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痢疾杆菌全基因组序列及基因组岛的分析被引量：20: 2002年; 福氏 2a志贺菌 (Shigellaflexneriserotype 2a)是引起人类细菌性痢疾的主要病原体。本文在国际上首次完成了福氏 2a志贺菌 30 1株 (Sf30 1) (我国细菌性痢疾的优势流行株 )的全基因组核苷酸序列测定和初步分析。该基因组包括一条由 4 6 0 72 0 3个碱基对 (bp)组成的环状染色体和一个含 2 2 16 18bp的侵袭性大质粒pCP30 1以及另外两个小质粒。通过将Sf30 1的染色体序列与其亲源关系相近的非致病性大肠杆菌K - 12菌株MG16 5 5进行比较基因组学研究 ,发现Sf30 1的染色体上有 5 72Kb特异性序列 ,并形成了 32 0个长度大于 5 0bp的“痢疾岛” (Shigella island ,SIs) ,其中大于 1Kb的共计 131个。这些岛共包含 5 19个开放读码框架 (OpenReadingFrames,ORFs) ,多数SIs的一侧或两侧均伴有插入序列元件、转座子或者tRNAs。G +C含量及密码子使用频率等分析显示出部分SIs的外源性。通过结构及ORF编码产物功能的分析 ,鉴别出 9个可能与痢疾杆菌致病性有关的“毒力岛” ,其中; 刘红杨帆张笑冰张继瑜杨国威董杰薛颖侯云德袁正宏闻玉梅徐建国陈洪松马大龙王宇杨剑沈岩强伯勤吴洪涛贺秉坤吕渭川金奇; 关键词：全基因组序列痢疾杆菌

福氏2a志贺氏菌301株基因组水平的缺失基因分析被引量：5: 2003年; 在完成福氏2a志贺氏菌 301株全基因组序列测定工作的基础上, 以非致病性大肠杆菌K12 MG1655株的全基因组序列为参比对象, 进行比较基因组学分析. 结果显示, 与大肠杆菌基因组相比, 福氏2a志贺氏菌 301株基因组中共有136个长度大于1000 bp的片段缺失, 总长为717253 bp. 这些缺失片段中共包含670个可读框(ORF). 通过对ORFs编码产物的功能预测和分析, 发现这些缺失的ORFs主要编码与细菌代谢相关的酶类、结构蛋白、基因转录调控因子以及与细菌遗传物质水平转移相关的元件. 这不仅从全基因组水平揭示了两种具有不同生物学特性和表型的重要肠道细菌的分子差异, 而且为进一步探索其生理活动过程、致病机制以及肠道细菌间的进化等诸方面的问题提供了有价值的线索.; 张笑冰刘红杨帆杨剑薛颖董杰孙立连杨国威朱俊萍楚雍烈金奇; 关键词：比较基因组学缺失基因细菌性痢疾

肠道病毒71型外壳蛋白VP1在Pichia pastoris酵母中的表达被引量：17: 2003年; 利用逆转录聚合酶链式反应(RT PCR)扩增肠道病毒71型(EV71)外壳蛋白VP1基因,经序列测定证实后,构建重组表达质粒pPIC9K/VP1,转化Pichiapastoris酵母宿主菌GS115,甲醇诱导表达。SDS PAGE分析显示:表达产物的分子量约为34kD,与天然VP1大小一致。凝胶薄层扫描分析显示:目的蛋白表达量占培养上清总蛋白的60%以上。ELISA实验表明,重组蛋白VP1具有较好的抗原性。使用饱和硫酸铵分级沉淀法初步纯化的表达产物,能够较特异性地与EV71感染者血清中的抗体产生反应,而且与抗柯萨奇病毒A16特异性抗体不产生反应。通过利用表达产物作为抗原,对156份血清的检测初步证实,重组蛋白VP1可以作为检测EV71感染的的检测用抗原。; 杨国威何雅清薛颖周世力马骊金奇; 关键词：肠道病毒71型逆转录聚合酶链式反应

志贺菌福氏2a毒力大质粒DNA全序列的测定与基因分析被引量：14: 2003年; 对志贺菌福氏2a 301株的毒力大质粒pCP301的DNA全序列进行了测定,并进行了结构分析.结果表明,pCP301 DNA全序列由221618个碱基对组成,基因分析共确定了272个开放读码框架(ORF),经过与基因数据库比较,其中194个ORF与已知基因或编码产物具有高同源性,61个ORF同源性较低,其余17个为新确定的未知功能的ORF.pCP301中的基因主要包括:(i)与细菌毒力有关的ipa-mxi—spa,osp和iph基因;(ii)与调控有关的vir基因;(iii)与质粒的维持、稳定和DNA代谢有关的mvp,stb,rep和par等基因;(iv)转座酶编码基因.pCP301中的插入序列总长68 kb,占全序列的30％,提示pCP301在细菌生长与进化过程中发生了多次基因重排.研究结果对揭示志贺菌的致病机理及大质粒的遗传与进化有重要意义.; 张继瑜刘红张笑兵杨剑杨帆杨国威沈岩侯云德金奇; 关键词：志贺菌福氏2A 基因分析致病机理

痢疾杆菌染色体中噬菌体插入序列的分析被引量：1: 2002年; Based on the whole genome sequence data of Shigella flexneri 2a 301,phage inserting sequences on the chromosome were selected to analyse their distribution,types, possible function,especially in the pathogenesis,gene transfer and so on.It is the first time to study phage inserting sequences from whole bacterial genome in native field.; 朱俊萍刘红杨帆杨国威张笑冰金奇; 关键词：基因组毒力因子基因水平转移染色体

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杨国威