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葛建镕: 作品数：35 被引量：213H指数：9; 供职机构：北京市农林科学院玉米研究中心更多>>; 发文基金：国家科技支撑计划北京市农林科学院科技创新能力建设专项吉林省教育厅基金更多>>; 相关领域：农业科学生物学自动化与计算机技术更多>>

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植物品种SSR指纹分析专用软件SSR Analyser的研发被引量：16: 2018年; 【目的】开发适用于植物品种SSR指纹分析的软件工具,实现植物品种SSR指纹分析的自动化和标准化,解决SSR标记在实际应用中存在的数据采集效率较低、数据共享难度较大等问题。【方法】在商业化软件Gene Marker?的基础上,针对植物品种SSR指纹分析的特殊性,在SSR指纹处理、panel设计、数据库对接等方面进行算法开发或优化,形成植物品种定制化软件SSR Analyser,并在玉米等多种作物上测试其分析效果。【结果】在SSR指纹处理功能上,软件通过先用系统计算的矩阵进行弱消除,再用Pull-up峰匹配算法进行单峰消除的方案实现了对Pull-up峰准确自动消除;通过优化N+1峰、连续多峰等特殊峰型读取的算法,解决了特异峰不识别、读不准、误读等问题,对2 bp重复类型SSR标记为主的植物品种指纹采集更加精准;通过完善邻峰过滤、高低峰过滤和二倍体过滤算法,解决了植物品种混合样品的有效峰采集问题。在Panel设计功能上,软件兼顾了Panel设计的灵活性、方便性和统一性,在保证数据采集标准化的前提下,更加适应复杂的试验情况:提高了标记参数设置的灵活性,根据不同参数作用范围,标记参数设置既有针对特定物种、Panel一次性固定设置的参数,也有针对每个引物位点、每块电泳板单独设定或微调的参数;实现了从已有标记中快速重新组合形成新Panel的功能;保证了Panel的统一调用和同步更新。通过将软件与指纹库管理系统的无缝对接,实现了样品准备到指纹采集全流程的自动化、标准化,形成的指纹库具有直观可追溯的优势。将SSR Analyser在玉米大规模建库中试用,表明该软件的指纹分析更加简单高效,比原软件分析效率提高了10倍以上;将SSR Analyser扩大到水稻、大豆、黄瓜、西瓜、大白菜等多种二倍体作物和小麦、棉花等多倍体作物中试用,表明在二倍体作物上使用效果较�; 王凤格李欣杨扬易红梅江彬张宪晨霍永学朱丽葛建镕王蕊任洁王璐田红丽赵久然; 关键词：植物品种 SSR DNA指纹软件开发

基于KASP平台的转基因玉米高通量特异性检测方法被引量：1: 2023年; 为了促进转基因玉米产业化发展,加快优良性状转化体与骨干自交系的转育工作,适用于回交群体的高通量前景选择方法亟待开发。本研究以转基因玉米DBN9936为材料,根据其外源插入片段及其侧翼序列,采用primer5软件设计了6对特异性引物,与内标准基因zSSIIb引物进行组合用于评估,获得最优引物组合后,进一步开展特异性验证、检出限测试和多样品验证。结果显示,最优引物组合为DBN9936-LB1*zSSIIb-k1;10份DBN9936 BC1代种子的KASP基因分型结果与琼脂糖凝胶电泳结果完全一致;10份转化体DBN9858、DBN9501、C0010.1.3、C0010.3.1、C0010.3.7、C0030.2.5、BT11、GA21、MIR162和2A-7的转基因玉米样品在双平台上检测结果均表现为阴性;转基因玉米DBN9936的检出限为10%;48份不同DBN9936杂交种材料的KASP基因分型结果均表现为阳性。综上,本研究方法可用于转基因玉米DBN9936回交转育过程中的前景选择,且样品通量高,为其他农作物在转基因育种过程中的目标基因检测提供了技术参考。; 朱少喜金肇阳葛建镕王蕊王凤格路运才; 关键词：转基因玉米回交转育高通量

