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小干涉RNA沉默效率预测和长非编码RNA表观调控研究: ENCODE计划揭示整个人类基因组的大部分会被转录，而其中编码蛋白的转录本只占很少一部分，大多数转录本是非编码RNA，如rRNA、tRNA、siRNA、miRNA、piRNA、lncRNA等。它们构成了复杂的调控网络，可...; 刘利; 关键词：小干涉RNA 组蛋白修饰

用核糖体扫描模型预测翻译起始位点: 2007年; 真核生物翻译起始位点(TIS,translation initiation site)的正确预测对于基因的正确注释有着重大的意义.在真核生物中,翻译并不都是起始于第一个AUG密码子,还取决于AUG前后序列的信息.结合位置权重矩阵(PWM,position weight matrix)和开放阅读框架(ORF,open reading frame)的长度分布特征建立了简单的方法识别翻译起始位点,此方法能很好地区分上游AUG和TIS.对于脊椎动物以及人类的mRNA序列,运用核糖体扫描模型预测其翻译起始位点得到了很好的预测率.; 刘利李前忠; 关键词：位置权重矩阵开放阅读框架

真核生物中翻译起始位点与剪接位点的识别: 本文以数理算法为基础，通过机器学习的方法来识别基因的功能位点。对序列统计分析的结果表明：尽管蛋白质的翻译起始和内含子的剪切过程有着复杂的蛋白质相互作用的参与，并且受着高级结构等诸多因素的影响，但在其中仍然存在基本的规律，...; 刘利; 关键词：剪接位点支持向量机真核生物; 文献传递

用支持向量机预测人类基因5′/3′选择性剪切位点被引量：2: 2007年; 选择性剪切是调解基因表达的重要机制。识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作。本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5′/3′选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集。本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法。此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测。对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88．74%和90．86%,特异性分别为85．62%和81．19%。本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力。; 杨乌日吐李前忠刘利樊国梁; 关键词：选择性剪切受体位点支持向量机

一种改进型可控定量型人工种子包埋装置: 本实用新型涉及人工种子包埋领域，尤其涉及一种改进型可控定量型人工种子包埋装置。本实用新型要解决的技术问题是提供一种可以在人工种子制作过程中对其包埋的人工胚乳进行定量，同时限制了体细胞胚的大小上线，可制作出基本一致的人工种...; 马梦宇刘利陈颖丽张璐强春霞冯婷婷; 文献传递

低维输入空间的支持向量机识别人类剪接位点被引量：7: 2008年; 真核生物剪接位点的识别作为基因结构注释的重要环节,一直以来倍受关注。利用离散增量和权重矩阵构成的向量来表示序列,用支持向量机在六维向量空间中寻找最优超平面,从而将真实的剪接位点和虚假的剪接位点进行分类。计算结果表明,利用这样的算法预测人类的剪接位点,有较好的预测效果。与其他的一些算法相比,表现出参数少、精度高等优点。; 刘利李前忠樊国梁; 关键词：支持向量机剪接位点

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刘利