隋文君 作品数:32 被引量:311 H指数:9 供职机构: 首都医科大学附属北京同仁医院 更多>> 发文基金: 国家科技重大专项 国家自然科学基金 首都卫生发展科研专项 更多>> 相关领域: 医药卫生 更多>>
xTAG GPP多重核酸技术在北京地区感染性腹泻诊断中的应用及流行病学研究 被引量:4 2015年 目的探讨xTAG GPP多重核酸技术对感染性腹泻早期诊断的应用价值,了解肠道腹泻病原体的流行病学情况。方法收集2013年10月1日至2014年9月30日于首都医科大学附属北京同仁医院门诊就诊的腹泻患者便标本592份,运用xTAG GPP法进行检测,将其结果与传统方法(培养、快速酶免疫层析法、显微镜检查、实时荧光定量PCR等)比较,并进行统计学分析。结果xTAG GPP法检测592份便标本的阳性率为47.8%(283/592),男女比例1:1.02,平均发病年龄31岁。病毒检出率为18.1%,以轮状病毒A型(RotV A)为主(8.8%),主要集中在冬季,儿童多发,其次为诺如病毒GI/G1I(NorVGI/GII)占8.4%,腺病毒40/41(AdeV40/41)检出5份。细菌阳性率为35.5%,产毒型大肠埃希菌LT/ST型(ETEC)最常见(8.4%,50/592),夏季高发,青壮年易感,其他病原体依次为弯曲杆菌(Camp)7.7%、沙门菌(Salm)7.0%、难辨梭状芽胞杆菌毒素A/B型(C.difA/B)3.5%、志贺菌(Shig)3.3%、0157型大肠埃希菌(Ecoli O157)3,3%及产志贺毒素大肠埃希菌stx1/stx2型(STEC.LT/ST)1.7%,未检出小肠结肠炎耶尔森氏菌(Y.ent)与霍乱弧菌(V.cho)。检出寄生虫10份(1.7%),包括隐孢子虫(Crypto)5份、痢疾阿米巴(E.his)3份及贾第虫(Gia)2份,均无明显的季节和人群分布。单一病原体感染患者占40.8%(242/592),混合感染为6.9%(41/592),其中双重感染6.1%(36/592),三重感染0.8%(5/592)。结论xTAG GPP多重核酸方法操作简便、灵敏、特异,可作为感染性腹泻病原学诊断的快速方法。腹泻病原体具有显著的季节和人群优势。 冯伟明 顾秀丽 隋文君 张明新 鲁炳怀 王玫 黄艳飞 鲁辛辛关键词:腹泻 核酸扩增技术 寄生虫 慢性鼻窦炎患者与健康人群鼻腔菌群分析 被引量:6 2020年 目的调查慢性鼻窦炎患者鼻道主要细菌的种类。方法选取2018年1月至12月收治入院的慢性鼻窦炎患者137例,健康成人111例。在鼻内镜引导下用鼻拭子采集鼻分泌物标本,行普通细菌培养、厌氧细菌培养和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析。结果健康成人组中需氧菌以凝固酶阴性葡萄球菌(44.7%)和棒状杆菌(38.5%)为主,少数人群有金黄色葡萄球菌(7.7%)、铜绿假单胞菌(2.3%)和革兰阴性杆菌(1.9%);单一细菌定植比例为12.6%,2种细菌定植比例为73.9%,3种细菌定植比例13.5%。患者中需氧细菌以金黄色葡萄球菌(24.0%)、流感嗜血杆菌(6.2%)、克雷伯菌属(6.8%)为主的肠杆菌科细菌和铜绿假单胞菌(4.3%)为主;厌氧菌的检出率明显高于健康人群;单一细菌感染占36.5%,2种细菌感染占48.9%,3种细菌感染占14.6%。金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌单一或合并厌氧菌感染时临床症状较重,容易形成细菌耐药,治疗周期长。两组间致病菌金黄色葡萄球菌、流感嗜血杆菌、克雷伯菌为主的肠杆菌科细菌的检出率差异有统计学意义(P<0.05)。结论慢性鼻窦炎患者和健康成人鼻道的细菌类型有明显区别,临床应根据培养结果规范使用治疗药物。 