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孙啸: 作品数：164 被引量：399H指数：10; 供职机构：东南大学生物科学与医学工程学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金江苏省自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术电子电信更多>>

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下一代测序技术在干细胞转录调控研究中的应用被引量：2: 2017年; 基因转录调控及其机制分析是后基因组时代生物学研究的重点之一。随着高通量测序技术的发展,人们可以从不同层面研究基因的转录调控行为,从转录组、转录因子结合,到染色质局部结构和整体空间构象,可系统分析转录调控的分子机制。干细胞分化过程的转录调控分析对研究再生医学和理解细胞癌变机制等具有重要意义。本文综述了下一代测序技术在干细胞转录调控研究中的应用,包括:(1)基于基因芯片或RNA测序的转录组分析;(2)基于染色体免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation,Ch IP)测序的表观基因组和转录因子结合信息的分析;(3)基于DNase酶切测序(DNase-Seq)的染色质开放性分析;(4)基于高通量染色质构象捕获(high-throughput chromosome conformation capture,Hi-C)技术的染色体远程相互作用分析。从基因表达谱、转录因子结合和基因组三维结构等层面展开介绍,重点关注了一些多能性转录因子(Oct4、Sox2和Nanog等)在维持干细胞干性和分化中的调控作用,以期为干细胞转录调控的研究提供借鉴和参考。; 刘亚军张峰刘宏德孙啸; 关键词：胚胎干细胞转录组 CH

实现DNA序列分析中增加测序阅读长度的测定方法: 一种实现DNA序列分析中增加测序阅读长度的测定方法：使用现有的电泳或非电泳DNA测序方法，测得待测DNA测序模板的碱基数量为5～40个碱基序列，人工合成另一段测序引物，该另一段测序引物由测序杂交定位片段及测序起点定位片段...; 肖鹏峰陆祖宏孙啸唐静; 文献传递

Dynamic nucleosome positioning in human CD4+ T cell: In this study,dynamic nucleosome positioning in human CD4+ T cell was investigated.We explained that nucleosom...; 刘宏德黄焕段学野孙啸; 关键词：NUCLEOSOMES; 文献传递

循环杂交延伸DNA测序方法: 循环杂交延伸DNA测序方法是一种实现了延伸标记物的清除方法，涉及一种循环杂交－延伸DNA测序方法，其步骤为：步骤1)当测序引物与固定的未知DNA模板杂交后，通过在测序引物上每次延伸一个标记单体、并检测后来确定不同位置的未...; 肖鹏峰陆祖宏白云飞吕华孙啸谢建明; 文献传递

一种优化的重叠混合测序方法: 本发明公开了一种优化的重叠混合测序方法，包括如下步骤：基于测序过程中测序深度服从负二项分布、测序错误服从二项分布的一般规律，提出了混合测序的深度模型，并基于此模型计算并设计了混合测序的最佳深度，通过降低冗余测序深度有效减...; 孙啸曹唱唱李成; 文献传递

构建基于R语言的生物信息学研究平台: ＜正＞R语言是基于统计计算和图形显示的开放式软件平台,在这个平台上可以开发出面向特定应用的软件,Bioconductor就是其中之一。Bioconductor是面向基因组信息分析的应用软件集合,其功能包括对DNA微阵列数...; 吴栋杨孙啸; 文献传递

单细胞数据的整合方法综述被引量：1: 2021年; 单细胞测序技术的出现使得人们能够以前所未有的精度观测细胞。然而,单次单细胞转录组测序(scRNA-seq)实验难以捕获所有细胞和基因的信息,单个模态的单细胞数据无法详细阐释细胞状态和系统变化,单细胞数据的整合分析旨在解决这两类问题。整合不同来源的scRNA-seq数据,可以收集完整的细胞类型,为构建细胞图谱提供强大助力;整合多个模态的单细胞数据,可以研究模态间因果关系和基因调控机制。数据整合方法的开发与应用帮助充分挖掘单细胞数据的丰富性和相关性,发现有意义的生物学变化。基于此,本文综述了多源scRNA-seq数据整合和单细胞多模态数据整合的基本原理、方法和应用,并讨论了现有方法的优势和不足,最后对未来的发展前景予以展望。; 潘多李华梅刘宏德孙啸; 关键词：多模态数据整合细胞类型

生物芯片的动态变温检测方法及芯片检测设备: 本发明公开了一种用于生物芯片检测的生物芯片动态变温检测方法，首先将待检测芯片与杂交液进行杂交，待杂交完成后用冲洗液对芯片进行冲洗，然后用热流体对芯片进行加热，当芯片温度达到检测温度时，用芯片扫描仪对芯片进行检测。本发明还...; 陆祖宏洪庆月王宏孙啸; 文献传递

Auto-selection order of Markov chain for background sequences with chi-square test被引量：1: 2003年; Modeling non coding background sequences appropriately is important for the detection of regulatory elements from DNA sequences. Based on the chi square statistic test, some explanations about why to choose higher order Markov chain model and how to automatically select the proper order are given in this paper. The chi square test is first run on synthetic data sets to show that it can efficiently find the proper order of Markov chain. Using chi square test, distinct higher order context dependences inherent in ten sets of sequences of yeast S.cerevisiae from other literature have been found. So the Markov chain with higher order would be more suitable for modeling the non coding background sequences than an independent model.; 谢雪英孙啸陆祖宏

Hi-C的干细胞染色质多重相互作用特征分析: 2017年; 染色质高级结构是基因转录调节的重要因素,染色质多重相互作用是高级结构中的一种,是多个(≥3)染色质片段在空间上相互接触而形成的紧凑结构。为了解染色质多重相互作用这类高级结构的特征及其在干细胞中分化中起到的作用,通过对Hi-C数据进行相关分析并计算基因的FPKM表达量,研究了染色质多重相互作用。分析发现:多重相互作用约占所有作用的30%,包含近70%的基因;此类作用区域的高表达基因多于低表达基因;且与组蛋白乙酰化相关性高。在分化过程中,多重作用位点数目和比例减少;位于多重作用区域的基因的表达略有降低;组蛋白乙酰化(H3K27ac和H3K23ac)在多重作用区域的减弱,而组蛋白甲基化(H3K4me3和H3K27me3)倾向于增强。结果表明,染色质多重相互作用是一种广泛存在的染色质高级结构,在干细胞分化中有重要作用,此类结构多具有H3K27ac修饰,调节基因的表达。总之,染色质多重相互作用是一种重要的基因转录调节因素,在细胞分化中具有调控作用。; 张峰刘亚军谢建明孙啸刘宏德; 关键词：基因表达组蛋白修饰