李任植
- 作品数：14 被引量：17H指数：3
- 供职机构：南开大学更多>>
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- 相关领域：医药卫生理学生物学化学工程更多>>
- 结合多次DBSCAN和层次聚类算法的膜蛋白单分子定位超分辨图像分割被引量：2
- 2023年
- 膜蛋白在细胞膜上的时空分布形式决定了其活性状态及功能,在调控细胞生命活动过程中起着重要作用。单分子定位超分辨成像(SMLM)技术为在纳米尺度解析膜蛋白的空间分布提供了可能,但分辨率的极大提升对图像准确聚类分割提出了更高要求。基于密度的空间聚类算法(DBSCAN)是常用的聚类方法之一,但其对于膜蛋白分布不均匀的SMLM超分辨图像的分割效果往往不太理想。本文提出了一种结合多次DBSCAN和层次聚类的混合聚类算法,该算法以DBSCAN方法为分割基础,通过进一步的面积阈值分析和层次聚类,在保持超分辨点簇图像精确聚类识别的前提下,仍能保留每个点簇内的多次定位信号。将该算法应用于模拟数据集和实验数据分割得到的轮廓系数等性能普遍优于传统DBSCAN算法。这种混合聚类方法为膜蛋白SMLM超分辨图像的聚类分割提供了新思路和新方法,有助于更精准地分析膜蛋白在纳米尺度上的空间分布信息。
- 杨建宇胡芬邢福临董浩侯梦迪李任植潘雷霆许京军
- 关键词：生物光学膜蛋白层次聚类算法
- α2bβ3蛋白同源模拟及抗血栓RGD-c小分子设计
- ＜正＞目的血小板上的α2bβ3蛋白是干扰素家族的重要一员,由2个亚基组成,在血小板凝集过程中,可以与纤维蛋白原上的 RGD 特征序列结合,使血小板凝集。这样可以在理论上设想一个环形 RGD 小分子（RGD-c）, 与α2...
- 陈梅宗李任植
- 文献传递
- 简化ALS活性测定方法的可行性探讨
- 2021年
- 为探讨在离体法测试ALS活性实验中简化提取ALS蛋白步骤和廉价易购的二硫苏糖醇(DTT)替代黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)可行性,以暗培养的玉米幼苗为ALS提取材料,测定了粗蛋白、半精蛋白、精蛋白提取方法提取的ALS蛋白对ALS活性的酶促反应效果;分析了DTT替代FAD辅酶的可行性。试验结果,ALS蛋白提取过程中,可用缓冲液代替液氮碾磨材料,离心速度可降至为10,000 r/min;酶促反应效果粗蛋白酶好于半精蛋白酶、半精蛋白好于精蛋白酶。在离体法测定ALS活性体系中,DTT替代黄素腺嘌呤二核苷酸FAD配制的缓冲液对ALS蛋白的提取及酶促反应效果类似于FAD缓冲液,但由于提取ALS蛋白中携带痕量FAD分子,所以尚未证明在酶促反应中DTT分子完全替代FAD分子起到了ALS辅酶作用。
- 窦维泽王宇欣李远良王艺凝玄光善李任植吴明根
- 关键词：离体法黄素腺嘌呤二核苷酸二硫苏糖醇
- 低频弱脉冲电磁场作用下成骨细胞的实时表面增强拉曼光谱研究被引量：5
- 2007年
- 目的:弱强度的低频电磁场可促进成骨细胞的增殖、分化和钙盐分泌,进而加速伤骨愈合、加快骨组织代谢,为揭示低频弱脉冲电磁场影响成骨细胞的初始效应,应用表面增强拉曼光谱技术探索电磁场对成骨细胞的作用机制。方法:用出生5d的Wistar品系小鼠的颅骨接种成骨细胞并传代。应用表面增强拉曼光谱技术实时的方法采集不同磁场作用时间内低频率(50Hz)、低强度(0.30mT)脉冲电磁场作用下的成骨细胞的拉曼光谱。每隔1min采集一次,至作用8min止;并与电磁场作用前采集的拉曼光谱做比对。结果:比较电磁场作用前后和作用8min内不同时刻的拉曼光谱,可知其对成骨细胞膜蛋白和磷脂分子的构象有一定影响:表征膜蛋白中氨基酸侧链和磷脂C-C键骨架的特征峰的位移只发生了小幅变化,说明实验电磁场对细胞膜无损伤作用;在其作用之初的4.0～5.0min内,表征蛋白质构象信息的6个拉曼特征峰的相对强度随时间逐渐增加,揭示了构象发生改变的膜蛋白数量随电磁场作用时间的延长而增多。结论:实验探测到成骨细胞对低频脉冲电磁场的最初响应机制,表现为膜蛋白构象的有序变化。这为进一步探索由电磁刺激而激活的成骨细胞一系列信号转导通路的上游机制提供了有力的依据。
