牛熙
- 作品数：79 被引量：93H指数：5
- 供职机构：贵州大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划贵州省农业攻关项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生环境科学与工程更多>>
- 香猪CHD3基因3′-侧翼区264 bp结构变异的研究
- 2022年
- 【目的】探究染色质调节域解旋酶DNA结合蛋白3(chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3,CHD3)基因3′-侧翼区的一段264 bp核苷酸结构变异对CHD3基因表达的影响,并初步解析该结构变异与香猪皱皮形成的关系。【方法】以普通香猪、皱皮香猪、大白猪为研究对象,应用UCSC、miRBase、miRanda、RBPsuite软件预测CHD3基因结构变异区间所包含的重复元件、miRNA结合位点、RNA结合蛋白(RBP)的结合位点;采用PCR方法对结构变异位点进行基因分型;利用Excel完成群体基因型频率和等位基因频率的计算,同时χ^(2)检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态;用实时荧光定量PCR和Western blotting检测该变异对CHD3基因表达的影响。【结果】生物信息学分析显示,CHD3基因3′-侧翼区的结构变异是1个长254 bp的短散在元件(SINE),属于tRNA家族,位于Chr12:53115742-53115995,该片段含有35个miRNA结合位点和10个RBP结合位点。基因分型显示,在皱皮香猪、普通香猪、大白猪3个猪群中均检测到了II基因型(插入型)、ID基因型(杂合型)、DD基因型(双缺失),表明CHD3基因3′-侧翼区的264 bp结构变异在猪群中呈现丰富的多态性。基因型群体分布频率显示,皱皮香猪中的D等位基因频率极显著高于普通香猪和大白猪(P<0.01),该结构变异在皱皮香猪和普通香猪中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),在大白猪中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05)。实时荧光定量PCR和Western blotting检测显示,香猪皮肤中CHD3基因的DD基因型和ID基因型mRNA和蛋白表达量均极显著高于II基因型(P<0.01)。【结论】CHD3基因3′-侧翼区的264 bp结构变异是1个具有调控作用的SINE元件,通过RNA结合蛋白和miRNA与该元件的结合,促进CHD3基因mRNA的代谢和转录后的翻译抑制,从而调节CHD3基因的表达,结构变异导致CHD3基因的异常表达和积累,可能与香猪皱皮形成有关。
- 黄月丽冉雪琴牛熙李升黄世会王嘉福
- 关键词：香猪皱皮
- 非洲猪瘟病毒P72蛋白合成肽疫苗的构建及其免疫效力评估被引量：2
- 2022年
- 【目的】构建非洲猪瘟病毒CAS19-01/2019株(GenBank登录号:MN172368.1)结构蛋白P72的合成肽疫苗,通过免疫小鼠评估合成肽疫苗的免疫效力。【方法】利用ProtParam、SOPMA等软件分析P72蛋白的理化性质与结构信息,通过ABCpred、SVMtrip、IEDB预测P72蛋白的T细胞与B细胞抗原表位,筛选出显著的表位多肽区域,合成多肽辅以弗氏佐剂腹腔注射免疫小鼠,检测免疫组小鼠产生的特异性抗体、T淋巴细胞亚群、脾脏淋巴细胞增殖、细胞因子白介素4(IL-4)、IL-2、γ干扰素(IFN-γ)、免疫球蛋白(IgG),从体液免疫与细胞免疫角度评估合成肽的免疫效力。