利用高密度SNP芯片定位玉米雄穗分枝数QTL被引量：2: 2022年; 玉米雄穗分枝数是影响玉米产量的重要因素之一,研究控制玉米雄穗分枝数的QTL位点对玉米品种改良、分子辅助育种具有重要意义。本研究利用京科968的双亲京724和京92构建BC1F1群体,以Maize6H-60K高质量高密度SNP芯片鉴定群体基因型,获得28910个高质量多态性SNP,构建了包含2737个BIN标记的高密度遗传图谱,各染色体BIN标记数在145~512个之间,BIN标记平均遗传距离为0.56 cM。2021年将亲本及727个单株种植在北京,调查雄穗分枝数。采用QTL IciMappingV4.2的完备区间作图法进行雄穗分枝数QTL检测及定位,共检测到6个QTL,分别位于第2、5、6、7、8和9染色体,QTL的LOD值范围为3.18~11.08,揭示1.58%~5.59%的表型变异。通过物理位置比对,6个QTL中有4个与前人定位在相同区域,qTBN6和qTBN7尚未见报道。其中qTBN6的LOD为6.73,增效等位基因来自京724,具有负的加性效应,作用为减少雄穗分枝数。本研究为克隆调控雄穗分枝数功能基因奠定了基础。; 徐翠许理文葛建镕张华生王元东路运才王凤格; 关键词：玉米 QTL定位

吉林省主推玉米品种的SSR分子标记纯度鉴定被引量：6: 2022年; 针对吉林省主推玉米品种,构建了一套科学高效的纯度鉴定体系。以吉林省主推的50个玉米品种为研究材料,从GB/T 39914-2021公布的40对SSR引物中筛选出9对用于吉林省主推玉米品种的纯度鉴定。筛选出的9对引物杂合度在82%~100%,平均杂合度为91.5%,PIC值在0.44~0.75,平均PIC值为0.63。该组引物多态性高、稳定性强、分辨率高且非特异扩增片段少。将9重扩增体系进行优化,形成吉林省主推玉米品种纯度鉴定体系。用这9对引物对吉林省主推的6个品种进行纯度鉴定,可准确检测出品种的典型株、自交苗和异型株,共检测出10个自交苗和7个异型株,6份样品最高纯度为98%,最低纯度为96%,鉴定结果与田间鉴定结果相关性系数为0.766,相关性较高,结果可靠。; 段梦冉刘丰泽葛建镕易红梅杨洪明高玉倩岳鹏武马文宇班秀丽班秀丽; 关键词：玉米纯度 SSR

中国玉米审定品种标准SSR指纹库的构建被引量：72: 2017年; 【目的】对数量庞大的已知玉米品种构建可共享的作物品种标准DNA指纹库。【方法】基于荧光毛细管电泳检测平台和植物品种DNA指纹库管理系统,利用筛选的40对SSR核心引物对3 998份中国玉米审定品种标准样品进行建库,通过多实验室、多检测平台进行建库数据的质量评估。【结果】绘制了40个玉米建库引物的等位基因频率分布图作为每个引物的特征图谱,在建库试验中发挥了相当于参照样品的作用。形成了一套十重荧光毛细管电泳组合,并在SSR指纹分析器中建立了一套系统默认PANEL作为不同实验室建库时的标准PANEL。统计玉米审定品种指纹库构建的试验情况,每份样品具有2—5套原始试验数据及对应的指纹图谱,其中61%的样品做了2组独立试验,33%的样品做了3组独立试验,最终建成的标准指纹库累计缺失和差异位点仅占0.2%,数据完整性达到99.8%。在不同实验室、不同电泳检测平台的评估结果表明,同一荧光电泳检测平台上获得SSR指纹数据一致性高,而不同的电泳检测平台获得的数据存在一定偏差,为实现不同实验室的SSR指纹数据共享,需要统一荧光引物、分析软件及电泳检测平台。对所有审定品种指纹数据进行整体两两比较,表明中国玉米审定品种之间差异比较大,品种间差异位点百分比集中在80%—95%(占78.28%),品种间差异位点百分比在50%以上的已达到99.21%,而低于20%的只有0.09%;对玉米审定品种杂合率水平进行分析,平均品种杂合率达到64%,主要集中在50%—80%(占89%)。通过玉米品种标准指纹比对服务平台(网址:http://www.maizedna.org/)实现了指纹库的共享。【结论】形成了构建作物品种SSR指纹库的标准化程序,构建了3 998份玉米审定品种的SSR指纹库,通过多实验室联合比较试验,保证建库数据的准确性和数据库的可共享性;建立了玉米品种标准指纹比对服务平台网站,实; 王凤格杨扬易红梅赵久然任洁王璐葛建镕江彬张宪晨田红丽侯振华; 关键词：玉米 DNA指纹库 SSR

玉米真实性SSR鉴定标准的研制及应用被引量：7: 2016年; 全面总结真实性鉴定的类型及与其他鉴定项目的区别,系统分析我国玉米真实性SSR鉴定标准的研制过程中的关键问题,比较不同作物品种真实性鉴定标准研制的异同,为其他作物类型及其他分子标记类型的真实性鉴定标准研制提供借鉴。玉米真实性鉴定标准在我国已得到快速推广和应用,为种子市场的繁荣和稳定提供了有力的技术支撑。; 王凤格易红梅赵久然田红丽任洁葛建镕王璐; 关键词：玉米分子鉴定 SSR

