李牛
- 作品数：24 被引量：72H指数：5
- 供职机构：上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市科委国际合作基金浦东新区科技发展基金更多>>
- 相关领域：医药卫生轻工技术与工程更多>>
- 基于靶向基因测序的原发性免疫缺陷病基因诊断方法被引量：2
- 2017年
- 目的·设计并建立基于靶向基因测序(TPS)的适合原发性免疫缺陷病(PID)的高通量基因诊断方法。方法·阅读文献并查询相关数据库确定PID的已知致病基因,设计并定制针对这些基因所有外显子及侧翼序列的捕获探针,并通过该方法对1例疑似PID患儿进行分子诊断。结果·该PID测序panel共包含100个已知致病基因。该疑似PID患儿测序结果共产生读条数16 414 298(reads),平均覆盖深度为157 X,98.35%的目标区域测序深度大于20 X,99.97%的目标区域具有1 X以上的测序深度。最终在患儿的CXCR4基因第2号外显子区域发现一个杂合的无义突变(c.1000C>T,p.Arg334*)。Sanger测序结果验证了患儿CXCR4基因的变异并表明其父母在相应位点均为野生型,证实了患儿CXCR4基因的变异为新生突变(de novo)。结论·建立了PID高通量基因诊断方法,并借助该靶向基因测序技术成功诊断1例WHIM综合征患儿。
- 杨丽君李牛刘毅王剑
- 关键词：原发性免疫缺陷病CXCR4基因
- 基于靶向基因高通量测序技术诊断儿童基因组病的可行性研究
- 张欢欢李牛郁婷婷姚如恩卿艳荣王秀敏沈亦平王剑
- 颗粒物PM_(10)和CD4^+T淋巴细胞IL-4 DNA甲基化在儿童变应性鼻炎发病机制中的研究被引量：6
- 2017年
- 目的探讨大气污染PM_(10)对变应性鼻炎儿童CD4^+T淋巴细胞IL-4基因启动子区域甲基化的表观遗传调控及相关转录水平表达的影响。方法选择2012年上海儿童医学中心耳鼻咽喉科就诊的35例6~12岁变应性鼻炎患儿随访1年,收集血样及设立匹配对照组(30例),进行IL-4基因启动子区域甲基化克隆测序及mRNA表达水平检测。评估PM_(2.5)和PM_(10)的个人综合暴露。结果变应性鼻炎组CD4+T淋巴细胞中IL-4基因启动子区域平均甲基化程度低于对照组(P=0.038);其中-48、+54甲基化程度有差异(P=0.041、0.032);变应性鼻炎组IL-4转录水平升高(P=0.039),与其平均DNA甲基化水平呈负相关(t=-0.452,P=0.032)。转录水平与对照组无显著性差异。校正后,变应性鼻炎儿童PM_(10)暴露与其IL-4基因启动子区域甲基化程度呈负相关(r^2=0.419,β=-0.470,SD=0.781,P=0.045)。结论变应性鼻炎儿童IL-4基因启动子区域低甲基化水平可能受到PM_(10)影响。
- 李幼瑾李牛牟喆马蓓颖陈洁江帆
- 关键词：儿童空气污染物白细胞介素4
- 高通量全外显子测序诊断2A型肢带型肌营养不良1例被引量：1
- 2016年
- 目的对1例患有肌营养不良的中国籍汉族男孩进行临床分子诊断。方法运用高通量测序技术对1例已排除杜氏/贝氏进行性肌营养不良(DMD/BMD)的患儿进行外周血有核细胞基因全外显子组测序(WES),并使用Sanger测序对WES发现的基因相关突变进行验证。结果 WES发现钙蛋白酶3基因(CAPN3)存在复合杂合突变,其中3号外显子区域发现1个杂合的无义突变c.439C>T,p.Arg147*,而13号外显子存在1个杂合的错义突变c.1621C>T,p.Arg541Trp。结论借助高通量DNA测序技术,该患者最终被诊断为2A型肢带型肌营养不良(LGMD)。
- 胡娟申春梅王剑李牛
- 关键词：肢带型肌营养不良症基因突变
- 基于靶向基因高通量测序技术诊断儿童基因组病的可行性研究
- 张欢欢李牛郁婷婷姚如恩卿艳荣王秀敏沈亦平王剑
- 上海市儿童罕见病登记数据库建设和阶段性数据总结
- 2024年
