光定量RT-PCR方法对哨点医院送检的223份手足口病临床诊断病例的肛拭子样本进行肠道病毒(Enteroviurs,EV)、肠道病毒A组71型(Enteroviurs A71,EV-A71)、柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)、柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)、柯萨奇病毒A组10型(Coxsackievirus A10,CV-A10)核酸检测,并对EV核酸阳性样本进行VP1区序列测定、同源性分析、亚型鉴定和系统进化分析。结果实验室确诊病例有166例,阳性率为74.44%,构成比前3位的病毒亚型依次为CV-A6(43.37%),CV-A16(31.33%),CV-A10(13.86%);2018年深圳市龙华区流行的主要肠道病毒中,EV-A71属于C4a进化分支;CV-A16(n=18)核苷酸同源性为89.0%~99.9%,氨基酸同源性为98.3%~99.7%,属于B1a(38.89%,7/18)和B1b(61.11%,11/18)进化分支;CV-A6(n=45)核苷酸同源性为95.1%~99.9%,氨基酸同源性为98.1%~99.0%,均属于D3进化分支;CV-A10(n=12)核苷酸同源性为93.5%~99.8%,氨基酸同源性为97.6%~99.7%,均属于C进化分支。结论深圳市龙华区应进一步加强辖区手足口病监测,持续关注病原谱构成和重要病原体进化情况。
- 许少坚任燕郝夏琼李锦宗杨洪姚相杰陈龙全德甫赖晓玲满云翔李新楼曹赫林启辉
- 关键词：手足口病同源性分析系统进化
- 2016—2017年深圳地区柯萨奇病毒A16型分子特征分析被引量：3
- 2019年
- 目的对深圳市2016—2017年来源于手足口病病例的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CVA16)的VP1基因特征进行分析,以阐明其分子流行病学特征。方法收集2016—2017年深圳地区哨点医院手足口病样本,采用荧光RT-PCR筛选CVA16阳性样本,并从中选取51份样本进行VP1序列的扩增和测序,进而运用MEGA6.02,BioEdit、DNAStar等生物信息学软件对其进行比对和分析。结果2016—2017年深圳地区CVA16进化群主要分为B1a亚型、B1b亚型,还有新发现的B3亚型。B1b流行株在2016—2017年均有分布(2016年28株,2017年19株)。B1a流行株仅分布于2017年(共2株),此外,还发现2017年深圳有2株B3亚型CVA16流行株。深圳地区2016和2017年的CVA16 B1b亚型与华东地区的JQ341149上海株、KP289416温州株以及华北地区的KU254598北京株亲缘关系较近,2017年的B1a亚型则与我国西南昆明地区的JQ316639Kunmin 2011株和泰国的GQ184139 Tailand 2005亲缘关系较近。其中,B3亚型为中国大陆最新出现的CVA16流行株。进一步将深圳地区2016—2017年CVA16流行株与引起神经症状的CVA16重症株比较,共发现两个氨基酸突变位点,分别为VP1蛋白的S14N和M23L。结论深圳地区2016年CVA16的流行株为B1b亚型,2017年流行株包括B1a亚型和B1b亚型,以及新发现的B3亚型毒株,相对于引起神经症状的CVA16重症株,深圳2016—2017年CVA16流行株VP1蛋白共有两个氨基酸突变,其中的S14N位点位于线性B细胞表位区。
- 姚相杰王伟琪陈龙杨洪孟君潘宏张海龙张红宇张仁利何雅青
- 关键词：柯萨奇病毒A16型手足口病分子特征
- 2011—2013年深圳市福田区轮状病毒感染情况分析被引量：6
- 2015年
