王国营
- 作品数：4 被引量：11H指数：3
- 供职机构：云南师范大学物理与电子信息学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学更多>>
- 蛋氨酸电离能与红外光谱的密度泛函理论计算研究被引量：2
- 2010年
- 采用混合密度泛函理论中的B3LYP方法,并结合6-31G(d)、6-31G(df,p)、6-31+G(d)和6-311+G(2d,2p)四种基组,首次系统地计算了蛋氨酸在空气、四氯化碳、四氢呋喃、水和模拟蛋白质环境中的几何结构、电离能和红外光谱。研究结果表明,在不同的基组和介质环境下,蛋氨酸的几何参数与晶体结构实验参数相比,其键长和键角的差值分别小于0.0271(?)和5.32°;但二面角相差12.04°～122.11°;在同一计算方法下,介质的介电常数越高,分子的单点能越低,电离能也越小,对应的主要振动频率随之减小,强度增大;蛋氨酸的电离能比组氨酸的计算结果高0.33eV～0.56eV。所有数据均显示,较高基组下的计算结果更接近实验值。该研究为深入探索叶绿素与蛋氨酸配位后在光反应中心中的功能与作用提供了理论参考依据。
- 王国营胡琼刘刚欧家鸣王瑞丽
- 关键词：蛋氨酸红外光谱电离能密度泛函理论
- 组氨酸四种质子化结构振动光谱特性的密度泛函理论计算研究被引量：5
- 2010年
- 本文采用混合密度泛函理论中的B3LYP方法,结合6-31G(df,p)基组,首次系统地分析了组氨酸的四种质子化结构在空气、四氯化碳、四氢呋喃和水中的几何结构和红外光谱。为进一步探索质子化状态、介质和脊骨对组氨酸红外特征光谱的影响,我们对不同情况下的计算结果进行了比较,同时与文献中4-甲基咪唑环在水中的实验结果进行对比分析。结果表明,N1C2键的键长和C2N3键的键长在N1H-His和N3H-His这两种结构优化后的结果刚好相反;介质的相对介电常数越大,计算得到的红外振动频率越低,而振动强度则越强;脊骨的存在,使得咪唑环上大多数分子键的振动频率向下偏移,上移情况多数出现在阴离子状态。该研究为深入理解组氨酸在光合反应中心的蛋白质环境中的作用与功能提供理论参考依据。
- 胡琼王国营欧家鸣王瑞丽
- 关键词：组氨酸基组
- 组氨酸电离能与红外光谱的密度泛涵理论计算研究被引量：4
- 2010年
- 采用混合密度泛涵理论中的B3LYP方法,结合4种基组6-31G(d),6-31G(df,p),6-31+G(d)和6-311+G(2d,2p),系统计算了光合反应中心叶绿素的配位体-组氨酸在空气、四碌化碳、四氢呋喃、水和蛋白质模拟环境中的几何结构、电离能、红外光谱及同位素标记谱。计算及分析结果表明:组氨酸分子的几何参数在不同计算基组和介质中略有不同,且C2—N3,N3—C4的键长在空气中最大;同一介质中,增大计算基组和采用扩散函数,均使计算的单点势能和振动频率降低,电离能增加,对应光谱强度增高;而同一计算方法下,介质的电介常数越高,分子的单点势能越低,电离能越小,对应的振动频率减小强度增加;另外,电离能和主要特征峰位及其15N和13C标记谱的计算结果与文献中的实验结果相吻合。所有计算均显示,高基组和施加扩散函数的计算结果与实验更接近。该研究为深入探索叶绿素与组氨酸配位后在光合反应中心的功能与振动光谱特性提供理论参考依据。
- 胡琼王国营刘刚欧家鸣王瑞丽
- 关键词：组氨酸电离能红外光谱密度泛涵理论基组
- 水分子配位对叶绿素a氧化还原势与红外光谱的影响被引量：4
- 2010年
- 以光系统I反应中心电子传递链上的辅助叶绿素a为目标,采用密度泛函理论中的B3LYP方法,结合三种基组,系统计算了该叶绿素及其两种配位分子模型在气相、模拟蛋白质环境和水中的氧化还原势和离解能;同时计算了这三种模型在气相中的几何结构、红外光谱及其13C、15N和2H的同位素标记谱.计算及分析结果表明:水分子配位引起镁离子偏离叶绿素a的卟啉环平面中央,导致以镁原子为中心的键角减小,Mg—N键长增长;而天冬酰胺对配位的水分子施加氢键影响后,使得Mg—N键进一步增长,镁离子与水分子中氧原子的配位键Mg—O键长减小,离解能增加,合成分子的氧化还原势减少;另外,分子的氧化还原势和配位键离解能随着相对介电常数的增加以及计算基组的增大而减小;三种分子模型的羰基(C襒O)和卟啉环上C襒C键的特征振动频率差值小于7cm-1,而同位素标记引起其峰位变化量的差值小于3cm-1.该计算为研究光合反应中心电子传递链上叶绿素a的作用与功能提供理论参考依据.
- 胡琼王国营欧家鸣王瑞丽
- 关键词：密度泛函理论叶绿素A离解能红外光谱基组
