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徐建红: 作品数：14 被引量：101H指数：6; 供职机构：浙江大学更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划教育部留学回国人员科研启动基金更多>>; 相关领域：生物学农业科学医药卫生机械工程更多>>

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基因组规模DNA甲基化测序数据处理及其表观遗传分析被引量：5: 2013年; 鉴定DNA甲基化胞嘧啶(mC)并能制作基因组规模甲基化图谱的新方法——BS-Seq,最近已被开发,它是基于新一代高通量测序结合DNA亚硫酸氢盐转换技术,不仅可以从基因组规模洞察不同生物之间在DNA甲基化水平和模式上的差异,也能从不同基因组区域,包括基因、外显子、重复序列等方面,阐明DNA甲基化环境和核苷酸偏好上的保守性,加深理解DNA胞嘧啶(C)甲基化在调控基因表达和沉默转座子等重复序列中所起的表观遗传学影响。文章举例介绍了DNA甲基化位点数据预处理的具体步骤,通过处理分别将参考序列中的胞嘧啶(C)替换成胸腺嘧啶(T),鸟嘌呤(G)替换成腺嘌呤(A),而将读序列中的胞嘧啶(C)替换为胸腺嘧啶(T)。文章综述了全基因组DNA甲基化分析的主要内容,包括:(1)不同序列环境下的胞嘧啶甲基化;(2)全基因组上的甲基化的分布情况;(3)DNA甲基化环境和核苷酸的偏好;(4)DNA-蛋白质互作位点上的DNA甲基化;(5)不同基因结构元件的胞嘧啶甲基化程度。DNA甲基化分析技术为研究不同物种的表观基因组,环境和表观互作提供了强大的工具,并为进一步发展人体疾病诊断和治疗方法提供理论基础。; 王庭璋单杲徐建红薛庆中; 关键词：DNA甲基化数据处理表观遗传学

高通量测序技术在转座子研究中的应用被引量：8: 2015年; 高通量测序技术极大地提高了测序效率,大幅度降低了测序成本,同时该技术具有特异性好、灵敏度高、精确性高等优势,目前已被广泛应用于遗传变异、转录组学和表观组学等研究。近年来,高通量测序技术也逐渐应用于转座子的研究,并取得了丰硕的成果。本文主要综述了高通量测序技术在转座子研究中的应用,包括转座子含量估算、靶点偏好性及分布、多态性及群体频率、稀有转座子的鉴定、转座子的水平转移以及转座子标签技术中的应用等,并简要介绍了目前研究中采用的主要测序策略和算法,及其存在的利弊和相应的解决方案。最后对高通量测序技术,尤其是第三代测序技术的发展趋势和它们在转座子未来的研究中的应用进行了展望,以期为相关的科研人员提供一个全面的了解和参考。; 刘振徐建红; 关键词：高通量测序转座子多态性

一种新型动脉穿刺套管针: 一种新型动脉穿刺套管针，包括针管、针芯，所述针芯的一端连接有可拆卸的针柄，所述针柄上连接有针芯帽；所述针管可更换的穿套在针芯外，所述针芯的针尖端露出在针管外。本发明的有益效果：穿刺成功率高，穿刺更安全、更方便。; 徐建红; 文献传递

基因组DNA甲基化及组蛋白甲基化被引量：58: 2014年; 在真核生物中,DNA甲基化是一种非常重要的表观遗传学标记,能影响染色质的结构和基因的表达。随着全基因组甲基化测序的发展,全基因组范围内的DNA甲基化水平得以了解。文章概述了基因组中启动子、基因本体、增强子、沉默子和转座子等不同元件的DNA甲基化的研究进展,以及DNA甲基化与基因表达调控间的关系。启动子的DNA甲基化对基因的表达有抑制作用,而基因本体的DNA甲基化与基因的表达关系因物种或细胞类型不同而异。增强子的DNA甲基化状态与基因活性呈反比关系,沉默子则相反呈正相关。转座子的DNA高度甲基化抑制其转座活性,从而维持基因组的稳定性。文章还探讨了DNA甲基化与组蛋白甲基化间的相互作用及其对基因表达、可变剪切、转录的调控作用,以及本领域的未来研究方向。; 王瑞娴徐建红; 关键词：甲基化 CPG岛基因本体组蛋白