黄艳飞 顾海彤 孙宇峰 王玫 隋文君 曹晶晶 张桂 杜崑 鲁辛辛 王向东 张罗关键词:健康成人 慢性鼻窦炎 鼻腔 菌群分布 2016与2019年成人致泻性大肠埃希菌食源性腹泻临床流行病学特征研究 被引量:9 2021年 目的研究2016与2019年成人致泻性大肠埃希菌(DEC)食源性腹泻临床特征与耐药性,了解北京市强化食品卫生安全措施前后DEC流行病学变迁。方法分别收集2016和2019年就诊于北京同仁医院肠道门诊食源性成人腹泻患者1926例和1482例,共计3408例。患者信息录入“肠道预警系统”,便标本分离培养,菌落行基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)鉴定。大肠埃希菌采用多重荧光定量PCR对5种致病型进行分型。药物敏感性试验根据2019美国临床与实验室标准化协会标准判读。分类资料采用χ^(²)检验或者Fisher精确检验进行统计分析。结果3408份标本共检出DEC 581株,肠产毒性大肠埃希菌(ETEC)占53.36%(310/581),未检出肠出血性大肠埃希菌(EHEC)。2016年DEC检出率为14.54%(280/1926),肠聚集性大肠埃希菌(EAEC)占DEC检出率的18.21%(51/280),ETEC占71.79%(173/280)。2019年DEC检出率为20.31%(301/1482),EAEC占DEC检出率的41.23%(116/301),ETEC占48.93%(137/301)。与2016年比较,2019年EAEC检出率增高(χ^(²)=29.26,P<0.001),其次为肠致病性大肠埃希菌(χ^(²)=9.37,P=0.002),而ETEC检出率下降(χ^(²)=15.43,P<0.001)。与其他致病型相比,EAEC易引起恶心(χ^(²)=32.72,P<0.001),感染肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)的患者便标本易观察到红细胞(χ^(²)=16.44,P=0.001)和白细胞(χ^(²)=26.82,P<0.001)。EIEC对氨苄西林、氨苄西林/舒巴坦及庆大霉素耐药率分别为80.95%(17/21)、66.67%(14/21)和57.14%(12/21)。2019年出现3株耐碳青霉烯类抗菌药物的EAEC,其中2株厄他培南及亚胺培南均耐药,1株仅厄他培南耐药。全基因测序显示存在多种耐药机制,以耐药结节性细胞分化家族外排泵、青霉素结合位点突变及产新德里金属β内酰胺酶5(NDM-5)为主。结论成人食源性腹泻患者DEC检出率高,以ETEC为主。与2016年相比,2019年ETEC下降,EAEC检出率显著升高,并于2019年分离到耐碳青霉烯类抗菌药物的致泻 赵建玉 周倩倩 王玫 隋文君 张韶娅 鲁辛辛关键词:大肠杆菌 食源性腹泻 流行病学特征 呼吸重症监护病房患者多重耐药鲍曼不动杆菌获得性定植的危险因素分析 被引量:22 2012年 目的分析呼吸重症监护病房(RICU)患者多重耐药鲍曼不动杆菌(MDR-AB)获得性定植的相关危险因素。方法主动筛查2010年1月至2011年6月110例RICU患者中MDR—AB获得性定植情况,同时监测患者病床周围环境MDR—AB的污染情况。收集MDR-AB获得性定植患者病历资料,采用Logistic回归模型分析患者入住RICU期间发生MDR-AB定植的相关危险因素。结果剔除3例MDR—AB输人性定植病例后,107例患者纳入研究。RICU患者MDR—AB获得性定植率为43.9%(47/107)。共监测103例RICU患者病床周围环境,结果显示MDR—AB定植患者病床周围环境检出率(66.0%,31/47)明显高于未定植患者检出率(33.9%,19/56;x^2=10.494,P〈0.01)。单因素分析筛选MDR.AB获得性定植的相关危险因素有5项,分别是意识障碍、碳青霉烯类抗生素应用、气管插管、鼻饲胃管、机械通气(均P〈0.05)。