陈建中
- 作品数：30 被引量：23H指数：3
- 供职机构：山东交通学院理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山东省自然科学基金博士科研启动基金更多>>
- 相关领域：理学生物学医药卫生机械工程更多>>
- 基于高重复频率飞秒激光直写技术制作衍射光栅的研究被引量：2
- 2016年
- 基于由光子晶体光纤飞秒激光器产生的高重复频率飞秒激光搭建了飞秒激光微加工系统,利用LabVIEW编写程序精密控制三维移动平台的移动路径和高速快门,在加工功率为1.5W、移动速率为1mm/s时,利用直写技术在无胶铬版上得到了微米量级的任意形状的平面衍射光栅。利用CCD相机对光栅制备过程进行实时监视,保证了光栅的加工质量。制备的光栅在显微镜下观察,条纹边缘清晰、线纹粗细均匀。使用He-Ne激光照射加工的光栅,可以获得清晰、稳定、与理论符合很好的夫琅和费(Frauhofer)衍射图样,显示了所加工的光栅具有良好的光学性能。实验结果也表明了光子晶体光纤飞秒激光在光栅制作过程中所具备的良好的加工性能。
- 王伟梁志强陈建中
- 关键词：超快光学光子晶体光纤光栅
- 一种精确测量波片相位延迟量的方法
- 一种精确测量波片相位延迟量的方法，属波片参数测量技术领域，该装置包括光源，光阑、起偏器、待测波片、检偏器、光谱仪和计算机，通过测量出第一光谱强度I<Sub>1</Sub>(λ)的分布曲线和第二光谱强度I<Sub>2</S...
- 王伟梁志强陈建中
- 文献传递
- 分子动力学研究V82A和L90M变异对HIV PR-IDV复合物的影响被引量：2
- 2010年
- 为了说明V82A和L90M变异对蛋白酶(PR)和茚地那韦(IDV)复合物的影响,进行了5.5ns的MD模拟.用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,计算和实验结果一致.分解自由能为不同能量项说明,这两个变异引起熵的贡献变化大于焓的贡献变化.分解自由能到每个残基说明Wild,V82A和L90M具有相似的结合模式,结合能的贡献主要来源于A28/A28',I50/I50'和I84/I84'这六个残基组,详细分析了Wild和IDV的结合模式,对比分析了V82A和L90M变异引起结合模式的细小变化.V82A变异引起结合模式的变化是由于变异后位阻减小导致的.L90M变异引起D25和L90间的作用增强并引起结合模式的细小变化.研究结果有助于更好地理解变异对抑制剂和HIV-1PR结合模式的影响,并可以用来帮助设计更高效的PR抑制剂.
- 扈国栋陈建中时术华伊长虹张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学模拟
- HIV-1蛋白酶与抑制剂相互作用的理论计算研究
- 随着人们对人类基因作用的认识，以功能基因组学和蛋白质组学为主要研究对象的后基因组时代已经到来。蛋白质结构与功能关系的研究以及这些研究的实际应用，已经成为蛋白质学科研究的重要组成部分。一些病毒蛋白在病毒的生命周期中起到关键...
- 陈建中
- 关键词：抑制剂抗药性人类免疫缺陷病毒
- 分子动力学模拟研究质子化态在HIV-1 Protease-Indinavir复合物中的作用被引量：3
- 2009年
- I型人体免疫缺陷病毒(HIV-1)蛋白酶中Asp25/Asp25'的质子化对于理论研究HIV-1蛋白酶和抑制剂的作用机制以及氨基酸变异对抗药性的影响有重要意义.分别对Protease-Indinavir(PR-IDV)复合物的六种可能的质子化态进行了5ns的分子动力学模拟,分析了不同状态对动力学特征和结构的影响,用molecular mechanics/Possion-Boltzman surfacearea(MM-PBSA)方法计算了PR和IDV在各种状态下的结合自由能.计算结果说明A链Asp25的OD2的质子化是最为可能的状态.对PR-IDV复合物中起到媒介作用的水分子与PR-IDV复合物形成的氢键进行了分析,分析结果说明不同的质子化态对水分子在PR-IDV复合物中所起的媒介作用没有影响,这一结果与我们先前对PR-BEA369复合物的研究不同.我们的研究结果为更高效的PR抑制剂的设计以及PR氨基酸变异对药物抗药性的研究提供了理论上的指导.
