牛云云
- 作品数：15 被引量：217H指数：7
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金长江学者和创新团队发展计划国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 现代生物技术在人参属药用植物研究中的应用
- 本文综述了DNA条形码等分子鉴定技术、一代和二代测序技术、基因克隆等现代生物技术在人参属药用植物的物种鉴定、转录组分析、次生代谢产物合成途径及关键酶功能鉴定等研究中的应用案例,表明现代生物技术为人参属药用植物的分子水平研...
- 陈士林朱孝轩陈晓辰牛云云张鑫宋经元罗红梅孙超
- 关键词：现代生物技术物种鉴定次生代谢产物
- 文献传递
- 甘草酸合成生物学元件初探:甘草法呢基焦磷酸合酶基因的克隆及序列分析
- 甘草酸是中药甘草(Glycyrrhiza uralensis)的主要有效成分,法呢基焦磷酸合酶(famesyl-diphosphate synthase,FPS)是甘草酸合成途径中关键酶之一。根据甘草转录组数据设计引物,...
- 李滢牛云云宋经元罗红梅李秋实孙超
- 关键词：甘草甘草酸基因克隆
- 蛇足石杉鲨烯环氧酶HsSE1基因克隆及表达分析
- 目的:对蛇足石杉鲨烯环氧酶基因(Squalene epoxidase,SE)的cDNA进行克隆及表达分析。方法:根据课题组已获得的蛇足石杉(Huperzia serrata)转录组数据中的SE1转录本序列,设计基因全长扩...
- 殷秀梅牛云云张鑫罗红梅
- 关键词：蛇足石杉
- 文献传递
- 基于高通量测序454 GS FLX的丹参转录组学研究被引量：93
- 2010年
- 本研究应用新一代高通量测序技术454GS FLX Titanium对2年生丹参根的转录组进行测序,研究其基因表达谱,挖掘其功能基因。获得46722表达序列标签(express sequence tags,EST),序列平均长度414bp,与Sanger测序的长度相当。所得序列与GenBank丹参EST合并拼接,获得18235条unigene,其中,454高通量测序发现了13980条新的unigene。数据库中的序列同源性比较表明,其中73.0%(13308条)与其他生物的已知基因具有不同程度的同源性。通过BLAST与Gene Ontology分析获得了可能参与丹参酮合成的序列27条(编码15个关键酶),参与丹酚酸合成的序列29条(编码11个关键酶),细胞色素P450序列70条,转录因子序列577条。454高通量测序技术作为药用植物功能基因组研究的重要手段可在丹参功能基因的发现中发挥重要作用,这些基因的发现为丹参酮和丹酚酸类化合物生物合成研究奠定了基础,同时也为丹参的转录组研究提供了基础数据。
- 李滢孙超罗红梅李西文牛云云陈士林
- 关键词：丹参表达序列标签转录组
- 甘草酸合成生物学元件初探：甘草法呢基焦磷酸合酶基因的克隆及序列分析
- 2013年
- 甘草酸是中药甘草的主要有效成分,法呢基焦磷酸合酶(FPS)是甘草酸合成途径中关键酶之一。根据甘草转录组数据设计引物,对FPS基因进行克隆,获得甘草FPS基因的全长编码序列。甘草FPS基因编码区全长1 029 bp,编码342个氨基酸残基。将甘草FPS基因与GenBank中其他植物FPS基因序列进行比对分析,发现其核酸序列与鹰嘴豆、苜蓿、蒺藜苜蓿、大豆、百脉根的序列相似度最高,分别达到94%、94%、93%、93%、92%。进一步的系统进化分析表明FPS基因具有较高的保守性,其序列进化树与植物分类一致。
- 李滢牛云云宋经元罗红梅李秋实孙超
- 关键词：甘草甘草酸基因克隆
- 龙骨马尾杉环阿屯醇合成酶(HcCAS1)基因的克隆和生物信息学分析被引量：7
- 2012年
- 目的:对大伸筋草的原植物龙骨马尾杉Huperzia carinata环阿屯醇合成酶(cycloartenol synthase,CAS)基因HcCAS编码区进行克隆及序列分析。方法:根据本实验室已报道的龙骨马尾杉转录组高通量测序结果分析获得1条具有环氧角鲨烯环化酶保守结构域的CAS基因序列,采用RT-PCR技术,以龙骨马尾杉根、茎、叶混合样品总RNA为模板克隆得到龙骨马尾杉HcCAS基因的编码区序列,并对HcCAS蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析。结果:序列分析表明,所克隆的HcCAS基因编码区开放阅读框(open reading frame,ORF)长为2 274 bp,编码757个氨基酸残基,命名为HcCAS1(GenBank登陆号JN790125)。结论:该研究在国内外首次获得龙骨马尾杉HcCAS基因的编码区序列,为进一步研究HcCAS蛋白在石杉科植物甾醇合成途径中的功能及酶活性位点的鉴定奠定基础。