- 目的了解深圳市福田区轮状病毒的感染情况,为制定预防轮状病毒感染的策略提供依据。方法采用实时荧光定量聚合酶链反应（real-time PCR）对2011—2013年深圳市福田区1728例疑似病毒性腹泻患者粪便标本进行轮状病毒的核酸检测。结果 2011—2013年福田区轮状病毒的总体检出率为18.29%（316/1728）,2011—2013年检出率起伏较大,分别为22.16%（115/519）、13.13%（73/556）和19.60%（128/653）;男性检出率为18.53%（184/993）,女性检出率为19.96%（132/735）;轮状病毒在冬季的检出率最高（34.79%,167/480）,秋季次之（20.67%,87/421）,春季、夏季的检出率较低。0~5岁年龄组患者的检出率（21.01%,232/1104）显著高于5岁以上年龄组患者的检出率（13.46%,84/624）,差异有统计学意义,（χ2=29.5786,P〈0.05）。结论轮状病毒是福田区病毒性腹泻的重要病原体之一,2011—2013年检出率呈较大起伏;冬季是轮状病毒感染的高发季节;0~5岁婴幼儿患者是轮状病毒感染的重点人群;应加强对轮状病毒腹泻的监测,尤其应加强对婴幼儿轮状病毒感染的预防控制。
- 张海龙叶郁辉陈小珍吴延杰杨洪姚相杰陈龙何雅青
- 关键词：轮状病毒实时荧光RT-PCR
- 2021年2月深圳市六株境外输入的SARS-CoV-2基因组特征分析被引量：1
- 2021年
- 为了解深圳境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的遗传特征,本研究对2021年2月六株境外输入的SARS-CoV-2毒株进行了高通量测序与基因组序列分析。测序获得的六株SARS-CoV-2毒株基因组长度分别为29450 nt、28936 nt、28875 nt、29855 nt、29146 nt和29528 nt。根据"Pango lineages"分型法,三个来自肯尼亚、南非和柬埔寨的毒株属于B.1.1.7系(VOC-202012/01),一个来自美国的毒株属于B.1.2系(美国谱系),两个来自南非和肯尼亚的毒株属于B.1.351系(20H/501Y.V2)。与武汉毒株Wuhan-Hu-1(NC045512.2)比较,B.1.1.7系毒株的刺突蛋白(S)中发现了多达10个氨基酸的变异,B.1.2系毒株的S蛋白仅发现一个氨基酸的变异,B.1.351系毒株的S蛋白中发现了多达11个氨基酸的变异。来自柬埔寨的一株B.1.1.7系毒株的S蛋白中发现了三个变异(H69S,V70I与Y144V)与另外两个B.1.1.7系毒株中的变异(H69del,V70del与Y144del)不同。六个毒株在ORF1b上都表现出了P314L的变异,在S蛋白上都表现出了D614G的变异。2021年2月深圳输入了传染性更强的B.1.1.7英国变异株和B.1.351南非变异株。境外输入的SARS-CoV-2变异株存在引起本地暴发与流行的风险,需持续对境外输入的SARS-CoV-2毒株进行分子监测。
- 陈龙房师松梅树江冯铁建邹旋彭博孟君孙颖吕子全许文波赵翔魏欣仪李诗敏朱灿卢清菊肖晓亮夏俊杰张仁利何雅青
- 关键词：基因组测序
- 深圳急性肠胃炎住院患儿中人副肠孤病毒临床和流行病学特征分析被引量：7
- 2020年
- 目的研究深圳地区急性肠胃炎住院患儿中人副肠孤病毒(HPeV)的临床和流行病学特征。方法收集2017年1月到2018年12月深圳地区5岁以下急性肠胃炎住院患儿粪便标本(常规细菌鉴定为阴性)497份,实时荧光RT⁃PCR方法检测HPeV,通过巢式PCR扩增VP3/VP1连接区片段进行分型,同时对患儿的流行病学和临床资料进行统计分析。结果497例患儿中,HPeV的阳性率为8.2%;男性HPeV阳性率为7.6%,女性HPeV阳性率为9.4%(χ2=0.491,P=0.501);0~6月龄患儿HPeV阳性率最高,且92.7%的HPeV阳性患儿月龄<24个月;深圳夏季(7~9月)HPeV的阳性率最高。HPeV阳性患儿主要临床表现为中热(38.1~39℃),腹泻频率平均>6次/d,以黏液便为主,常伴有呕吐,呕吐频率平均每天5次,呕吐物以胃内容物为主。HPeV阳性患儿较阴性患儿在有无呕吐和呕吐物性状差异具有统计学意义。本研究中共检测到HPeV⁃1(HPeV⁃1A和HPeV⁃1B亚型)、3、4、5、6和14在内的6种基因型,其中HPeV⁃1B(56.1%)为优势流行株,其次是HPeV⁃1A(17.1%)、HPeV⁃3(7.3%)、HPeV⁃4(7.3%)、HPeV⁃5(4.9%)、HPeV⁃6(4.9%)和HPeV⁃14(2.4%)。系统进化分析结果显示,大部分深圳分离株与兰州和广州来源的参考株核苷酸序列一致性高。结论本研究首次在深圳地区5岁以下急性肠胃炎住院患儿粪便中检测到HPeV,且在2017年和2018年有稳定的感染率,检测到6种HPeV基因型别可能与急性肠胃炎相关,HPeV夏季检出率最高,好发于0~6个月患儿,可能是引起急性肠胃炎住院患儿呕吐胃内容物的病因。开展HPeV监测以更充分地掌握其在深圳地区的流行和临床特征,有助于进一步明确深圳地区住院患儿病毒性急性肠胃炎病原谱构成。
