门荣新
- 作品数：6 被引量：27H指数：3
- 供职机构：中国海洋大学海洋生命学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因(18S rDNA)扩增及序列变异初步研究被引量：10
- 2005年
- 采用PCR扩增、文库构建、限制性片段长度多态性分析、序列分析和系统学分析等方法,初步研究了夏季胶州湾上层海水浮游桡足类核糖体小亚基RNA基因(18SrDNA)约1.5kb片段的序列变异。从浮游生物混合DNA中选择性扩增桡足类18SrDNA,建立桡足类18SrDNA变异类型文库,并从文库中随机挑选的30个克隆进行分析。结果表明,VspI限制性内切酶能将这些克隆分成频率分别为0.17、0.23和0.6的3种操作分类单元(OTUs),遗传多样性指数达到0.95。3条OTU代表克隆序列与甲壳纲桡足亚纲核苷酸差异数在75.4—97.8之间,而与其他亚纲的差异都高于100。3条OTU代表克隆序列均属于桡足亚纲,其中,AY437861和AY437862属于哲水蚤目。3条OTU代表克隆序列可分为2个高变异区和3个相对保守区,其GC%分别为47.37%、48.16%和48.57%。研究结果表明,混合DNA提取方法简单,设计的引物可选择性地扩增浮游桡足类18SrDNA,根据18SrDNA序列序列变异描述浮游桡足类多样性是可行的。研究结果也为在浮游桡足类分类中引入18SrDNA序列奠定了基础。
- 门荣新杨官品刘永健管晓菁
- 关键词：桡足类
- 胶州湾浮游植物分子遗传多样性初步研究被引量：9
- 2003年
- 用聚合酶链式反应扩增海洋浮游植物总体的核酮糖 1 ,5 -二磷酸羧化 /氧化酶大亚基基因(rbc L)片段 ,建立该基因变异类型文库 ,并随机测定了 38个 rbc L大亚基基因片段序列 ,初步分析了海洋浮游植物分子遗传多样性。将≥ 97%的氨基酸序列相似性定义为种内变异 ,38个片段分别代表1 3个不同的物种 ,或称为不同的操作分类单元。与数据库序列比较发现 ,PPJZ0 1 ,PPJZ1 1和 PPJZ2 0可能是已报道的 rbc L基因序列代表的物种 ,其它克隆在数据库中没有对应的近缘物种序列存在。系统学分析表明分离的克隆分别属于隐藻门、硅藻门、绿藻门和 streptophyta等的浮游植物 ,极少数克隆来源于异鞭毛藻类、定鞭藻纲和原细菌。根据各操作分类单元克隆数计算得胶州湾浮游植物分子遗传多样性指数为 1 .97。研究结果为利用分子生物学方法剖分海洋浮游植物群落结构。
- 刘永健杨官品门荣新
- 关键词：浮游植物分子遗传多样性
- 胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因扩增及序列变异的初步研究
- 该研究的目的是建立胶州湾浮游桡足类18S rDNA的变异类型文库,通过DNA系统学分析揭示该水域浮游桡足类的多样性.采用碱煮法提取胶州湾浮游动物总DNA,引物(247F/1701R)特异性地扩增桡足类18S rDNA的1...
- 门荣新
- 关键词：桡足类核糖体系统学分析系统树
- 文献传递
- 胶州湾浮游桡足类18S核糖体RNA基因序列变异分析
- 2005年
- 设计了桡足类特异引物,从胶州湾浮游生物混合DNA中选择性扩增了浮游桡足类18S核糖体RNA基因片段,建立了该基因片段变异类型文库。从文库中随机选择83个克隆,对所含的18S核糖体RNA基因片段进行了V .spI和BshNIRFLP分析,发现5种操作分类单元(OTU) ,并对这些OTU的代表克隆进行了测序。分析发现获得的克隆均属于桡足亚纲。根据各OTU覆盖的克隆数计算的胶州湾浮游桡足类遗传多样性指数为0 .96。特定基因序列分析能提供易整合、易比较的多样性数据,也是建立浮游生物群落结构分子生物学剖分方法的基础和形态分类的补充。
- 门荣新杨官品沈锡权廖梅杰管晓菁
- 关键词：桡足亚纲生物多样性
- 胶州湾浮游植物遗传多样性及其季节变化研究被引量：6
- 2005年
- 分别于春、夏、秋三季提取了胶州湾浮游生物总DNA,用PCR方法扩增了浮游植物核酮糖1,5-二磷酸羧化/氧化酶大亚基(rbcL)基因片段,构建了三季节rbcL基因片段质粒文库.随机从各文库中选择约50个克隆,测定了这些克隆的序列.以氨基酸序列相同为标准,共获得59个分类操作单元(OTUs),其中春季特有的21个,夏季特有的13个,秋季特有的23个.有两个OTUs为春、夏季表层海水共有.基于OTU丰度计算的香农氏指数能反映遗传多样性水平.胶州湾春、夏、秋三季的香农氏指数分别为2.69,2.44和2.76,表明秋季胶州湾浮游植物遗传多样性最丰富.春、夏、秋三季浮游植物群落组成差异显著.除夏秋季有两个OTUs相同外,其他OTUs在季节间完全不同.表层海水浮游植物群落结构是动态的,随时间、空间的不同而变化.
- 刘永健杨官品管晓菁门荣新
- 关键词：浮游植物群落结构
- 蛋白质感染因子与水产养殖被引量：3
- 2004年
- 介绍了蛋白质感染因子的概念、蛋白质感染因子复制机理假说及其证明、蛋白质感染因子多样性等内容 ,并讨论了水产养殖动物中存在蛋白质感染因子疾病的可能性。
- 杨官品廖梅杰张之文门荣新
- 关键词：水产养殖疯牛病
