桂毅杰
- 作品数：8 被引量：80H指数：5
- 供职机构：浙江大学更多>>
- 发文基金：云南省科技厅科研基金云南省烟草公司项目浙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 毛竹基因组大小和序列构成的比较分析被引量：17
- 2007年
- 毛竹(P.ubescens)是世界重要的竹类植物之一,是中国分布范围最广、种植面积最大(占全国竹林总面积的2/3以上)、经济价值最高的竹种.毛竹属于禾本科,为四倍体(4x=48),是该科中特殊的草本植物.禾本科中多个基因组已被或正在被测序,但竹类植物基因组研究还未见报道.本研究以被测序的玉米(B73)和水稻(日本晴)基因组作为内参,利用流式细胞仪(FCM)获得大小约为2034Mb毛竹基因组,其与玉米基因组大小相仿,远大于水稻基因组.为了明确毛竹基因组是否与玉米基因组一样由大量重复序列组成,进行了毛竹基因组随机测序,获得近1000条基因组调查序列(GSS).序列分析表明,毛竹基因组的重复序列组成比例23.3%,明显低于玉米(65.7%);其重复序列主要由Ty1/Copia和Gypsy/DIRS12类LTR逆转座子(14.7%)构成,DNA转座子和其他重复序列比例均较低.但由于测序数量等原因,该结果还有待今后更大规模的基因组测序分析.本研究对毛竹和其他竹种的基因组学研究提供了一些有价值的基础数据,同时该研究是第一次对竹类植物基因组的序列构成进行了初步描述.
- 桂毅杰王晟全丽艳周昌平龙士豹郑华军金亮张宪银马乃训樊龙江
- 关键词：基因组大小流式细胞仪
- 应用IMP标记分析30份烟草品种的遗传关系被引量：5
- 2012年
- MITE（miniature inverted repeat transposable element）是植物中存在的高重复的一类转座元件。基于邻近MITE扩增多态设计的分子标记称为IMP标记（inter MITE polymorphisms）。从133个IMP引物中筛选出32个稳定多态的引物,并以30个烟草品种为材料,获得185个多态条带,平均每对引物检测多态条带5.78个。聚类分析显示,参试品种间遗传距离的变化范围为0.02~0.81、平均为0.33。30份烟草品种可分为3类,晒烟、香料烟、北方烤烟品种等属I类;第II类主要是美国NC系列品种、Coker系列品种和中国云烟系列烤烟品种;第III类为2个白肋烟品种。结果表明,IMP标记能够在烟草中扩增并获得品种间多态信息,可用于品种间的遗传关系分析,这为烟草的遗传研究及分子辅助育种奠定基础。同时,聚类结果显示,30个栽培烟草品种之间亲缘关系较近,丰富烟草种质资源应是今后育种的方向之一。
- 谢贺高玉龙宋中邦桂毅杰樊龙江肖炳光卢秀萍
- 关键词：烟草
- 利用基因组简约法开发烟草SNP标记及遗传作图被引量：13
- 2014年
- 提出了一种基于基因组简约法开发SNP标记的方法,即利用特定限制性内切酶酶切降低基因组复杂度,利用高通量测序平台对酶切位点周围的目标片段进行富集测序,设计一个生物信息学流程进行序列分析和SNP鉴定。以烤烟DH群体为例,通过基因组简约法收集烟草基因组代表性片段和高通量测序产生11.4 Gb数据,经生物信息学分析获得了1015个高质量SNP位点。以SSR标记为骨架,绘制包括SNP标记在内、标记总数为1307的烤烟遗传连锁图。最后利用该遗传图谱和普通烟草2个祖先种的基因组序列,分析烟草24个连锁群(染色体)之间的同源关系,发现了大量染色体之间的重组或交换事件以及部分染色体之间的共线性。
- 肖炳光邱杰曹培健桂毅杰卢秀萍李永平樊龙江
- 关键词：烤烟SNP标记限制性内切酶
- 中国糯玉米wx基因种质资源遗传多样性被引量：32
- 2013年
- Waxy(wx)基因是众多作物导致糯性突变的关键基因,在玉米作物群体内深入研究wx基因对中国糯玉米品质育种和种质创新具有重要意义。本研究利用325份(309份来自中国,11份来自泰国和5份来自韩国)糯玉米种质材料做了wx基因突变类型的调查和表观直链淀粉含量(AAC)测定。结果表明,中国糯玉米的wx基因的遗传多样性很低,主要存在wx-D7和wx-D10两种突变类型,占96.9%;中国北方及韩国的糯玉米wx基因突变类型都是wx-D7类型,南方及泰国糯玉米wx基因突变类型都是wx-D10类型;糯玉米地方品种的wx基因型以wx-D10类型为主,占78.9%,而商业杂交种和自交系的wx基因型以wx-D7为主,分别占88.7%和86.6%。分析表明,中国糯玉米商业杂交种和自交系的AAC均值较低(小于2.2%)且无显著差异,但地方品种的AAC均值较高;wx-D7基因型糯玉米的AAC均值低且变化幅度较小,而wx-D10基因型糯玉米的AAC均值最高且变化幅度较大。本文还讨论了中国糯玉米主要wx基因型的地理分布、起源以及其他的wx基因突变类型。