【结果】综合分析得出P72蛋白是稳定性亲水蛋白,二级结构中α-螺旋、β-转角、延伸链、无规则卷曲分别占19.35%、5.42%、25.08%和50.15%。筛选出了P72蛋白的8个优势抗原表位,626-634、520-528、298-306、203-211位氨基酸处为T细胞抗原表位,587-606、232-251、110-129、39-58位氨基酸处为B细胞抗原表位。整合优势表位合成2个多肽P72-1与P72-2,首次免疫小鼠14 d时可检测到P72-1与P72-2的特异性抗体,首免后28 d达到最高值,其最高抗体效价分别为1∶25600与1∶12800;免疫后小鼠T淋巴细胞亚群CD4^(+)/CD8^(+)显著上升(P<0.05);脾脏淋巴细胞增殖试验结果显示,免疫组淋巴细胞数量均极显著升高(P<0.01);细胞因子IL-4、IL-2、IFN-γ含量均极显著增加(P<0.01)。【结论】本研究成功研制2种合成肽疫苗,在免疫效力上P72-2高于P72-1,二者都能产生高水平的特异性抗体,刺激脾脏淋巴细胞增殖,诱导产生细胞因子IL-4、IL-2、IFN-γ,本研究为非洲猪瘟合成肽疫苗研制奠定技术基础。
- 徐娅玲张霁辉牛熙李升黄世会冉雪琴王嘉福
- 关键词：抗原表位合成肽疫苗
- 一种增强育肥猪免疫系统的中草药免疫调节饲料添加剂及应用
- 本发明公开一种中草药免疫调节饲料添加剂，其特征在于：包括以下重量百分比的原料：青黛粉30％～36％，大青叶粉30％～36％，黄芪粉14％～20％和板蓝根粉14％～20％。本发明通过多种中草药形成组方，调节机体新陈代谢，促...
- 冉雪琴犹龙江牛熙王嘉福
- 文献传递
- 香猪MAP3K4基因结构变异多态性和基因表达研究
- 2023年
- 基于前期比较基因组学分析,在香猪的丝裂原活化蛋白激酶激酶激酶4(mitogen-activated protein kinase kinase kinase 4,MAP 3K4)基因第15内含子中发现一个189 bp的结构变异(MAP3K4-I15-sv189)。为探究该结构变异(structural variation,SV)在香猪群体中的多态性分布及其对基因表达的影响,本研究设计一对特异性引物,建立MAP 3K4基因SV的PCR检测技术,分析香猪群体中该结构变异的基因类型;采用RT-qPCR研究结构变异不同基因型之间基因的差异表达。结果显示,香猪群体中MAP3K4-I15-sv189位点存在两种基因型,DD型和ID型(D为缺失基因,I与参考基因一致),其中D等位基因的频率为97.35%;大白猪群体中检测到3种基因型,DD型、ID型和II型,D等位基因频率为80%。相比之下,香猪的D等位基因频率显著高于大白猪的相应值(P<0.05)。采用生物信息学方法分析结构变异区域得到多种剪接元件和重复元件,可能影响MAP 3K4基因的表达。比较香猪各组织中MAP 3K4基因的表达量,发现该基因在肺组织的表达量最高。进一步检测肺组织中3种结构变异类型的相对表达量,显示:DD型>ID型>II型,表明SV的缺失可能促进MAP 3K4基因的表达。本研究表明,香猪MAP 3K4的结构变异MAP3K4-I15-sv189以缺失型为主,缺失型可促进肺组织MAP 3K4基因的表达。研究结果有助于解析香猪易感肺部疾病的分子机制。
- 徐婷婷齐芬芳黄世会牛熙李升冉雪琴王嘉福谢健
- 关键词：香猪多态性
- 一种鉴别大白猪和贵州地方猪品种的LCORL基因中结构变异SV426分子标记
- 本发明公开了“一种鉴别大白猪和贵州地方猪品种的LCORL基因中结构变异SV426分子标记”，其特征在于：结构变异SV426位于猪参考基因组Sscrofa 11.1的chr 8：12879574‑12879999，缺失片段...