植物DNA数据库管理系统的开发与应用: 【研究背景】DNA指纹的高变异性和稳定性可以用来鉴定个体,这在植物育种中具有重要价值。DNA指纹数据库是植物分子研究必不可少的重要工具,因为它为作物育种、品种质量控制、品种权保护和分子标记辅助育种提供了强大的技术和信息支...; 江彬赵怡锟易红梅霍永学吴昊天任洁葛建镕赵久然王凤格; 关键词：SSR 数据库 DNA指纹基因分型; 文献传递

基于叶绿体InDel标记对玉米杂交种正反交的鉴定被引量：4: 2018年; 玉米的正反交杂交种在有些表型性状上存在差异,在有些品种中甚至直接影响总体产量。为了避免之前的鉴定正反交方法在取样类型和时间上存在的一定的局限性,本研究以玉米叶绿体基因组Insertion/Deletion(In Del)标记为基础开发引物,使用玉米叶片材料进行检测。结果显示CPMIDP01和CPMIDP03两个位点可分别鉴定玉米杂交种郑单958和京科968的正反交组合,并可组合成效果稳定的二重PCR,从而得到一种对玉米正反交种的快速鉴定方法。此方法可应用于中国主要玉米品种正反交鉴定中,作为核基因组检测的补充,进一步完善品种真实性及品系溯源信息。; 王蕊于倩倩田红丽许理文晏朋涛易红梅薛宁宁葛建镕董文攀杨扬任洁王璐周世良赵久然王凤格; 关键词：INDEL 叶绿体玉米杂交种毛细管电泳

玉米杂交种纯度鉴定SNP 核心引物的确定及高通量检测方案的建立被引量：10: 2021年; 纯度是玉米种子质量的重要指标之一,尤其杂交种自交株是影响田间产量的关键因素。KASP(kompetitive allele specific PCR)技术具有高通量、低成本的优点,适用于种子纯度检测。本研究基于12套杂交种及其父母本的三联体样本及335份玉米杂交种国家审定标准样品SNP指纹,从384个SNP基础位点筛选获得60个候选位点,位点转化为KASP引物的成功率为95%。综合考虑引物双亲互补率、多态性、稳定性和分型效果等多项指标,最终确定20个引物作为玉米杂交种纯度鉴定的核心引物,能够有效鉴定99.7%供试样品纯度。对于待测样品京科968通过SNP-DNA指纹数据库查询,并选择双亲互补型引物进行纯度鉴定。在检测的110个个体中,共检出1个自交苗和2个异型株,纯度为97.3%。同时,基于纯度核心引物对批量样品检测建立高通量纯度检测方案,具有快捷、准确、高通量和低成本的特点,为政府监管和企业提供了更多纯度鉴定方案的选择。; 王蕊施龙建田红丽易红梅杨扬葛建镕范亚明任洁王璐陆大雷赵久然王凤格; 关键词：纯度 SNP 玉米杂交种核心引物

兼容型maizeSNP384标记筛选与玉米杂交种DNA指纹图谱构建被引量：12: 2020年; 为加强玉米品种管理和知识产权保护,评估确定了一套兼容多技术平台,适于玉米分子鉴定的SNP位点组合,该组合包含384个位点;构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,并针对位点和样品从各个角度进行分析。384个位点全部分布在基因内区域,显示了较好的多态性;MAF、PIC、DP平均值分别为0.39、0.36、0.60,384个位点中88%的位点MAF值高于0.30,98%的位点PIC值高于0.30,98%的位点DP值高于0.50。对335个玉米杂交种进行遗传相似系数两两比较,GD(1−Nei遗传距离)的变异范围为0.60~0.99,GD≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.10%、0.38%、1.40%;GS(相同等位基因比)的变异范围为0.50~0.99,GS≥0.98、0.95、0.90者分别占比0.03%、0.11%、0.35%。从384个位点中抽取最优位点组合,12个位点组合时品种识别率为0.99,20个位点组合能够识别335个品种。综上所述,本研究报道的384个核心SNP位点具有兼容多平台、高稳定性、高重复性、高品种区分能力,利用核心位点构建了335个玉米杂交种SNP-DNA指纹,为玉米品种分子鉴定、指纹数据构建以及分子育种提供了关键数据支撑。; 田红丽杨扬王璐王蕊易红梅许理文张云龙葛建镕王凤格赵久然; 关键词：玉米 SNP DNA指纹图谱芯片

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