- 牛云云罗红梅陈士林黄林芳
- 关键词：次生代谢
- 蛇足石杉HsCAS1基因克隆及序列分析被引量：5
- 2012年
- 本研究对蛇足石杉(Huperzia serrata)环阿屯醇合成酶(Cycloartenol synthase,CAS)基因HsCAS1编码区进行克隆及序列分析。根据本实验室已获得的蛇足石杉转录组数据,从中获得1条具有环氧角鲨烯环化酶保守结构域的编码CAS的转录本,采用RT-PCR方法获得该基因的编码区序列,并对HsCAS1蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析。利用实时荧光定量PCR方法检测HsCAS1基因在蛇足石杉的根、茎、叶中的表达情况。序列分析表明,所克隆的HsCAS1基因编码区长为2,271 bp,编码756个氨基酸残基,HsCAS1与紫果冷杉(Abies magnifica)的CAS具有61%的序列相似性。生物信息学预测HsCAS1蛋白含有3个跨膜区,具有萜类环化酶等保守结构域,不含信号肽。HsCAS1在蛇足石杉的根中表达丰度高于茎和叶。本研究在国内外首次获得蛇足石杉HsCAS1基因的编码区序列,为进一步研究HsCAS1在石杉科植物甾醇合成途径中的功能及鉴定酶活性位点奠定基础。
- 罗红梅张鑫牛云云宋经元陈士林殷秀梅何顺志
- 关键词：蛇足石杉甾醇次生代谢
- 细胞色素P450在人参皂苷生物合成途径中的研究进展被引量：11
- 2012年
- 细胞色素P450(CYP450)是一类超基因家族编码的单加氧酶,参与萜类、生物碱和甾醇类等多种次生代谢产物的合成与代谢。CYP450对人参皂苷三萜碳环骨架进行羟基化和氧化等一系列复杂修饰作用,是人参皂苷生物合成途径中的关键酶。近年来利用新一代测序技术及生物信息学分析等方法,从CYP450家族中筛选出参与人参皂苷生物合成的相关CYP450s,并对候选基因(CYP716A47)进行了生物功能验证,进一步阐明了人参皂苷合成途径。本文对人参皂苷生物合成途径做简要介绍,并对近年来CYP450在人参皂苷生物合成途径中的研究进行综述,为阐明人参皂苷合成途径及通过基因工程手段合成人参皂苷提供理论依据。
- 牛云云罗红梅黄林芳陈士林何顺志
- 关键词：人参皂苷生物合成途径
- 转录组学在药用植物研究中的应用被引量：51
- 2010年
- 药用植物转录组学研究已经成为药用植物基因组研究中最活跃的领域之一。以转录组学的产生、发展和研究方法为基础,介绍了药用植物中转录组学的应用现状,重点介绍了转录组学当前采用的技术手段以及在西洋参、丹参、乌拉尔甘草功能基因组学中的研究进展。同时对转录组学在药用植物中的发展前景进行了讨论。
- 吴琼孙超陈士林罗红梅李滢孙永珍牛云云
- 关键词：药用植物转录组学功能基因组学GS表达序列标签
- 西洋参PqERF1基因的克隆和生物信息学分析被引量：13
- 2011年
- 乙烯响应因子(ethylene response factor,ERF)是具有PETALA2(AP2)结构域的转录因子。本研究通过西洋参(Panax quinquefolius L)的转录组高通量测序结果分析获得75条具有AP2结构域的转录因子序列,并克隆到一条开放阅读框为933对碱基的基因序列,定名为PqERF1。基因表达分析结果表明PqERF1基因受茉莉酸甲酯(MeJA)的诱导,这与人参皂苷含量的受诱导模式相同。蛋白结构预测结果表明PqERF1是定位于细胞核的具有完整保守的AP2结构域的转录因子,InterproScan蛋白功能结构域分析结果表明PqERF1很可能为发病机制相关蛋白;序列比对和进化关系分析结果也显示PqERF1与发病机制相关蛋白(烟草NtERF4)、次生代谢产物相关合成蛋白(野胡萝卜DcERF1)和花衰老相关蛋白(矮牵牛PhERF12)的相似性高,且系统进化关系较近。因此,推测PqERF1基因可能是参与西洋参次生代谢产物合成调节、抗病性和衰老相关的重要基因。
- 孙永珍牛云云李滢朱英杰罗红梅陈士林
- 关键词：西洋参实时荧光定量PCR次生代谢植物防御