- 冉雪琴牛熙王嘉福卢圣菲
- 文献传递
- 香猪皮肤转录组衰老相关病毒源基因的筛选和鉴定
- 2023年
- 皮肤是哺乳动物抵御致病因素的第1道防线,在皮肤衰老的过程中,整合到哺乳动物基因组中的病毒源基因序列会被重新激活,影响宿主基因的表达,激起细胞对病毒的反应,引起慢性炎症、促进细胞衰老。本研究旨在探究病毒源基因表达与皱皮香猪皮肤皱纹形成的关系,选取12~18月龄皱皮香猪和普通香猪各5头进行转录组测序和生物信息学分析,采用RT-qPCR方法对皱皮香猪中差异表达的病毒源基因进行验证。2组中皮肤组织差异表达基因与病毒整合位点数据库进行比对分析,筛选出612个差异表达的病毒源基因。以普通香猪为对照,得到上调基因182个,下调基因430个,这些差异表达的病毒源基因主要富集在皮肤发育、炎症反应等GO条目,以及长寿调控途径、FoxO信号通路、细胞衰老等KEGG通路。经猪-人同源基因转换,与免疫、衰老、人类皮肤相关的基因取交集,筛选出高表达的候选基因6个:AGT、CAT、CTNNB1、JUP、KRT75和LIPE,采用RT-qPCR验证了皮肤中这6个基因的差异表达,与转录组测序结果趋势一致。研究结果表明,皱皮香猪皮肤皱纹的形成与病毒源基因的异常表达有紧密联系,本研究可为后期皱皮香猪皮肤褶皱形成的分子机制及衰老分子标记物选择奠定理论基础。
- 张红辉黄世会牛熙李升冉雪琴王嘉福
- 关键词：香猪褶皱衰老差异表达基因
- 可乐猪乳头数性状全基因组关联分析被引量：8
- 2016年
- 乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个(P<2.06E-5);染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。
- 谢健喻昌燕许瑶牛熙冉雪琴王嘉福
- 关键词：全基因组关联分析乳头数
- 一种短密青霉菌及其用途
- 本发明公开了一种霉菌及其用途，涉及微生物技术领域。本发明的菌株命名为W‑B23,所述霉菌菌株为具有纤维素降解能力的短密青霉(Penicillium brevicompactum)。其形态特征：在PDA培养基上培养，菌落形...
- 王嘉福吴静冉雪琴牛熙李升黄世会
- 文献传递
- 香猪SNP位点rs80894395的多态性及其与体尺指标之间的关联研究被引量：3
- 2016年
- 为了探究影响香猪生长发育的功能基因,本试验利用Illumina Porcine SNP60K芯片筛选出N-乙酰氨基半乳糖转移酶2(polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2,GALNT2)基因内含子10中一个与腹围呈弱相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs80894395。在此基础上应用等位基因特异性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)技术检测520头雌性香猪群体中该位点的基因型,并与43头大白猪、36头柯乐猪相比较。结果表明,从3个猪群体中检测到rs80894395位点的CC、CT和TT 3种基因型;其中香猪群体以CT为优势基因型,且基因型与香猪的体重、体长和腹围呈弱的正相关;大白猪群体以CC基因型为主,T等位基因频率较香猪极显著减少(P<0.01);柯乐猪群体中CC与CT基因型频率相等,与香猪和大白猪的基因频率间的差异不显著(P>0.05)。生物信息学分析表明,rs80894395位点可能影响GALNT2基因的剪接过程。rs80894395与香猪的生长发育可能有一定的联系。
- 王洋梅子凌喻昌燕牛熙谢玲玲牛秋锦仇志浪王嘉福冉雪琴
- 关键词：香猪体尺
- 一种利用MSH4基因中SV313分子标记区分大白猪和江口萝卜猪的检测技术
- 本发明公开了一种利用MSH4基因中SV313分子标记区分大白猪和江口萝卜猪的检测技术，其特征在于：SV313位于猪参考基因组Sscrofa 11.1chr6:137499097‑137499409，共313bp，存在MS...
- 冉雪琴黄世会喻昌燕牛熙王嘉福
- 文献传递
