王丛丛
- 作品数：26 被引量：87H指数：5
- 供职机构：教育部更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部科学技术研究重点项目上海市教育发展基金会“曙光计划”项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学天文地球环境科学与工程更多>>
- COⅠ和16S rRNA基因在高原裂腹鱼物种鉴定中的应用被引量：14
- 2015年
- 针对裂腹鱼种类繁多、种间形态学差异不明显的特点,利用分子标记对高原裂腹鱼进行准确的物种鉴定具有重要价值。对采集的60尾高原裂腹鱼进行了COⅠ和16S rRNA基因的部分序列测定,并通过Gen Bank数据库进行鱼种鉴定;运用邻接法(NJ)构建系统发育树,对实验鱼进行群系划分;通过DNASP软件分析比较实验鱼COⅠ和16S rRNA基因的序列变异;依据MEGA 6.0的Kimura-2-parameter模型计算实验鱼的种内遗传距离和种间遗传距离,并对COⅠ和16S rRNA基因在高原裂腹鱼物种鉴定中的适用性进行探讨。结果表明,采集的样本包含3属、5种裂腹鱼,分别为尖裸鲤属的尖裸鲤(Oxygymnocypris stewartii)、裸鲤属的软刺裸鲤(Gymnocypris dobula)、裂腹鱼属的拉萨裂腹鱼(Schizothorax waltoni)、巨须裂腹鱼(Schizothorax macropogon)和异齿裂腹鱼(Schizothorax oconnori)。在COⅠ基因构建的系统发育树中,5种高原裂腹鱼均形成独立的一支,而16S rRNA基因不能准确地对裂腹鱼属的3个鱼种实现区分。研究显示,5种高原裂腹鱼COⅠ基因核苷酸的变异水平(Pi)和单倍型多样性指数(Hd)均高于16S rRNA基因;COⅠ基因计算得到实验鱼种间遗传距离和种内遗传距离平均值分别为0.025和0.002,种内和种间的最大遗传差异约为13倍;16S rRNA基因得出结果为0.026和0.005,而种内和种间的最大遗传差异约为6倍。综合COⅠ和16S rRNA基因能有效鉴定高原裂腹鱼物种,而在单个基因的选择上,COⅠ基因具有更高的适用性。
- 产久林姜华鹏刘一萌胡星星王丛丛许强华
- 关键词：RRNA物种鉴定
- Cas9-CRISPR敲除hae3基因对斑马鱼血红蛋白生成的影响被引量：3
- 2015年
- 为获得hae3基因缺失的突变体,并研究hae3基因对血红蛋白生成的影响,以斑马鱼Danio rerio为研究对象,利用Cas9-CRISPR技术,成功建立了缺失血红蛋白hae3基因的鱼类模型,采用显微注射技术将hae3 sgRNA与Cas9 RNA混合后对斑马鱼第一细胞期受精卵动物极进行注射,利用序列测定与比对、T7核酸酶酶切方法成功检测到了hae3基因的敲除,并对缺失hae3基因的斑马鱼和对照组斑马鱼同时进行固蓝(O-dianisidine)染色。结果表明,与对照组相比,试验组斑马鱼血红蛋白含量明显下降,并有畸形表型。研究表明,胚胎时期hae3基因的缺失会严重影响斑马鱼血红蛋白的生成,而且伴随畸形发育表型。
- 蔡畅王丛丛吴智超刘云郭亚南许强华
- 关键词：斑马鱼血红蛋白基因敲除
- 基于线粒体基因标记的中西太平洋鲣群体遗传学分析被引量：2
- 2020年
- 为了解中西太平洋鲣(Katsuwonus pelamis)群体间的遗传结构和不同群体间的遗传分化,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因序列对中西太平洋3个区域共112尾鲣样本进行群体遗传学研究。由Cytb和COⅠ基因序列测得的单倍型多样性指数(Hd)分别为0.997和0.943,而核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.0100和0.00268,来源于种群内的变异分别达到了99.50%和100.64%,两两群体间的遗传分化系数Fst值均小于0.05,P值均大于0.05,且基因流Nm远大于1。结果表明,3个鲣群体间不存在显著的遗传分化,且具有频繁的基因交流。中性检验和核苷酸错配分布曲线结果显示,鲣可能在末次冰期经历快速的群体扩张事件。由于推算的鲣群体扩张时间与历史海平面变动存在相关性,推测中西太平洋鲣种群的扩张极有可能与海平面的快速上升(海侵)有关。综上所述,中西太平洋鲣未出现显著分化的地理群体,建议在渔业管理上将3个地理群体视为一个统一的管理单元。