- 祝亚楠张海龙陈龙姚相杰杨洪韩敏关心何雅青胡贵方
- 关键词：急性肠胃炎基因分型系统进化分析
- 2017年深圳市龙华区手足口病病原学特征分析被引量：3
- 2018年
- 目的 分析2017年深圳市龙华区手足口病（hand,foot,and mouth disease,HFMD）病原学特点.方法 采用实时荧光PCR方法对哨点医院送检的242份HFMD临床诊断病例的肛拭子样品进行肠道病毒（enteroviurs,EV）、肠道病毒A组71型（EV71）和柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16,CV A16）核酸检测,并对非EV71非CV A16的其他肠道病毒和EV71的VP1区序列进行测定,亚型鉴定和系统进化分析.结果 实验室确诊病例有190例,阳性率为78.51％（190/242）,其中,EV71感染32例（16.84％,32/190）、CV A16感染11例（5.79％,11/190）、CV A6感染126例（66.32％,126/190）.实验室确诊病例中,男性占57.9％ （110/190）,女性占42.1％（80/190）;3岁以下儿童占78.95％（50/190）.系统进化树分析结果显示,2017年深圳市龙华区流行的EV71属于C4a进化分支,CV A6属于D3进化分支,CV A10属于C进化分支.结论 深圳市龙华区应进一步加强辖区HFMD监测,重点关注3岁以下儿童及病原谱构成和重要病原体进化情况.
- 王金明许少坚姚相杰任燕陈龙全德甫郝夏琼叶春立赖晓玲满云翔林启辉
- 关键词：手足口病肠道病毒属生物进化种系发生
- 2013-2015年深圳市福田区人星状病毒感染流行病学及分子特征分析被引量：2
- 2018年
- 目的 研究深圳市福田区腹泻患者人星状病毒（human astrovirus,HAstV）感染的流行病学及分子特征.方法 收集2013年1月至2015年12月深圳市福田区1 625例疑似腹泻患者粪便标本,采用实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应（RT-qPCR）方法检测粪便中的HAstV核酸,RT-qPCR阳性样品使用Mon269/Mon270引物对,用荧光逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增HAstV的开放阅读框ORF2区域,将RT-PCR扩增产物纯化、测序后进行序列分析,并分析病例的流行病学资料.结果 2013-2015年福田区HAstV的检出率为2.03％（33/1 625）,其中2013年的检出率为1.84％（12/653）,2014年的检出率为1.31％（7/535）,2015年的检出率为3.20％（14/437）;男性检出率为2.27％（21/925）,女性检出率为1.71％（12/700）,男女患者检出率的差异无统计学意义（x2=0.62,P=0.431）.HAstV在各年龄组人群均有检出,但在1岁以下年龄组患者的检出率最低,为1.69％（11/650）.HAstV在1月份的检出率最高（5.59％,8/143）,7月份的检出率最低（未检出）.将33份RT-qPCR检测为HAstV阳性的样品用开放阅读框ORF2区进行分型,结果有27份可进一步分型,其中HAstV-1检出15株,是福田区HAstV的主要流行株,此外分别检出7株HAstV-4、4株HAstV-5和1株HAstV-2.结论 HAstV是导致福田区病毒性腹泻的病原体,HAstV-1是福田区HAstV的主要流行株,同时也存在其他型别的感染.
- 张海龙叶郁辉杨洪吴延杰姚相杰张振陈龙何雅青
- 关键词：星状病毒实时荧光定量逆转录聚合酶链反应流行病学研究
- 深圳市六株境外输入的SARS-CoV-2基因组特征分析
- 为了了解深圳境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的遗传特征,本研究对2021年2月六株境外输入的SARS-CoV-2毒株进行了高通量测序与基因组序列分析。测序获得的六株SARS-CoV-2毒株基因组长度分别为2...
- 陈龙房师松何雅青
- 关键词：基因组测序
