崔颖
- 作品数：14 被引量：15H指数：2
- 供职机构：哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金哈尔滨市科技创新人才研究专项资金黑龙江省卫生厅科研项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生文化科学自动化与计算机技术更多>>
- 组合数学在生物信息学教学中的应用被引量：1
- 2012年
- 从试验中获取的生物信息进行储存、检索和分析是生物信息学研究的基本工作,所得的生物信息往往是离散的数据,而组合数学研究的对象就是离散数据,并有成熟的理论体系和组合算法思想,因此可以利用组合算法模型,以计算机为工具研究生物信息数据。本文浅谈组合数学在生物信息学教学中应用,以及在生物信息学专业中开设的重要性。
- 苏建忠张岩刘洪波王芳崔颖
- 关键词：组合数学生物信息学
- 基于综合DNA序列特征的支持向量机方法识别核小体定位被引量：3
- 2020年
- 本文基于Z曲线(z-curve)理论和位置权重矩阵(PWM)提出一种构建核小体DNA序列的模型。该模型将核小体DNA序列集转换成三维空间坐标,通过计算该序列集的位置权重矩阵获得相似性权重得分,将两者整合得到综合序列特征模型(CSeqFM),并分别计算候选核小体序列和连接序列到模型CSeqFM的欧氏距离作为特征集,投入到支持向量机(SVM)中训练和检验,通过十折交叉验证进行性能评估。结果显示,酵母核小体定位的敏感性、特异性、准确率和Matthews相关系数(MCC)分别为97.1%、96.9%、94.2%和0.89,受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)达到0.980 1。与其他相关Z曲线方法比较,CSeqFM方法在各项评估指标中均表现出优势,具有更好的识别效果。同时,将CSeqFM方法推广到线虫、人类和果蝇的核小体定位识别中,AUC均高于0.90,与iNuc-STNC和iNuc-PseKNC方法比较,CSeqFM方法也表现出较好的稳定性和有效性,进一步表明该方法具有较好的可靠性和识别效能。
- 崔颖崔颖李建中
- 关键词：支持向量机核小体Z曲线位置权重矩阵欧氏距离
- NF-κB在皮肌炎中的表达及糖皮质激素对其影响
- 目的：探讨NF-κB在皮肌炎患者外周血单个核淋巴细胞中的表达及糖皮质激素对其影响。深入阐明皮肌炎的发病及复发机制，为临床治疗疾病及新药开发提供方法和理论依据。
方法：分别从正常人和皮肌炎患者的外周血中提取单个核...
- 崔颖
- 关键词：皮肌炎核转录因子糖皮质激素
- 文献传递
- 基于ChIP-seq的差异组蛋白修饰区域的筛选被引量：1
- 2014年
- 组蛋白修饰是在基因组水平上起到重要调控作用的表观遗传修饰,随着ChIP-Seq的广泛使用,高通量数据的积累,为从全基因组研究组蛋白修饰模式奠定了基础。但目前缺乏在多样本间筛选疾病相关的调控区域的方法,因而本文开发了一种多细胞系的差异筛选算法来识别差异组蛋白修饰区域。本文通过窗口移动法来估计组蛋白修饰水平,并根据信息熵理论定量各个细胞系之间的差异。基于随机背景来确定差异显著性阈值。利用此算法来筛选人类全基因组9个细胞系间H3K4me3差异的区域,结果显示这些区域显著富集在基因启动子上和其他重要的染色质状态上,且与先前人们发现的活性启动子染色质状态显著重叠。通过文献挖掘进一步证实了与白血病相关的基因组标记。这些结果表明基于熵的策略可有效地挖掘多细胞系间以及与疾病相关的差异组蛋白修饰。
- 祝让飞刘洪波苏建忠王芳崔颖张岩
- 关键词：表观遗传修饰
- 基于位置权重矩阵的核小体识别及功能分析被引量：1
- 2016年
