金宏威 作品数:42 被引量:59 H指数:4 供职机构: 北京大学基础医学院天然药物及仿生药物国家重点实验室 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家科技重大专项 国家重点基础研究发展计划 更多>> 相关领域: 医药卫生 理学 化学工程 生物学 更多>>
基于虚拟筛选、分子对接和生物测活的TRPV3选择性小分子拮抗剂的发现 被引量:1 2018年 瞬时受体电位香草酸型通道第三亚型(transient receptor potential vanilloid 3,TRPV3)与伤害性感受、热感受等重要生理功能密切相关,发现靶向TRPV3通道的选择性小分子拮抗剂对深入研究TRPV3通道的病生理功能和促进TRPV通道的基础研究和新药靶点研究具有重要的意义。本文基于已知的TRPV3小分子拮抗剂,提出基于配体的计算机辅助药物设计的方法进行选择性小分子拮抗剂的骨架跃迁,采用三维形状和静电相似性的虚拟筛选策略,对PKU-CNCL、Specs化合物库进行大规模的虚拟筛选;同时以TRPV1晶体结构为模板,并结合TRPV3的已解析出来的N末端ARD区域的晶体结构,构建了人TRPV3的晶体结构的单体模型,以TRPV3单体模型进行了TRPV3小分子拮抗剂的分子对接分析,将其应用于虚拟筛选和骨架跃迁中。经过两轮的虚拟筛选和生物活性评价,发现了对TRPV3具有选择性抑制作用且抑制活性IC_(50)为18.0±1.1μmol·L-1(n=4)的新型骨架结构化合物V-39,该化合物与TRPV3相互作用的重要氨基酸残基为第310和314位组氨酸以及第577位精氨酸。本文研究结果可以用于进一步的结构改造和优化,有助于指导新型的TRPV3选择性拮抗剂的药物设计。 沈燕君 张新然 吴洋 王克威 刘振明 金宏威 张亮仁 张礼和关键词:拮抗剂 选择性 分子对接 C_(59)(C_6H_4CH_3)N的结构、UV-VIS光谱、NMR谱以及非线性光学性质的理论研究 1999年 用INDO 系列方法对由(C59N)2和甲苯合成的衍生物C59 (C6H4CH3)N进行了理论研究,得到了分子的稳定构型,表明C59(C6H4CH3)N具有Cs对称性。以优化构型为基础讨论了分子的UV-VIS光谱、NMR谱,结果与实验符合得很好。还计算了C59-(C6H4CH3)N的二阶非线性光学系数βμ,结果表明这种分子具有较大的二阶非线性光学系数。 金宏威 封继康 任爱民 付伟 孙秀云关键词:非线性光学 海绵中提取的异臭椿萜类化合物作用靶标的识别 被引量:1 2011年 采取了包括化学结构相似性学习、靶标聚类分析以及反向对接筛选等多种方法在内的综合性策略,尝试对中国南海海绵中提取得到的异臭椿萜类化合物进行生物学活性和作用靶标的预测.结果表明:这类化合物具有治疗心肌缺血和抗肿瘤的潜在生物学活性;表皮细胞生长因子受体(EGFR),焦点(局部)粘着斑激酶(FAK),胰岛素样生长因子1受体(IGF1-R),c-Src激酶以及血管表皮生长因子受体2(VEGF-R2)是这类化合物可能的作用靶标.IC50值从0.41g·m-3(0.41μg·mL-1)到9.8g·m-3(9.8μg·mL-1)不等.活性数据显示这些海绵提取的海洋天然产物可作为先导化合物,通过进一步的优化获得新的药物.同时还讨论了化合物与预测靶标的结合模式,结果显示四个化合物都与相应的受体有较好的结合. 田然 刘振明 金宏威 张亮仁 林文翰关键词:抗肿瘤活性 基于结合位点的辅酶A结合蛋白家族的分类 被引量:1 2011年 发展了一种基于分子相互识别的蛋白质分类方法,应用数据挖掘策略与统计学聚类,根据辅酶A(coenzyme-A,CoA)结合蛋白的结合模式特征数据,通过对比和分析多种分类方法对该体系的分类准确度,对这类体内重要的蛋白进行了分类方法学研究,选择了最优的两步聚类法.本研究工作设计和建立了一个分类参数,可以简洁有效地评价出各个结合特征的显著性与重要性,并以此为依据从所有特征中筛选出决定性的特征变量.研究结果所得到的CoA结合蛋白的三个分类,都具有显著的氢键与疏水结合特征;CoA可以与多个生物活性关键氨基酸残基形成氢键作用.这些相互作用的共性及分类上的差异,说明了配体与不同受体相互作用过程中结合模式上的细微差别,对于以CoA结合蛋白为靶点的选择性调控分子设计具有重要的参考意义与指导作用. 樊迪 刘振明 金宏威 张亮仁关键词:辅酶A 聚类分析 染色体外环状DNA在消化道肿瘤检测中的应用前景 2022年 染色体外环状DNA(eccDNA)是一类来源于染色体的环状DNA,因其在肿瘤发生、异质性和耐药性中的重要作用引起广泛关注。线性的循环核酸(cfDNA)已被广泛研究并成为多种疾病无创诊断和研究的新分子标记物,相较于线性染色体外DNA,eccDNA具有基因信息丰富和稳定性高等优势,更适于作为临床诊断分子标记物。随着检测技术的飞速发展,越来越多研究表明eccDNA不仅广泛存在于人体组织器官,而且具有明显的组织特异性和生理病理特异性,近期针对消化道肿瘤中eccDNA的研究显示了eccDNA作为消化道肿瘤临床检测标记物的良好前景。 