陈铭
- 作品数：63 被引量：51H指数：4
- 供职机构：浙江大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划福建省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生农业科学更多>>
- 大数据时代的整合生物信息学被引量：10
- 2022年
- 随着生物数据测量技术的不断发展,生物数据的类型、内容、复杂度不断增加,生物信息学已迈入大数据时代。面对大数据时代多模态、多层次、高维度、非线性的复杂生物数据,生物信息学需要发展相应的方法和技术进行有效整合生物信息学研究与应用。本文对大数据时代整合生物信息学所涉及的数据整合、方法整合、系统整合及相关问题进行梳理和探讨。
- 陈铭
- 关键词：生物系统大数据
- 疾病蛋白质互作网络整合及挖掘跨疾病作用模块的方法
- 本发明公开了一种疾病蛋白质互作网络整合及挖掘跨疾病作用模块的方法，包括以下步骤：(1)人类蛋白质组注释的获取，注释内容包括；(2)从蛋白质相互作用公共数据集收集整理可信的蛋白质互作数据，并对蛋白质互作数据进行整合、重打分...
- 陈铭陈宏俊周业凯
- 一种生化通路串话识别方法
- 本发明公开了一种生化通路串话识别方法。本发明使用GCN建模蛋白质互作组网络，使用RGCN建模GO知识图谱，使用对比学习建模基因‑GO条目注释信息，首次实现融合蛋白质互作组网络拓扑信息和GO知识图谱生物学功能信息，提升了生...
- 陈铭胡言石陈俞皓
- 现代俄语中表示评价意义的句法成语研究 ——以汉语为棱镜
- 现代俄语中有许多成语化结构,它们由固定成分和自由成分组成,各组成部分间的关系不能用语法规则来解释。它们能够表示一系列主观情态意义,如评价、赞同、反对、必然、不可能等,还可以表示对某一现象、交谈者的建议或问题等的反应。这种...
- 陈铭
- 关键词：语调
- 文献传递
- RiceDB:基于Web界面的水稻基因芯片注释整合数据库被引量：3
- 2007年
- 开发了1个基于Web界面在生物学背景下注释水稻基因芯片的整合数据库RiceDB,它的注释信息比同类针对水稻Affymetrix 57K全基因组表达谱芯片的注释数据库更全面、更快捷且可以自动更新。它由8个功能模块组成,RiceMap建立水稻Affymetrix 57K探针组与基因的对应关系,从而提供来自各个水稻生物信息学数据库功能描述信息;RiceGO整合Gene Ontology数据库从生物学途径/分子功能和细胞构建对Affymetrix 57K探针组进行注释;RiceKO确定Affymetrix 57K探针组代表的基因可能参与的代谢与调控路径;RiceUP、RiceDO、RiceMR、RiceCD、RiceGF分别确定Affymetrix 57K探针组代表的基因上游小于1 kb启动子序列、结构功能域组成、受哪些水稻MicroRNA调控、染色体定位、基因家族分类。
- 何飞施清芸陈铭吴平
- 关键词：水稻
- 与V型耦合腔波长可调谐激光器集成的电吸收调制器研究
- 光通信技术的突破极大地推动了信息化时代的发展，信息化的发展始终伴随着对光通信系统传输容量与带宽需求的提高。以波分复用(WDM)技术为代表的光通信技术是未来构建智能光网络的关键。为了尽量发挥WDM技术的优势，在通信网络中，...
- 陈铭
- 关键词：可调谐激光器电吸收调制器等效电路模型密集波分复用
- 基于Poisson Cloning的大幅文物图像拼接技术研究与系统开发
- 文物是我国五千年的辉煌文明历史遗留下来的珍宝，具有重要的历史、艺术与科学价值。然而由于环境与本身内在因素，文物正在逐渐损坏，传统文物的保护工作也无法从根本上保护好文物。文物数字化指的是通过数字技术记录文物的表面信息，然后...
- 陈铭
- 关键词：文物数字化泊松方程
- 文献传递
- 一种基于多组学数据整合的植物全基因组多层次生物网络重建方法
- 本发明公开了一种基于多组学数据整合的植物全基因组多层次生物网络重建方法，该方法通过整合水稻基因调控网络、蛋白质互作网络和代谢网络，完成了水稻多层次调控网络的构建，同时通过整合水稻不同组织生长过程中的表达谱数据，根据建好的...
- 陈铭刘丽丽梅茜张子钧俞振泞孙天昊薛继统张霈婧胡大辉
- 文献传递
- 一种基于生物医学文献的实体关系挖掘方法
- 本发明公开了一种基于生物医学文献的实体关系挖掘方法，包括以下步骤：(1)在公共数据库中查询疾病相关的生物医学文献，经数据预处理后，获得生物医学文本数据；(2)结合正则匹配模版和深度学习模型，对得到的生物医学文本数据进行生...
- 陈铭陈琦周银聪胡大辉吴文怡
- 文献传递
- 问号钩端螺旋体毒力相关蛋白InvA转录和表达特征的研究被引量：2
- 2009年
- 目的确定我国不同基因种问号钩端螺旋体（简称钩体）参考标准株携带毒力相关基因invA的情况，了解问号钩体赖株感染细胞前后invA基因转录和表达水平的变化。方法采用PCR检测4个不同基因种问号钩体株及双曲钩体PatocI株invA基因。克隆问号钩体全长irwA基因并测序，构建问号钩体黄疸出血群赖型赖株invA基因原核表达系统。Ni-NTA亲和层析法提纯目的重组蛋白rInvA后免疫家兔获得抗血清，免疫双扩散法检测其效价。建立问号钩体赖株感染人胚肾上皮细胞HEK293模型，采用荧光定量RT—PCR和Westernblot分别检测问号钩体赖株感染HEK293细胞前后invA基因的转录和表达水平的变化。结果4个不同基因种的问号钩体株均含有invA基因，双曲钩体PatocI株则否。4株不同基因种的问号钩体irwA基因核苷酸和氨基酸序列相似性分别为99．33％～100％和98．66％～100％。所构建的原核表达系统能有效地表达rInvA。rInvA兔抗血清免疫双扩效价为1：16。问号钩体赖株感染HEK293细胞30min以后可大量黏附于细胞表面。问号钩体赖株感染HEK293细胞30min时，invA基因mRNA水平明显上调，45min时达到峰值，然后逐渐下降。问号钩体赖株感染HEK293细胞后45min和60min时可检出InvA蛋白，感染前及感染90min以后检测结果均为阴性。结论invA基因是致病性问号钩体所特有的基因。invA基因具有宿主细胞接触式表达及瞬时表达的特点，与问号钩体侵人宿主细胞密切相关。
- 罗依惠陈铭李立伟钱景严杰
- 关键词：问号钩端螺旋体