Logistic回归模型人选危险因素有3项:意识障碍、碳青霉烯类抗生素应用、机械通气(OR=3.412,3.211,3.002;95%CI:1.165~9.992,1.117~9.233,1.101—8.182)。结论意识障碍、碳青霉烯类抗生素应用、机械通气是RICU患者MDR.AB获得性定植的独立危险因素。 王海立 隋文君 王俊瑞 王玫 黄艳飞 顾海彤 庞剑 鲁辛辛关键词:重症监护病房 鲍氏不动杆菌 多重耐药 定植 RICU和SICU目标病原菌主动筛查和环境监测研究 目的:早期发现病原,了解重症监护病房病原菌分布及环境污染情况,为医院感染防控提供实验室依据.方法:2010年12月至2011年10月对首都医科大学附属北京同仁医院呼吸重症监护病房(RICU)和外科重症监护病房(SICU)... 隋文君 王海立 王玫 黄艳飞 范艳艳 杨溪 鲁辛辛关键词:医院感染 病原菌 环境监测 文献传递 不同病原体血流感染血清降钙素原水平研究 被引量:2 2021年 目的分析血流感染早期血清降钙素原(PCT)水平与血流感染病原体的相关性,为临床预测病原体种类提供依据。方法收集北京同仁医院2018年1月至2020年10月526份血培养阳性样本为研究对象,其中革兰阳性球菌238株、革兰阴性杆菌245株、真菌28株和厌氧菌15株,统计患者第一次血培养阳性采血时间之前24 h内血清PCT水平。通过绘制不同病原体血流感染患者PCT水平的受试者工作特征(ROC)曲线,确定预测不同病原体血流感染的PCT水平最佳截断值。结果革兰阳性球菌血流感染患者PCT水平为0.76(0.26,3.93)ng/mL,革兰阴性杆菌血流感染患者PCT水平为4.86(0.97,24.94)ng/mL,真菌血流感染患者PCT水平为0.80(0.30,1.44)ng/mL,厌氧菌血流感染患者PCT水平为2.96(2.25,5.07)ng/mL。预测革兰阳性球菌、革兰阴性杆菌、真菌、厌氧菌血流感染的PCT水平最佳截断值分别为1.38、7.83、1.22、3.76 ng/mL。结论PCT水平与不同种类病原体存在一定关系,根据PCT水平可以预测病原体的种类。 袁梁 隋文君 顾海彤 王玫 刘向祎关键词:降钙素原 血流感染 MALDI-TOF MS直接鉴定原始尿液中的病原菌 被引量:14 2013年 尿路感染是临床最常见的感染性疾病之一,也是医院获得性感染的主要病因[1].目前国内外诊断尿路感染的“金标准”仍是清洁中段尿培养[2],而此种方法常常需要2~5d才能得出细菌鉴定及药敏结果,不能及时为临床诊断治疗提供病原学依据.基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)是近些年来发展起来的一种新型软电离有机质谱,可以根据细菌的组分获得其肽质量指纹谱检测并鉴定细菌,其方便、快速、准确的优点对微生物的鉴定具有重要意义[3-5]. 杨溪 王新华 隋文君 范艳艳 王玫 黄艳飞 鲁辛辛关键词:MALDI-TOF 细菌鉴定 病原菌 医院获得性感染 尿液 MS 甲型流感病毒抗原及核酸检测联合应用研究 被引量:5 2021年 目的通过大样本流感样病例检测,明确抗原检测与核酸检测两种方法联合应用原则,从而快速明确流感诊断,控制流感暴发,减少资源浪费。方法采集2019年1月至2020年1月北京同仁医院发热门诊的4622份流感样病例咽拭子标本,其中流感季3230份,非流感季1392份,采用快速抗原法和实时荧光逆转录聚合酶链反应(qPCR)两种方法对其进行流感病毒检测。不一致结果采用第二种核酸检测试剂进行比对。比较快速抗原法对于不同年龄敏感度与特异度的差异,以及不同亚型、不同病毒载量的检出差异。结果甲型流感病毒快速抗原法的敏感度为33.7%(577/1710),特异度为93.5%(2723/2912),与qPCR的一致率为71.4%(3300/4622)。