- 姚坚强鲍坚东朱金庆桂毅杰沈秋芳胡伟民樊龙江
- 关键词：糯玉米WX基因
- 烟草MITE位点间多态性(IMP)标记开发及其遗传作图应用被引量：8
- 2012年
- 为在烟草(Nicotiana tabacum)上进行IMP(inter-MITE polymorphism,MITE位点间多态性)标记开发,利用美国烟草基因组测序数据和MITE(miniature inverted repeat transposable element,微型反向重复转座元件)结构特征,通过生物信息学方法获得11 581组具有特异TIR(terminal inverted repeat,末端重复元件)序列的MITE及其多序列联配结果,并根据联配结果设计219条烟草IMP引物;利用9个不同类型烟草代表性品种进行测试,其中119条引物PCR扩增成功,引物开发成功率为54.6%;进一步对一个烤烟遗传群体亲本‘红花大金元’和‘HicksBroadleaf’进行标记筛选,共获得29个多态性标记,群体检测表明有21个标记可以整合定位到一个SSR标记遗传连锁图上.说明IMP标记在烟草中是一种可以利用的分子标记,但跟其他标记一样表现出较低的多态性,需高通量检测平台与之配套来提高其开发效率.
- 高玉龙桂毅杰肖炳光薄世平严广号樊龙江
- 关键词：烟草分子标记
- 烟草IMP分子标记体系的建立与优化
- 2012年
- 为满足烟草遗传分析的需求,建立稳定的IMP标记扩增方法,对IMP分子标记体系进行了优化。以烟草DNA为模板,利用Li-cor4300凝胶分离系统,优化了模板、Mg2+、dNTP、聚合酶浓度等IRD荧光引物扩增反应体系主要参数,建立分析IMP标记的平台。结果显示,影响烟草荧光引物扩增反应最大的因素是dNTPs和引物浓度,反应体系对Mg2+浓度的要求较宽泛,同时,不同的引物对各因素的浓度要求也有差异。最终确定20μL反应体系中,模板DNA70ng,Mg2+浓度2.0mmol/L,dNTPs为0.2mmol/L,rTaqDNA聚合酶1.5U,引物浓度均为1μmol/L。该体系扩增条带稳定,重复性好,适合烟草遗传多样性分析。
- 谢贺高玉龙桂毅杰宋中邦樊龙江肖炳光卢秀萍
- 关键词：烟草PCR反应体系
- 河姆渡古稻DNA提取及其序列分析被引量：6
- 2011年
- 水稻(Oryza sativa)最初在长江中下游地区被驯化,在中国境内已发现大量稻作遗址.目前稻作史研究均是根据形态如小穗轴等来进行驯化进程分析,至今尚无利用序列数据进行分析的报道.本研究对来自3个考古遗址(浙江田螺山遗址、江西新干战国粮仓和浙江湖州毗山遗址唐代文化层,年代分别为7000,2400和1200BP)稻作遗存进行了DNA提取,PCR克隆测定了4个基因组片段.序列分析表明,每个遗址均发现2个以上的水稻基因型,表明当时的种质尚处于混杂状态.与来自亚洲栽培稻以及野生稻的比较分析,发现至少一个古稻基因型在栽培稻中可能已丢失,同时本研究稻作遗存可能为粳稻类型,或当时可能尚处于籼粳稻混种或籼粳分化不明显状态,但粳稻类型占优势.本研究结果表明水稻在驯化过程中发生了显著的基因型分化.在田螺山遗址稻作遗存中还发现与无患子目、蒺藜目和十字花目植物高度同源的序列,这与遗址发现大量楝树遗存以及南方常见田间杂草芥类等植物遗存相吻合.
- 樊龙江桂毅杰郑云飞王煜蔡大广游修龄
- 关键词：ORYZASATIVA古DNA
- 竹稻杂交及比较基因组学研究
- 竹亚科(Bambusoideae)是禾本科植物(Poaceae)中最原始的亚科之一,竹类植物是禾本科植物中最具多样化的一个种群,它以木质的秆、复合分枝、发达的根系和很少开花的特点区别于同科的其它植物。竹亚科包含970余种...
- 桂毅杰
- 关键词：水稻竹类植物比较基因组学远缘杂交
- 文献传递
