吕强 作品数:341 被引量:716 H指数:15 供职机构: 苏州大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家教育部博士点基金 江苏省自然科学基金 更多>> 相关领域: 自动化与计算机技术 轻工技术与工程 医药卫生 一般工业技术 更多>>
基于谱聚类的蛋白质对接复合物最佳预测结构的挑选方法 被引量:4 2015年 蛋白质结构预测过程中常会生成大量候选结构,需从中挑选出最佳预测结构.聚类是一种常见的挑选方法,根据候选结构间的相似度将其划分成不同的类别.与传统聚类算法不同,谱聚类算法可以收敛于全局最优解.它的核心思想是"先降维,再聚类",对包含大量信息的蛋白质结构非常适合.与单体结构挑选、loop结构挑选等相比,对接复合物的挑选更加复杂.因而,本文以蛋白质对接复合物为研究对象,提出一种基于谱聚类的对接复合物最佳预测结构的挑选方法.选取十组数据集进行实验,将本文的方法与能量打分、基于近邻传播算法的方法作比较.实验结果表明,谱聚类算法在对接复合物结构挑选方面可以取得很好的效果. 蔡磊鑫 陈荣 吕强关键词:谱聚类 一种丝蛋白纳米纤维-金属纳米颗粒拉曼增强复合材料及其制备方法 本发明提供一种丝蛋白纳米纤维‑金属纳米颗粒拉曼增强复合材料及其制备方法,方法包括:将高晶丝蛋白纳米纤维在100~1000瓦下超声处理,得到长度30~400nm,厚度1~2nm的丝蛋白纳米短纤维;将丝蛋白纳米短纤维和金属纳... 吕强 许丰瑞Toy模型蛋白质折叠问题的随机扰动粒子群解法 被引量:1 2011年 Toy模型蛋白质折叠问题是一个计算生物学中典型的NP难题。提出了一种随机扰动粒子群结合爬山优化的算法,应用二维Toy模型进行蛋白质折叠结构预测,在Fibonacci测试序列及真实蛋白质序列上的测试结果验证了算法的良好性能。 周洪斌 吕强 温炜关键词:粒子群优化算法 爬山算法 一个微内核操作系统的设计与实现 被引量:4 2008年 设计并实现了一个运行在Bochs虚拟机上的微内核结构的操作系统,详细描述了系统中进程管理、进程间通讯、基本内存管理、磁盘服务器以及文件服务器的设计和实现。并将实现的系统应用于安全路由器的开发中。本系统的实现将有利于从微观上观察操作系统的行为特征,更好地学习、理解和实践微内核机制。同时,也为面向特定应用开发嵌入式操作系统提供了实践经验。 王红玲 吕强 褚亚铭关键词:微内核 操作系统 虚拟机 试析伪随机数发生器对随机局部搜索的影响 被引量:1 2008年 在解决一些NP难的组合优化问题时,很多优秀的元启发算法利用了随机局部搜索(SLS)策略.而随机局部搜索策略的关键在于随机数发生器(PRNG),从随机数发生器的周期和速度特性探索了其对随机局部搜索的影响.主要实验方法是,测试多个实例及运行多遍程序,目的是消除随机意义的偶然性.分析了两个案例:一个是3Opt方法,它是优化旅行商问题(TSP)的有效方法;另一个是RLS方法,其为解决最大团(MCP)的目前最优方法.另外,探索了是否存在较好的随机数发生器.结果表明,对这两个案例,不同特性的随机数发生器对实例有不同程度的影响,而且也存在较好的随机数发生器. 王为磊 吕强关键词:伪随机数发生器 一个面向移动计算设备的E-mail接收代理 被引量:1 2004年 移动计算设备如PDA、手机等具有资源少、网络速度慢的特点 ,因而其接收电子邮件的速度较慢。文中提出了采用E mail接收代理来对电子邮件进行预处理的方法 ,首先根据移动计算设备的接收性能 ,设计一套适合于它的最佳接收规则 ,然后利用该规则来对它所需接收的电子邮件进行过滤、转换等操作 ,使得移动设备能够高效、正确地接收。此外 ,E mail接收代理还可以提供诸如认证、防毒、杀毒和翻译等增值服务 。 钱龙华 吕强 杨季文 钱培德关键词:电子邮件 用户认证 XML LDAP 一维纳米链状Fe<Sub>3</Sub>O<Sub>4</Sub>/丝蛋白复合物及其制备方法 本发明属于材料化学技术领域,尤其涉及一种一维纳米链状Fe<Sub>3</Sub>O<Sub>4</Sub>/丝蛋白复合物及其制备方法,上述复合物包括Fe<Sub>3</Sub>O<Sub>4</Sub>纳米粒子和丝蛋白,... 吕强 盛卫琴 朱鹤孙Monarch信息处理系统的设计 1993年 本文介绍了Monarch信息处理系统的组成和功能,给出系统主控模块的工作流程.文章对系统中的输入数据模块、修改数据模块、查询结果模块、打印结果模块、质控管理模块、建立备份模块和统计工作量模块进行了详细的设计. 朱巧明 杨季文 吕强 朱敏 王雁关键词:信息处理 共享信息素矩阵:一种新的并行ACO方法 被引量:18 2007年 提出并实现了一种新的蚁群优化(ACO)并行化策略SHOP(Sharing one pheromone matrix).主要思想是基于多蚁群在解的构造过程和信息素更新过程中共享同一个信息素矩阵.以ACS和MMAS的SHOP并行实现为例,简要描述了SHOP设计思想和实现过程,尝试了ACS和MMAS并行混合.以对称TSP测试集为对象,将SHOP的实现与相应串行算法在相同计算环境下的实验结果比较,以及与现有的并行实现进行比较,结果表明SHOP并行策略相对于串行ACO及现有的并行策略具有一定的优势. 吕强 高彦明 钱培德关键词:蚁群优化 从头预测蛋白质骨架的一种并行蚁群方法及其在CASP8/9中的应用 被引量:7 2012年 从低同源关系的氨基酸序列预测蛋白质的三维结构被称为从头预测,它是计算生物学领域中的挑战之一.蛋白质骨架预测是从头预测的必要先导步骤.本文应用一种基于共享信息素的并行蚁群优化算法,在现有能量函数指导下,通过不同能量项之间的定性互补,构建具有最低能量的蛋白质骨架结构,并通过聚类选择构象候选集合中具有最低自由能的构象.在CASP8/9所公布的从头建模目标上应用了该方法,CASP8的13个从头建模目标中,模型1中有2个目标的预测结果超过CASP8中最好的结果,7个位列前10名;CASP9的29个从头建模目标中,候选集中的最佳结果中有20个进入Server组的前10名,模型1中有11个进入前10名.本文的结果说明融合多个不同的能量函数指导并行搜索,可以更好地模拟天然蛋白质的折叠行为.同时,在本算法载体上实现了不同种类搜索策略的融合并行,对于用非确定性算法解决类似的优化问题来说也是一种新颖的方法. 吴宏杰 吕强 吴进珍 黄旭 罗小虎 钱培德关键词:蛋白质折叠 启发式算法