植物基因组上游开放阅读框的挖掘方法及其翻译调控被引量：3: 2013年; 基因组中约有20%的基因具有上游开放阅读框(upstream open reading frame,uORF),它位于成熟mRNA 5'端非编码区(5'-UTR)。本文简介了uORF同源群的挖掘方法、分类和进化,以及调控下游mORF翻译的研究进展。植物(拟南芥和水稻等)和昆虫(果蝇等)基因组中普遍存在保守肽uORFs,并且在序列多样性方面有相似之处。但它们在平均长度、基因组聚类、与甲基转移酶的关联性上有所不同。植物uORF的长度通常短于昆虫uORF。借助拟南芥和水稻全长cDNA序列比较,不同的uORF同源群对其下游如转录因子,信号转导因子、发育信号分子和翻译起始因子eIF5等编码基因的mORF具有调控功能。对于真核生物基因组中包含CHCH域的uORF进行贝叶斯系统发育分析,结果表明,同源群8-like分属5个物种(绿藻、节肢动物、线虫、无脊椎动物和真菌)。在真核生物生长、发育和生理过程中,uORF通常作为反式因子对mORF表达起调节器作用,例如,在植物蔗糖、多胺、磷脂酰胆碱,以及甲基转移酶反应中,相当大比例的uORF参与介导mORF的翻译调控。; 王庭璋胡望雄徐建红薛庆中; 关键词：翻译调控进化转录因子转录物

一种墙式监护仪置物架: 本实用新型公开了一种墙式监护仪置物架，该墙式监护仪置物架包括置物架本体、固定装置、凹槽和四个挂钩；所述置物架本体通过固定装置安装在墙上，能够上下调节；所述凹槽位于置物架本体中间部分，用于存放不使用期间的监护仪导线；所述四...; 黄忆安陈丽霞张华芳徐建红

被子植物DNA去甲基化酶基因的进化分析被引量：6: 2014年; DNA甲基化模式和水平取决于DNA甲基转移酶和去甲基化酶的作用,而DNA去甲基化酶在DNA主动去甲基化过程中起到关键作用。文章以已知的10个DNA去甲基化酶基因为参照,鉴定出两种单子叶植物(水稻和高粱)、两种双子叶植物(拟南芥和毛果杨)中所有的DNA去甲基化酶同源基因,其中新鉴定出两类DNA去甲基化酶类似基因DML4和DML5。基于保守的糖苷酶结构域序列的系统进化分析以及基因在染色体上的位置分析表明,植物中DNA去甲基化酶基因存在串联复制、染色体区段复制和全基因组复制而导致基因的新功能化和亚功能化。文章还进一步分析了DNA去甲基化酶基因在不同组织中的表达情况,旨在理解DNA去甲基化酶基因的功能与进化的关系,以期为DNA去甲基化酶基因在植物中的利用提供参考。; 刘秋香薛庆中徐建红; 关键词：进化

整合多个组学(omics)分析植物代谢产物及其功能被引量：7: 2013年; 对生物体在体内生命过程中产生的一系列代谢产物做全面分析将有助于揭示生物基因型和表型之间的联系。代谢组学是应用"组学",包括基因组学、转录组学和蛋白质组学,综合分析代谢产物的方法;通过使用先进的分析技术结合应用新一代测序和统计学方法来提取信息,对数据诠释,实现细胞代谢物识别和量化,从而理解生物体对环境刺激或基因干扰的生物学反应。今简介代谢组学的数据库资源及研究方法,并以最近3～5年的应用实例来诠释植物代谢组学最新进展,包括植物在非生物胁迫下的响应及代谢谱的变化,诱发突变和转基因事件对代谢谱的影响,代谢产物的鉴定及其进化。; 周国艳胡望雄徐建红薛庆中; 关键词：植物代谢组学转录组学数据库

籼稻雄性不育保持性的差异及其遗传: 2002年; 以若干常规早籼稻品种 (系 )和 3种CMS不育系 (珍汕 97A、协青早A、II 32A)为材料 ,研究了籼稻雄性不育保持性的遗传。结果表明 ,不同保持系对 3种CMS不育性保持力有差异 ,保持系对不育性的保持力随回交次数递增而明显增强 ,保持不育的临界期发生在BC5 6代 ;轮回亲本选择对后代的育性分布有明显影响。; 徐建红薛庆中; 关键词：籼稻

杂交早稻恢复系中恢复基因的遗传被引量：9: 2001年; 分析了 2个早稻恢复系 (R4 0 2和测 4 8- 2 )对水稻矮败型细胞质雄性不育恢复性的遗传。结果表明 ,恢复系 R4 0 2中存在一对显性恢复基因 R1R1;而测 4 8- 2中有两对显性恢复基因 R1R1R2 R2 ,R1和 R2 间表现显性上位作用。追溯恢复基因 R1和 R2 的来源 ,它们分别来自我国晚籼品种仙那和印度品种 SL O17。; 徐建红薛庆中; 关键词：水稻细胞质雄性不育恢复基因花粉育性恢复系

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