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刘金定: 作品数：18 被引量：43H指数：4; 供职机构：南京农业大学信息科学技术学院更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>; 相关领域：自动化与计算机技术生物学文化科学农业科学更多>>

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基于Qos的工作流模型Web服务组合全局优化方法: 2008年; 分析了工作流模型Web服务组合方案缺乏动态选择高质量服务的灵活性,并且随着应用规模增大导致服务调度性能降低,提出了一种服务质量计算模型和拓扑排序优化方案。增强了Web服务的服务质量,优化了服务调度的功能,缩短了服务组合应用的响应时间。; 刘金定叶锡君; 关键词：WEB服务组合工作流拓扑排序服务调度

真核生物多基因预测结果整合算法: 2013年; 针对独立基因预测算法可靠性较差的缺点,提出了真核生物多基因预测结果整合算法(Algorithm for integration of multiple eukaryotic gene prediction results,AIMEGPR)。该算法在综合分析各种预测算法结果的基础上,首先用极大似然法估计各种预测算法的性能参数,然后利用这些性能参数计算基因证据区间上各个基因片段归属于各种基因元件类型的后验概率,最后采用动态规划法在基因证据区间上确定最优的一致基因结构。AIMEGPR既不需要人工定制整合规则,也不需要复杂的训练学习,因此AIMEGPR尤其在基因组新测序物种上进行编码基因注释时具有十分显著的优越性。实验结果表明,利用AIMEGPR算法对多基因预测结果整合可以明显提高一致基因的可靠性。; 刘金定朱毅华黄水清; 关键词：基因预测动态规划

基于粒子系统的降雪过程模拟被引量：10: 2008年; 对降雪现象的模拟,可以大大提高三维场景的真实感。粒子系统是实时模拟降雪效果的一种有效方法。本文基于粒子系统的基本原理建立了雪粒子系统模型,模型分析了雪粒子的属性、雪粒子的运动及雪粒子的绘制等,并提出了基于粒子系统和OpenGL的降雪实时模拟生成算法。实现结果表明,该方法可以实时绘制出比较真实的降雪现象。; 伍艳莲赵青松刘金定; 关键词：粒子系统降雪实时模拟纹理映射

生物信息高性能计算平台的建设与实践——以南京农业大学为例: 2019年; 高性能计算在生命科学研究中的需求日益增长,已成为高校生命科学科研创新的一个重要手段。在此背景下,南京农业大学在“双一流建设”经费支持下建设了生物信息高性能计算共享平台。本文介绍了生物信息高性能计算平台的建设情况,并对提升平台运行效率的相关实践进行了探讨。; 段荣静刘金定; 关键词：生物信息高性能计算平台

生物信息学在昆虫学研究中的应用被引量：10: 2012年; 随着深度测序和基因芯片技术的不断发展,基因组、转录组、表达谱数据大量积累。目前,至少有10多个昆虫的基因组已被测序,30多个昆虫的转录组数据被报道。显然,传统的生物统计学方法无法处理如此海量的生物数据。量变引发质变,生物数据的大量积累催生了一门新兴学科,生物信息学。生物信息学融合了统计学、信息科学和生物学等各学科的理论和研究内容,在医学、基础生物学、农业科学以及昆虫学等方面获得了广泛的应用。生物信息学的目标是存储数据、管理数据和数据挖掘。因此,建立维护生物学数据库、设计开发基于模式识别、机器学习、数据挖掘等方法的生物软件,以及运用上述工具进行深度的数据挖掘,是生物信息学的重要研究内容。本文首先简要介绍了生物信息学的历史、研究现状及其在昆虫学科中的应用,然后综述了昆虫基因组学和转录组学的研究进展,最后对生物信息学在昆虫学研究中的应用前景进行了展望。; 张赞刘金定黄水清李飞; 关键词：生物信息学昆虫学基因组学转录组学

