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离散性状QTL区间定位的最大似然方法被引量：1: 2005年; 采用最大似然区间定位法对阈模型与一般线性模型的QTL定位效率进行了比较,并对影响离散性状QTL检测效率的主要因素(QTL效应、性状的遗传力和表型发生率)进行了模拟研究,实验设计为多个家系的女儿设计,资源群体大小为500头。研究结果表明:在QTL参数估计及检验功效方面,阈模型方法具有较大的优势,对离散性状QTL定位的效率明显高于LM(LinearModel)方法,定位的准确性也较高。另外,性状遗传力、QTL效应的大小和性状表型发生率对QTL定位的准确度也有直接的影响,随着性状遗传力和表型发生率的提高,随着QTL效应的增大,QTL定位的效率也进一步提高。; 殷宗俊张勤陈宏权张纪刚丁向东王春考; 关键词：QTL定位最大似然法

cDNA芯片差异表达基因检测的非转换方法(英文): 2006年; cDNA微阵列数据中包含许多变异因素,用于检测差异表达基因和其它统计分析前,必须将这些“噪音”剔除。对数比法(背景校正、对数比转换和数据标准化)已经被广泛应用于cDNA微阵列数据分析中,然而这种方法却存在着一些亟待解决的缺陷。对此,该文提出一种非转换方法,它可免去对数比的转化过程,直接在背景校正后进行数据标准化,可以有效剔除实验“噪音”。研究结果表明:在检测差异表达基因的效率方面,非转换方法比常规的对数比法具有更好的稳健性和更高的检测功效,基因检出率和准确性大大提高。; 张纪刚殷宗俊张勤; 关键词：CDNA芯片差异表达基因

家畜遗传抗性多基因效应预测的广义线性方法被引量：1: 2006年; 在广义线性混合模型(GLMM)的框架内模拟研究了抗性性状的遗传分析方法,初步比较了GLMM方法与一般线性方法(LM)的育种值估计效果。模拟研究的抗性表型为单阈值和3阈值2种类型,选用的连接函数分别为logist连接和log连接,试验设计为全同胞-半同胞混合家系,参数估计采用Fisher迹法。研究结果表明,GLMM方法能较准确地估计公畜的个体育种值,在个体的遗传评定效果方面要明显优于LM方法,其预测的个体育种值排序结果与真实育种值的排序之间存在显著的秩相关。; 殷宗俊张勤张纪刚刘剑锋; 关键词：遗传抗性

利用Bayesian-MCMC方法进行畜禽复杂离散性状QTL定位被引量：4: 2006年; 复杂离散性状由于表型数据呈离散分布并且提供信息量过小,因此很难用常规的统计方法对此类性状的QTL进行定位研究．Bayesian-MCMC方法是复杂离散性状QTL定位的重要手段,该方法通过所有先验信息来推导QTL参数的后验分布并利用Markov Chain随机过程进行抽样的方法对目标参数进行统计推断．利用Monte Carlo方法,针对畜禽远交群体模拟产生多个全同胞家系的2级分类复杂离散性状,然后基于IBD方差组分的随机模型的定位策略,同时利用MCMC的3种不同抽样技术(Gibbs抽样、Metropolis抽样和Reversible Jump MCMC抽样)产生相应QTL参数的后验样本,并进行了目标参数的Bayesian统计推断．结果表明:Bayesian-MCMC方法能够对不同家系结构和QTL效应水平下复杂离散性状QTL进行有效检测;当家系含量增加时, QTL定位的精确性和准确性提高,并可适用于效应更小QTL的检测．; 刘剑锋张沅张勤王立贤张纪刚; 关键词：QTL定位

cDNA微阵列数据的非转化分析方法: 本研究首先根据Rocke和Durbin提出的微阵列数据分析方法，提出一种基于方差比判别式的非转换方法，并结合试验中的各种影响因子对试验“噪音”的剔除效率进行了模拟研究，结果表明：(1)背景参数估计值^α略微偏高，但相对偏...; 张纪刚; 关键词：CDNA微阵列 CDNA芯片

利用广义线性方法定位家畜抗性等级性状的QTL被引量：3: 2005年; 在广义线性模型的框架内模拟研究了家畜抗性等级性状的QTL定位方法,QTL参数的估计采用最大似然方法,比较了阈模型方法与一般线性方法的QTL定位效率,并对影响等级性状QTL定位效率的主要因素(QTL效应、性状的遗传力)进行了模拟研究。试验为多个家系的女儿设计,资源群体大小为500头。结果表明:在QTL位置参数估计及检验功效方面,阈模型方法具有一定的优势,对抗性等级性状QTL定位的功效也高于线性方法。另外,性状遗传力和QTL效应的大小对QTL定位的准确度也有直接的影响,随着性状遗传力QTL效应的增大,2种方法QTL定位的效率均有不同程度的提高。; 殷宗俊张勤张纪刚丁向东; 关键词：QTL定位最大似然法

多基因抗性性状育种值预测的广义线性方法: 在广义线性混合模型(GLMM)的框架内模拟研究了抗性性状的遗传分析方法,初步比较了GLMM方法与一般线性方法(LM)的育种值估计效果.模拟研究的抗性性状为单阈值二分类表型,选用的连接函数为对数连接(μi=eη/(1+eη...; 殷宗俊张纪刚王春考王志鹏张勤; 关键词：抗性性状估计育种值; 文献传递

检测cDNA芯片中差异表达基因的非转换方法: 2006年; cDNA芯片已经成为生物学试验中一种重要试验手段,与其相应的检测差异表达基因的统计方法也在快速地完善。目前通用的方法是将数据进行对数比转换,并相应进行标准化处理。鉴于对数转换的缺点,本研究提出一种非转换方法,即背景校正后直接进行数据标准化。研究表明:利用这种非转换方法,可以更有效地剔除试验中的“噪音,”提高检测的准确率。本研究利用Apo AI试验的芯片数据进行了效率验证,结果表明:与对数转换方法相比,非转换方法能检测出更多的差异表达基因,可以作为cDNA芯片数据分析的一种简便高效方法。; 张纪刚殷宗俊张勤; 关键词：CDNA芯片

家畜抗性等级性状的QTL定位方法(英文)被引量：1: 2005年; 在广义线性模型的框架内模拟研究了家畜抗性等级性状的QTL定位方法,QTL参数的估计采用最大似然方法,比较了阈模型方法与一般线性方法的QTL定位效率,并对影响等级性状QTL定位效率的主要因素(QTL效应、性状的遗传力)进行了模拟研究,实验设计为多个家系的女儿设计,资源群体大小为500头。研究结果表明:在QTL位置参数估计及检验功效方面,阈模型方法具有一定的优势,对抗性等级性状QTL定位的功效也高于线性方法。另外,性状遗传力和QTL效应的大小对QTL定位的准确度也有直接的影响,随着性状遗传力QTL效应的增大,两种方法QTL定位的效率均有不同程度的提高。; 殷宗俊张勤张纪刚丁向东; 关键词：QTL定位最大似然法

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张纪刚