- 为研究高通量的人类CD4+T细胞的核小体定位模式,使用迭代算法对核小体定位模式进行分类,并利用位置权重矩阵方法分别构建稳定核小体定位序列、动态核小体定位序列和连接区序列模型,通过十倍交叉验证评估模型性能,并与Segal方法与弯曲度方法进行比较,发现位置权重矩阵方法在敏感性、精度和准确性方面都具有一定优越性。同时采用滑窗法在全基因组选取候选序列进行核小体识别,挖掘核小体定位相关基因,并进行基因生物学进程功能富集分析,发现稳定与动态核小体、真实与潜在核小体对应的基因所参与调控的生物学过程各有不同,但也有一些生物学过程为不同类别核小体所共有,例如对细胞内大分子的调控功能。
- 岁品品邢旭东王宏崔颖
- 关键词：核小体定位位置权重矩阵
- 人类CD4^+T细胞核小体定位模式及其与TFBS分布特征关系研究被引量：1
- 2014年
- 目的研究人类CD4+T细胞全基因组核小体抑制和激活状态下的定位模式,转录因子结合位点(Transcription factor binding site,TFBS)分布特征以及两者之间的关系。方法采用生物信息学软件R、Java等通过编写比对算法进行统计学分析。结果人类CD4+T细胞中核小体定位在染色质上的分布比例为0.6,从休眠到激活状态核小体定位发生位置改变,呈现稳定定位模式和动态定位模式,且比例分别为2%和98%,核小体定位具有较大的动态变化性;核小体定位与TFBS位置关系研究中,发现分布在核小体内的TFBS数目较大,但总体长度较短;而分布在连接DNA上的TFBS数目相对较少,但总体长度较长。结论人类CD4+T细胞休眠和激活状态下全基因组的核小体定位模式基本一致,核小体定位与TFBS关系有明显特征。
- 蓝贤梅黄艳崔颖
- 关键词：核小体定位CD4+T细胞转录因子结合位点
- 微管相关蛋白-2抗体与神经精神性狼疮的相关性研究
- 目的：检测微管相关蛋白-2(MAP-2)抗体及神经元特异性烯醇化酶(NSE)在神经精神性狼疮(NPSLE)患者中的阳性率，探讨其相关性及可能致病机制。
方法：采用ELISA检测19例NPSLE患者、31例无神经精神...
- 崔颖
- 关键词：神经精神性狼疮神经元特异性烯醇化酶
- 生物信息学专业Java语言课程的教学方法初探被引量：1
- 2016年
- Java语言是一门面向对象的编程语言,功能强大,在工业界和学术领域具有广泛的应用。本文针对生物信息学专业的Java语言课程教学提出了几点教学建议,注重理论基础、实践基础的学习,采用项目驱动教学方法和引入PBL教学方法,使学生掌握Java语言的编程思想并能够将其应用到生物信息学专业领域中,为以后的工作和学习打下良好的编程基础,培养使用Java语言开发应用平台的能力,帮助学生解决生物信息学专业问题。
- 崔颖史庆春徐建凯李孔宁
- 关键词：生物信息学JAVA语言PBL教学方法
- 医学院校医用高等数学教学方法的探讨被引量：5
- 2009年
- 从高等数学在医学院校课程开设的特点和现状出发进行探讨,加深学生理解高等数学在医学中的应用。通过精选教学内容改进教学方法,利用辅助的多媒体课件提高学生的学习兴趣,加设数学实验课来锻炼和提高学生运用高等数学的知识思想解决医学实际问题的能力,通过重视习题锻炼学生的总结和综合运用知识的能力。
- 王芳苏建忠崔颖张岩
- 关键词：医用高等数学教学方法数学实验习题
- 基于模糊理论预测CpG岛新方法被引量：1
- 2009年
- 启动子区域的CpG岛的异常甲基化是识别癌症的重要标志之一。目前已经建立的一些CpG岛的预测思想和方法都有自身的缺点,基于模糊理论的预测思想从贴进度的角度来判定CpG岛,能更容易地找到被以往方法所忽略的具有更多生物学意义的CpG岛。本研究通过构建属于CpG岛集合的隶属函数,计算候选序列的隶属度,找出所有的可接受隶属程度的CpG岛。将该方法应用于UCSC数据库中的一段序列(hg18-chr1-31618510-31623510--1000)进行预测,发现提高了预测的精确度。可见应用模糊理论预测CpG岛具有一定的可行性,利用选取不同的截集,可以得到更为精确的CpG岛。
- 王金龙苏建忠王芳崔颖张岩
- 关键词：CPG岛隶属函数截集