- 宋昆苏纪勇何烁杰李任植
- 关键词：成骨细胞表面增强拉曼光谱膜蛋白
- αⅡbβ3同源模拟和环形RGD药物小分子设计被引量：2
- 2008年
- 血小板表面的整合蛋白α_(Ⅱb)β_3对血栓的形成具有很重要的调控作用,α_(Ⅱb)β_3与纤维蛋白原上的RGD特征序列结合,促进血小板凝集进而形成血栓。这样可以在理论上设计一个环形RGD小分子(RGD-c)与α_(Ⅱb)β_3蛋白结合,阻断其与纤维蛋白原的结合位点,进而阻断血栓形成。以糖蛋白α_vβ_3(pdb代码1jv2)作为模板,利用modeller8v2软件进行同源模拟得到α_(Ⅱb)β_3三维模型。而小分子则以RGD序列为主,两边各加一个氨基酸X、Y,X和Y之间用一个二硫键相连,通过改变X和Y,重复优化过程则可得到不同的小分子模型,将其与α_(Ⅱb)β_3进行分子对接,可以找出比较理想的XY组合。
- 罗明艳陈梅宗李任植
- 关键词：对接MM
- 模拟设计抗药突变型ALS抑制物结构的研究进展被引量：3
- 2017年
- 乙酰乳酸合成酶(ALS)是植物体内合成支链氨基酸过程中的关键酶类。生产上对以ALS为单一靶标的磺酰脲类等5大类除草剂的连续广泛使用,使杂草抗药性突变体大规模产生。本文从计算机辅助药物设计(CADD)的角度出发,综述通过同源模建、结构稳定性分析和分子动力学模拟(MDS)等方法,推测替代突变导致ALS构象变化的抗性机理,并根据模拟抑制物与野生和突变型ALS结合物理参数的差异,如构象标准差、旋转半径、结合自由能,设计理论上对突变型ALS有抑制作用的化合物新结构,以期为抗药突变型靶标与其抑制剂之间的分子作用机理研究和反抗类除草剂的开发提供参考。
- 李海粟李任植李俭吴明根
- 关键词：氯嘧磺隆
- 臭氧对胎牛血清氧化损伤的表面增强拉曼光谱被引量：6
- 2007年
- 对实验室细胞培养用的国产胎牛血清在臭氧作用前后进行了表面增强拉曼光谱测试,范围200～1800cm-1。发现臭氧作用1h后拉曼谱线强度大大减弱,作用3h后谱线强度进一步减弱,但减弱的程度明显减慢,说明臭氧氧化作用具有快速的特点。臭氧作用下蛋白质主链的有序构象(α-螺旋,β折叠)明显减少,对β折叠的损伤更为严重,β回折几乎消失。芳香族氨基酸和半胱氨酸侧链在臭氧作用下氧化损伤非常明显。这些特征谱线的变化,反映了臭氧的氧化作用使蛋白质变性,构象变化以及降解。
- 邹祖全刘燕楠吴瑛李奇楠陈梅宗孙海英李任植
- 关键词：表面增强拉曼光谱胎牛血清臭氧
- α2bβ3蛋白同源模拟及抗血栓RGD-c小分子设计
- 2006年
- 目的血小板上的α2bβ3蛋白是干扰素家族的重要一员,由2个亚基组成,在血小板凝集过程中,可以与纤维蛋白原上的RGD特征序列结合,使血小板凝集。这样可以在理论上设想一个环形RGD小分子(RGD-c),与α2bβ3蛋白结合,阻断其与纤维蛋白原的结合位点,有效阻止血栓形成。实验目的在于建立α2bβ3三维模型,设计RGD-c,了解该蛋白与RGD-c的结合位点和方式。分析不同侧链:RGD-c的结合效果,选出最合适的RGD-c作为实验室药物配制的理论依据。
- 陈梅宗李任植
- 关键词：小分子分子设计蛋白
- 新型微流控多剪切力芯片的数值模拟及其应用(英文)
- 2012年
- 设计了一个能同时产生多个剪切力的微流控芯片设备,并对其剪切力的分布进行了数值模拟.利用了计算机流体动力学软件FLUTNT描述了流速和剪切力的关系.模拟的结果显示,剪切力是正比于流速的;细胞培养小室的中心区域存在一个均一的剪切力区域,该区域的大小依赖于培养小室的宽度大小;剪切力的值在较窄的小室,如400和800μm宽的小室出现了偏离.最后,该微流控设备被应用在观察流体剪切力对成骨细胞的钙信号影响的实验上.
- 寇松姿孟桂先潘雷霆王晓旭鞠治强李任植
- 关键词：计算机模拟剪切力成骨细胞钙信号
- 臭氧对胎牛血清氧化损伤的表面增强拉曼光谱
- ＜正＞目的臭氧的强氧化性使之除广泛用于杀菌之外,还用于医疗。拉曼光谱由于其快速、简便、受水的干扰少,广泛用于生物样品研究,尤其是表面增强拉曼光谱的应用。臭氧用于医疗究竟有没有副作用,是否绝对安全,通过臭氧对胎牛血清（主要...
- 邹祖全李任植
- 文献传递