- 曹洋铭王丛丛徐豪刘洋
- 关键词：中西太平洋CYTB种群扩张
- 基于线粒体基因标记的太平洋褶柔鱼群体遗传结构及变异分析被引量：2
- 2021年
- 为科学管理和开发利用太平洋褶柔鱼(Todarodes pacificus)渔业资源,利用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)和细胞色素b(Cytb)2种标记基因对西北太平洋褶柔鱼进行群体遗传结构和变异分析。结果显示:太平洋褶柔鱼2种基因片段的序列长度分别为465 bp(COⅠ)和404 bp(Cytb),分别定义18和21个单倍型,总体呈现低单倍型多样性(h=0.4930、0.4790)和低核苷酸多样性(π=0.0013、0.0014);遗传分化系数(F_(st))均为负值,而分子生物学方差分析结果表明该群体变异都来源于种内;太平洋褶柔鱼COⅠ基因序列的Tajima’s D和Fu’s Fs的中性检验D值和Fs值显著偏离0,且二者显著性检验P<0.01,与Cytb基因标记的群体结果相似。综上,位于东海和日本海海域的太平洋褶柔鱼种群遗传多样性较低,群体间基因交流频繁未出现遗传分化,且变异基本来源于种内,群体大约在1.2万~1.5万年前出现过种群扩张。建议将太平洋褶柔鱼划分为一个管理单元,以便该渔业资源更加合理地保护与开发利用。
- 张琴曹洋铭陆化杰刘洋刘洋刘洋王丛丛
- 关键词：太平洋褶柔鱼细胞色素B
- 涉海专业《动物学实验》教学改革初探
- 2020年
- 动物学实验课是为水产与生物类相关专业的本科生开设的必修课程之一。现行的教学模式往往以教师讲授为主,验证性实验占一定比例的方式进行。为促进学生对本实验课程学习的主观能动性,调动课堂学习氛围,对动物学实验课程进行混合式教学的改革与探索,以期达到提高教学水平和教学效果以及学生的动手能力和创造力的目的。
- 王丛丛胡松刘洋
- 关键词：动物学实验教学
- 海七鳃鳗pma-miR-200c-3p对斑马鱼心脏发育的作用研究被引量：3
- 2016年
- 为研究海七鳃鳗Petromyzon marinus pma-miR-200c-3p在心脏发育过程中的生物学功能,采用显微注射技术,将pma-miR-200c-3p模拟体注射到斑马鱼Danio rerio胚胎,过表达pma-miR-200c-3p后,使用qRT-PCR及Western blot法检测了一些与心脏发育相关的标志性基因的表达水平,以及BMP/Smad通路重要基因蛋白水平的变化,并利用生物信息学预测、GFP荧光表达分析了pma-miR-200c-3p的生物学作用。结果表明:过表达pma-miR-200c-3p的斑马鱼胚胎中,与心脏发育相关的标志性bmp4、bmp5、smad1、gata5、tbx2b和notch1a基因的表达水平极显著上调(P<0.01),同时BMP/Smad通路中BMP4、Smad1、GATA5蛋白表达水平也明显升高;细胞试验表明,cdx1b基因可能是pma-miR-200c-3p的一个靶基因。研究表明,pma-miR-200c-3p可能通过抑制cdx1b基因的表达,参与BMP/Smad通路以促进心脏发育。
- 刘云王丛丛郭亚南许强华
- 关键词：斑马鱼心脏发育
- 3种不同类型饵料在蟹笼诱捕中的效果比较被引量：2
- 2016年
