马海滨
- 作品数：5 被引量：25H指数：3
- 供职机构：国防科学技术大学机电工程与自动化学院自动控制系更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术理学更多>>
- 基于马尔科夫链的胰蛋白酶肽段蛋白酶切位点概率预测被引量：6
- 2011年
- 在基于质谱技术的蛋白质鉴定过程中,数据库搜索是主要的方法。漏切位点和酶切规则决定了图谱候选肽段的范围,是数据库搜索算法的重要参数。对于常用的胰蛋白酶切来说,除了局部构象、三维结构、实验条件,以及其它偶然因素会影响赖氨酸K或者精氨酸R后的位点能否被酶切外,该位点附近的其它氨基酸也会影响蛋白水解酶的酶切效果。从质谱图谱中时常会鉴定出包含漏切位点的肽段,因此,预测蛋白质的酶切位点能够为数据库搜索算法提供更为可靠的模型,也能够为了解和分析蛋白质的酶切规律提供依据。本文提出了一种基于马尔科夫(Markov)链的预测方法,能够利用蛋白质的序列信息来预测候选酶切位点的酶切概率,在蛋白酶切过程中,预测肽段的覆盖率可以达到85%以上。
- 刘辉张纪阳孙汉昌徐长明张伟马海滨朱云平谢红卫
- 关键词：蛋白鉴定马尔科夫链
- 蛋白质组学中质谱数据标准研究进展被引量：3
- 2011年
- 质谱分析是蛋白质组学的一项支撑技术。质谱数据处理过程具有多策略、多处理步骤、多种处理软件的特点,数据处理过程中数据格式不统一的问题给数据交换和整合带来了一定的困难,也给质谱分析平台和质谱数据库的建设带来了挑战。研究质谱数据分析中的质谱数据标准,不仅可以系统地梳理归纳目前分析方法中需要使用的全部数据信息,而且有利于质谱数据分析平台的建设。本文介绍了近几年制定的一些质谱数据标准,总结这些标准各自的特点、不足及应用情况,并展望质谱数据标准可能的发展方向。
- 马海滨张纪阳刘辉孙汉昌谢红卫
- 串联质谱图谱从头测序算法研究进展被引量：9
- 2010年
- 近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节.由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库搜索方法不可替代的优势.简要介绍高通量串联质谱图谱从头测序问题及其研究现状.归纳出几种典型的计算策略并分析了各种策略的优缺点.总结常用的从头测序算法和软件,介绍算法评估的各种指标和常用评估数据集,概括各种算法的特点,展望未来研究可能的发展方向.
- 孙汉昌张纪阳刘辉张伟徐长明马海滨朱云平谢红卫
- 关键词：肽段串联质谱从头测序
- 质谱数据结构化存储及压缩问题研究
- 质谱技术是蛋白质组学中用于蛋白质鉴定的一项支撑技术。质谱数据处理过程具有多策略、多处理步骤、多种处理软件的特点。目前使用质谱仪产出的实验数据格式极不统一,后续分析软件的输入数据格式也多种多样且对格式要求严格,这给数据交换...
- 马海滨
- 关键词：蛋白质组学
- 蛋白质质谱分析的无标记定量算法研究进展被引量：10
- 2011年
- 作为发现疾病相关生物标志物的重要途径,定量研究已成为蛋白质组学的热点问题.随着实验方法的发展和改进,定量数据处理算法也在不断更新和完善.将现有的无标记定量方法归纳为需要/不需要鉴定结果两类方法,分析比较了两类方法的异同及优缺点,详细讨论了所涉及的主要算法,总结了一些常用的无标记定量软件及对应的网络资源.展望了无标记定量数据分析的未来研究方向.
- 张伟张纪阳刘辉孙汉昌徐长明马海滨朱云平谢红卫
- 关键词：质谱