- 时术华扈国栋陈建中张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学MM-PBSA
- 肿瘤蛋白MDMX与抑制剂PMI作用机制的分子动力学研究
- 2012年
- 恢复抑癌蛋白p53的功能已经成为一种治疗癌症的新途径。本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了抑制剂PMI与肿瘤蛋白MDMX的结合自由能。结果表明范德华相互作用驱动了PMI与MDMX的结合。同时也使用基于残基对的自由能分解方法计算了残基–残基相互作用,结果不仅表明PMI的5个残基能与MDMX产生强烈的相互作用,而且也表明CH-CH,CH-π,π-π相互作用主导了PMI在MDMX疏水性裂缝中的结合。我们期望这个研究能为抑制p53-MDMX相互作用药物的研发提供理论上的启示。
- 程伟渊梁志强王伟伊长虹王克彦李洪云陈建中
- 关键词：分子动力学MM-PBSA
- 分子和表面碰撞过程中能量的转移
- 分子反应动力学是物理化学的一个重要研究分支。它以现代物理理论和实验技术为基础,从原子、分子的微观性质出发,分析分子之间的运动及其相互作用,认识原子和分子物理过程的本质及其规律。作为分子反应动力学的研究方法之一,动力学李代...
- 陈建中
- 文献传递
- 抑制剂PMI与MDM2结合模式的分子动力学研究
- 2013年
- p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标。采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了肽类抑制剂PMI与MDM2的绝对结合自由能,通过基于残基的自由能分解方法计算了MDM2的各残基与PMI的相互作用。结果表明:CH-π、CH-CH和π-π相互作用驱动了PMI在MDM2疏水性裂缝中的结合;相关矩阵的计算表明PMI在一定程度上诱导了MDM2内部的相关运动。
- 时术华陈建中张庆刚张少龙
- 关键词：物理化学分子动力学模拟相关矩阵PMI
- 抑制剂对溴结构域蛋白4的两个溴结构域选择机制的多副本分子动力学模拟和自由能分析
- 2023年
- 溴结构域蛋白4在细胞周期调节中至关重要,已成为治疗各种癌症的潜在靶标、溴结构域蛋白4包含两个溴结构域,即BD1和BD2.研究表明,选择性地抑制BD1或BD2可能提供更有效的治疗方案.因此,了解抑制剂对BD1和BD2结合的选择性机制对于开发BD1和BD2的高选择性抑制剂至关重要.本文利用多副本分子动力学模拟研究了抑制剂SG3-179、GSK778和GSK620对BD1和BD2的结合选择性.结果显示,BD1比BD2具有更强的结构灵活性,而且BD1和BD2表现出不同的内部动力学.对自由能景观的分析表明,BD1和BD2的构象分布存在明显的差异.结合自由能预测表明,熵变、静电相互作用和范德华相互作用是SG3-179、GSK778和GSK620对BD1和BD2选择性结合的关键因素.单个残基能量贡献的计算表明,(BD1,BD2)中的残基(W81,W374)、(P82,P375)、(Q85,K378)、(V87,V380)、(L92,L385)、(N93,G386)、(L94,L387)、(C136,C429)、(N140,N433)、(K141,P434)、(D144,H437)和(I146,V439)在SG3-179、GSK778和GSK620与BD1和BD2的结合中产生明显的能量差异,它们可以作为开发针对BD1或BD2的高选择性抑制剂的有效靶点.相关信息可为提高抑制剂对BD1和BD2的选择性提供重要的理论指导.
- 李梦刘新国张少龙孙嘉豪张庆刚陈建中
- HIV-1蛋白酶与抑制剂3G3相互作用机制的分子动力学研究被引量：2
- 2013年
- HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MM-PB/SA方法计算了抑制剂3G3与HIV-1蛋白酶的结合自由能,结果表明范德华作用驱动了3G3与蛋白酶的结合.同时也采用了基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果证明残基Ala28,Val32/Val32′,Ile47,Gly49,Ile50/Ile50′,Ile84/Ile84′和Pro81′能与蛋白酶产生较为强烈的相互作用,同时也表明CH-π,π-π和CH-O相互作用控制了3G3与蛋白酶的结合.我们期望这个研究能为抗艾滋病的药物设计提供理论上的指导.
- 伊长虹梁志强王伟尹妍妍李洪云陈建中
- 关键词：分子动力学模拟