在流感季,甲型流感病毒快速抗原法阳性预测值及阴性预测值分别为84.1%(570/678)和57.4%(1464/2552)。在非流感季,其阳性预测值及阴性预测分别为8.0%(7/88)和96.5%(1259/1304)。甲型流感病毒快速抗原法与乙型流感病毒存在交叉反应,为2.3%(18/766)。儿童的敏感度比成人高[56.7%(164/289)比29.1%(413/1421)]。快速抗原法对于不同流感亚型(H1N1和H3N2)的检出率差异无统计学意义(χ2=0.131,P=0.718),其敏感度随循环阈值(Ct值)增大而降低。结论甲型流感病毒快速抗原法阳性结果可确诊。在流感季,甲型流感病毒抗原阴性应进行核酸检测,而非流感季阴性结果可排除感染。快速抗原法对儿童的敏感度比成人高,敏感度与Ct值呈负相关。 周倩倩 赵建玉 隋文君 黄艳飞 王玫 张明新 孙宇峰 袁梁 白婕 曹晶晶 张韶雅 张桂 岳燕 鲁辛辛关键词:流感病毒A型 逆转录聚合酶链反应 年龄 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术早期筛查耐万古霉素屎肠球菌 被引量:5 2015年 目的探讨基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)快速筛查耐万古霉素屎肠球菌(vancomycin resistant enterococcus faecium,VRE)。方法收集2009至2012年临床分离的150株屎肠球菌为研究对象。其中实验组为60株万古霉素耐药屎肠球菌,对照组为90株万古霉素敏感屎肠球菌(vancomycin susceptible enterococcusfaecium,VSE)。通过PCR方法对所有菌株进行万古霉素耐药基因检测。应用MALDITOF MS检测2组菌株,随机选取实验组30株VRE和对照组30株VSE的质谱峰,应用ClinPro Tools软件统计分析两组之间差异质谱峰的受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线。用筛选的差异质谱峰来鉴别余下的实验组30株VRE及对照组60株VSE。结果 MALDI-TOF MS鉴定所有菌株均为屎肠球菌,60株VRE均携带vanA基因,90株VSE不携带任何万古霉素耐药基因,两组菌株之间存在2个差异蛋白质谱峰,相对分子质量分别为3 516.14和3 644.12,其曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.782、0.767。同时采用这2个质谱峰时,MALDI-TOF MS检测VRE的敏感度为80%,特异度为90%,假阳性率为10%,假阴性率为10%,阳性预测值为80%,阴性预测值为90%。结论 MALDI-TOF MS能够在药敏结果报告前,菌株鉴定同时快速筛查VRE,据此建立新型报告流程即时指导临床合理使用抗生素。 吴薇 王利君 隋文君 张桂关键词:屎肠球菌 万古霉素 质谱 耐药 高通量宏基因组测序技术检测病原微生物的临床应用规范化专家共识 被引量:87 2020年 宏基因组下一代测序(mNGS)技术直接针对标本中核酸无偏倚检测病原微生物序列。但是,mNGS需经标本前处理、核酸提取、文库制备、上机测序、数据库比对、报告生成及结果解读等一系列过程,对技术平台及人员素质要求较高。为规范mNGS技术在感染性疾病诊断中的应用,提高危急重症、疑难感染性疾病和新发突发传染病的救治水平,在多项国家科技专项的支持下,本领域有关专家起草了本共识,以促进mNGS技术的规范应用和良性发展。 中华医学会检验医学分会 鲁辛辛 王成彬 王玫 赵建玉 樊高威 杨瑞馥 任丽丽 胡继红 鲁炳怀 赵晓涛 吴丽媛 隋文君 周倩倩关键词:感染性疾病 病原微生物