宗晓琳 金宏威关键词:分子标记物 消化道肿瘤 The 2013 Annual Conference of the State Key Laboratory of Natural and Biomimetic Drugs and Key Scientific Problems Seminar were held in Peking University Health Science Center 2014年 2013年度天然药物及仿生药物国家重点实验室学术年会暨关键科学问题研讨会于2014年4月3日在北京唯实大厦召开。张礼和院士、陈凯先院士、詹其敏院士、涂永强院士、周其林院士、蒋建东教授、郝小江教授、马大为教授、娄红祥教授、刘刚教授、谭仁祥教授、朱依谆教授、叶德全教授、席真教授、王一涛教授、杨震教授、叶新山教授等19位实验室学术委员出席会议。 金宏威关键词:天然药物及仿生药物国家重点实验室 2007 Anniversary Symposium of the State Key Laboratory of Natural and Biomimetic Drugs and The 1^st Round-Table Symposium of Chemical Biology on Nucleic Acid and Carbohydrate Successfully Held 2007年 2007 Anniversary Symposium of the State Key Laboratory of Natural and Biomimetic Drugs and The 1^st Round-Table Symposium of Chemical Biology on Nucleic Acid and Carbohydrate was held at Peking University Health Science Center, Oct. 22^sd - 23^rd, 2007. The Anniversary Symposium was presided over by Academician Li-He Zhang. The officials from Ministry of Education, National Natural Science Foundation of China and Peking University Health Science Center presented. Wei-Gang Fang, 金宏威 杨振军关键词:天然药物及仿生药物国家重点实验室 氨基异核苷及其掺入寡核苷酸的合成与性质研究 <正>反义寡核苷酸是一类合成的DNA、RNA或核酸类似物,为了使其能够成为药物,需要对天然寡核苷酸进行化学修饰,以改善其酶稳定性、提高对靶基因的作用特异性以及提高细胞通透性等[1]。异核苷是一类将碱基由糖环的1’位移至糖... 王芳 杨振军 金宏威 张亮仁 张礼和关键词:反义核酸 抗肿瘤 文献传递 二酮酸类HIV-1整合酶抑制剂的定量构效关系 被引量:4 2007年 应用遗传函数分析法(GFA)和分子场分析法(MFA)对一系列二酮酸类整合酶抑制剂分别进行了二维和三维定量构效关系研究,并对随机选择的5个化合物组成的测试集进行了预测,外在预测的rpred^2值分别达到0.987和0.759,表明模型具有良好的预测能力,同时利用药效团分析的方法,验证了QSAR(quantitave structure- activity relationship)模型,并概括了疏水作用对抑制剂活性的重要影响.研究结果表明,电性描述符(Apol)对活性有重要影响,意味着抑制剂与金属离子的螯合作用,同时空间和结构因素特别是疏水作用也对活性有重要作用.利用这些规律进行了分子设计,在理论上获得了一些具有较高抑制剂活性的新的二酮酸类衍生物,并期待实验证实. 石雅玮 刘振明 金宏威 张亮仁 张礼和关键词:HIV-1整合酶抑制剂 药效团 人类腺苷受体A_3亚型拮抗剂的构效关系分析 被引量:3 2012年 构建人类腺苷受体A3亚型药效团模型和三维蛋白结构模型用于作用模式研究.以18个来源于文献具有腺苷受体A3亚型拮抗活性的化合物作为训练集,使用HypoGen方法构建药效团模型.通过同源模建和分子动力学模拟构建了人类腺苷受体A3亚型的三维蛋白模型,并利用PROCHECK方法评估该模型的合理性,对所得的结构使用分子对接程序进行作用模式分析,药效团模型和同源模建结果相互匹配较好.使用新药效团模型对MDL药物数据库(MDDR)中包含的约120000个化合物进行虚拟筛选,得到了8个候选化合物,用于进一步的生物学评价和活性测定.本工作对于人类腺苷受体A3亚型拮抗剂的设计和抗哮喘药物的研发具有一定的理论指导和应用价值. 乔康 曾凌晓 金宏威 刘振明 张亮仁关键词:药效团模型 同源模建 分子对接 拮抗剂