昆虫RNA-Seq数据的分析流程被引量：1: 2013年; 随着高通量RNA测序(RNA-Seq)技术的发展和测序成本迅速下降,RNA-Seq技术已经成为生物学研究的重要工具,为生物学家全面地了解和研究转录组提供了机遇。高通量测序具有读长短、存在一定比例的测序错误、数据量大等特点,因此RNA-Seq数据分析与基因组分析和传统的EST数据分析有所不同。本文通过介绍不同的测序平台、原始数据产生和低质量数据过滤的计算流程,对短序列比对、转录组拼接、功能注释、以及差异表达分析进行了研究和分析,最后对RNA-Seq在昆虫学研究中的应用进行了综述,并对RNA-Seq技术进行了总结和展望。; 刘金定张赞黄水清李飞; 关键词：基因差异表达

基于拓扑排序资源约束下多项目调度优化算法被引量：5: 2008年; 多项目调度存在着工期和资源的竞争,调度时要考虑时序关系和资源受限两方面约束,启发式串行调度算法在每调度一个任务时都必须搜索项目的任务空间,为此提出了一种基于拓扑排序的多项目串行调度优化算法。此算法利用拓扑排序序列的特点保证任务时序关系,缩小调度时搜索空间,结合项目权重、向后影响度以及关键路径等优先规则进行资源分配和任务调度。通过具体实例验证了此算法可以求得项目调度的最优解并且能够有效地缩短调度计划生成时间。; 刘金定伍艳莲叶锡君; 关键词：拓扑排序项目调度资源分配

基于RNA-seq的基因训练集构建方法: 2018年; 针对基因组新测序物种缺乏高质量的基因结构用于从头预测软件训练的现状,本文提出了一种以新测序物种自身RNA-seq组装为基础的可靠基因训练集构建方法(Building reliable training gene set,BRTGS)。该方法利用RNA-seq组装获得大量初始基因结构,然后根据蛋白同源证据筛选具有正确且编码区相对完整的基因结构,最后综合利用RNA-seq组装结构和蛋白同源证据统计信息确定的基因起始密码子和终止密码子位置,从而获得基因完整的编码结构。实验结果表明,该方法不仅可为各种组装水平的基因组构建高质量的基因训练集,而且从头预测软件在这些基因集上训练后能够获得很好的预测性能。; 段荣静刘金定; 关键词：生物信息学基因结构 RNA-SEQ

丽蝇蛹集金小蜂P450基因家族的发现和分子进化分析被引量：3: 2013年; 丽蝇蛹集金小蜂是一类重要的天敌昆虫,大量地应用于生物防治中。虽然寄生蜂不是化学农药的直接作用靶标,但其在自然环境中可能接触到化学农药。P450基因家族是昆虫产生抗药性的重要原因之一,同时也参与了昆虫激素的合成与降解。因此,研究P450基因家族对充分利用丽蝇蛹集金小蜂,以及保护其免受农药毒杀具有重要的意义。本文利用生物学信息方法从丽蝇蛹集金小蜂基因组筛选到91个P450基因。家族分析表明,丽蝇蛹集金小蜂具有15个P450基因超家族、27个亚家族。对P450基因的正选择和基因转换开展了进一步分析,研究发现5个基因族存在正选择位点,2个基因族存在基因转换,正选择和基因转换之间存在明显的关联性。各个亚家族的选择压力分析表明,CYP9P亚家族受到选择压力最大(ω=118.9355)。通过MEME程序在丽蝇蛹集金小蜂P450基因上识别到5个频率为90%以上的motif,其中"LAE[NH]P"为新发现的motif。; 刘金定李飞; 关键词：细胞色素P450 正选择基因转换

基于邻节点残存率的AODV路由优化算法: 2010年; 针对AODV路由发现缺少路径稳定性考虑以及本地修复没有避开不稳定区域的缺陷,提出了基于邻节点残存率的AODV-NSR优化算法。借助于邻节点残存率AODV-NSR对路由发现算法进行优化,使路径稳定性得以提高;借助于断链责任检测和数据抢救机制,AODV-NSR对本地修复算法进行优化,使本地修复尽可能避开不稳定区域,从而降低二次断链的几率。仿真实验表明,AODV-NSR对Ad hoc网络的性能有较为明显的提高。; 刘金定严悍; 关键词：AD HOC网络按需距离矢量路由

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