- 研究了蟹笼诱捕海洋生物的性能,为提高深渊生物采集能力提供合理指导。为研究蟹笼作业中不同饵料及不同入鱼口末端形状的诱捕性能,在室内水槽中选用入鱼口末端为扁形和圆形的2种蟹笼进行诱捕试验,比较两者对克氏原螯虾的诱捕效果。对入鱼口末端为扁形和圆形的2种蟹笼的诱捕效果进行比较,发现入鱼口末端为圆形的蟹笼诱捕效果更佳。以入鱼口末端为圆形的蟹笼进行不同饵料的野外诱捕试验,结果表明,生物型诱饵对水生生物的诱捕效果最好,广谱性鱼虾配合饲料次之。本研究结果为后续深渊诱捕采样器诱捕饵料的选择提供依据。
- 刘洋李伟文王丛丛郭亚楠许强华
- 关键词：蟹笼诱捕
- 基于环境DNA技术的淀山湖鱼类物种多样性分析
- 2024年
- 为了解淀山湖主要鱼类群落的种类组成和多样性特征,利用环境DNA技术对淀山湖鱼类进行物种多样性分析。结果显示,从淀山湖10个站点的环境DNA样本中共检测出7目、12科、36属、43种鱼类,其中6月(夏季)共检测出24种,11月(秋季)32种,大部分种类在淀山湖传统渔业资源调查中均有出现。其中,刀鲚(Coilia nasus)、鲫(Carassius auratus)、大鳍鱊(Acheilognathus macropterus)、翘嘴红鲌(Culter alburnus)、鲻鱼(Mugil cephalus)为主要优势种。α多样性分析表明,淀山湖秋季的Chao1指数、Observed species指数、Shannon多样性指数、Simpson指数和Pielou均匀度指数平均值都高于夏季的平均值,表明秋季鱼类物种相对丰富,多样性较高。站点间鱼类物种差异分析表明,多样性和丰富度较高的站点为S1、S2、S3、S5,均为初级生产力较高、人为干扰较小的站点。研究表明,环境DNA技术检测灵敏度高,可以作为淀山湖鱼类物种多样性调查的有效补充手段。
- 刘洋刘洋王丛丛戴小杰
- 关键词：淀山湖生物多样性鱼类
- 涉海专业《生态毒理学》实践教学初探
- 2016年
- 环境污染日趋严重,各种污染物对人类健康和生态系统安全产生了直接或潜在的危害。生态毒理学是一门多种学科交叉和融合的新兴边缘学科,其实践教学质量将直接影响学生理论解决专业实际问题能力,笔者认为通过转变传统的实践教学模式,完善实践教学体系,强化实践教学,改善实践教学改革,能有效提高学生学习兴趣,提高实践教学质量。
- 王丛丛
- 关键词：生态毒理学实践教学
- 软刺裸鲤和齐口裂鳆鱼HIF1B和HIF2A的克隆及低氧适应性的表达分析被引量：9
- 2015年
- 获得高原软刺裸鲤(Gymnocypris dobula)和齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)HIF1B和HIF2A基因c DNA完整的开放阅读框(ORF),并进行氨基酸序列分析;采用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,检测了HIF1B和HIF2A在两种裂腹鱼体内各组织中的表达,以及应激性低氧条件下罗非鱼不同组织中的表达。基因序列分析结果显示,软刺裸鲤和齐口裂腹鱼HIF1B基因长度分别为2 322 bp和2 313 bp,预测编码773和770个氨基酸;HIF2A基因长度分别为2 466 bp和2 502 bp,预测编码821和833个氨基酸。同源分析显示,齐口裂腹鱼和软刺裸鲤HIF1B ODD结构域氨基酸序列同源性为93.12%,HIF2A为89.56%。在CODD保守结构域中,软刺裸鲤HIF1B的LxxLAP位点突变成Pxx LAP,这可能是高原裂腹鱼HIF1B功能进化的重要标志。定量检测结果表明,在应激性低氧环境中,硬骨鱼类鳃和皮肤中HIF1B和HIF2A mRNA的表达上升;而在长期低氧环境中,硬骨鱼类鳃和皮肤中HIF1B和HIF2A mRNA的表达下降,推测硬骨鱼体内可能存在两种不同的机制来适应长期低氧和应激性低氧环境。
- 姜华鹏张驰王丛丛许强华
- 关键词：裂腹鱼类低氧环境基因克隆进化