- 目的总结上海市儿童罕见病登记数据库建设方案,并回顾性分析数据库中已收录患儿的人口学特征和疾病谱等资料,明确儿童罕见病病种分布特征,为建设高水平专病队列及系统管理罕见病患儿提供基础数据支持。方法基于国家罕见病注册系统病种目录以及各病种数据集,建成联通医院信息系统的区域儿童罕见病登记数据库,对数据库中患儿数据进行描述性研究分析。结果数据库1期共收录2008—2021年诊断的6341例罕见病患儿,覆盖109种疾病。门诊和住院患儿占比分别为59.4%(3764例)和40.6%(2577例),男女性别比为1.36︰1;占比较高的病种主要包括朗格汉斯细胞组织细胞增生症(11.3%)、家族性扩张型心肌病(7.9%)、血友病(5.5%)和神经纤维瘤(5.4%)等。伴随高通量测序技术的广泛应用,明确诊断的儿童罕见病患者数量逐年增加,>80%的患儿在10岁之前可获得明确诊断。结论本研究建立了同时纳入门诊和住院患儿的罕见病登记数据库,描述了儿童患者的疾病谱和人口学特征,并反映出中国近年来在这一领域的进步。该研究将为进一步纳入更多罕见病病种,并多中心建设更高水平儿童罕见病数据库提供基础数据。
- 李牛李磊陈会文王剑张浩
- 关键词：疾病谱
- 儿童Ⅰ型神经纤维瘤患者的基因诊断和随访研究被引量：2
- 2021年
- 目的通过对疑似Ⅰ型神经纤维瘤(NF1)患儿进行基因诊断和疾病进展分析及随访研究,探索研究携带NF1基因突变患儿的基因型表型联系。方法回顾性选取2016年9月至2018年1月在上海儿童医学中心疑似Ⅰ型神经纤维瘤诊断的患儿共32例,男17例,女15例,年龄2个月至5岁,进行相应的遗传学检测明确基因突变,并对阳性患儿进行3年以上长期的随访和病情跟踪,对疾病的进展以及基因型表型关联性进行分析。结果27例患儿检测到明确致病性的NF1基因突变,包含3例未曾报道过的致病性突变;这27例患儿中仅3例患儿突变遗传自明确诊断且有表型的父母,其余均为新发突变。大部分患者随访期间无明显表型变化(14/27),部分患者(7/27)在随访期间发现矮小、肺动脉狭窄和发育迟缓等,其中矮小与肺动脉狭窄分别可能与NF1基因错义突变和严重截断变异存在关联性。结论无家族史的Ⅰ型神经纤维瘤患儿其早期诊断更加依赖于基因检测。低龄患儿早期随访应根据突变的类型和位置进行相应的调整,错义突变患儿应增加心血管异常的早期随访,造成严重截断变异的患儿应关注身高发育情况。
- 姚如恩李国强郁婷婷李牛王纪文王秀敏王剑
- 关键词：基因检测
- Bardet-Biedl综合征1例报告并文献复习被引量：5
- 2017年
- 目的提高对Bardet-Biedl综合征临床表现和致病基因特点的认识。方法回顾性分析1例确诊为BardetBiedl综合征患儿临床、实验室资料及基因检测结果,并复习相关文献。结果患儿,男,13岁,临床表现有多趾畸形、视网膜色素变性、性腺发育不全、肥胖、智力发育迟缓、肾囊性发育不全、慢性肾功能不全、糖耐量异常、尿道下裂、脂肪肝、贫血、矮小症。高通量测序分析发现患儿BBS2基因存在纯合突变(c.1148_1149dup TC,p.His384Serfs*34),其父母该位点均为杂合子。结论借助于高通量测序技术,有助于得到明确的Bardet-Biedl综合征分子诊断。该患儿BBS2基因的变异未在HGMD、Ex AC及Clin Var数据库中收录,为国内外首次报道。
- 陈瑶李娟王剑李牛沈亦平黄晓东沈永年王秀敏
- 关键词：BARDET-BIEDL综合征高通量测序分子诊断
- 多发先天性畸形-肌张力低下-癫痫综合征1一例并文献复习被引量：7
- 2017年
- 目的 对多发先天性畸形-肌张力低下-癫痫综合征1（MCAHS l）的临床表型及基因变异特征进行分析.方法 总结上海儿童医学中心2015年12月确诊的1例MCAHS 1患儿的临床资料、实验室检查,并提取患儿及其父母外周血DNA,采用靶向基因高通量测序技术检测与患儿症状相关的致病基因,应用Sanger测序进行验证.以“PIGN gene”为关键词,在Pubmed、Embase数据库中检索建库至2017年1月以来的相关文献,复习PIGN基因变异相关疾病的临床表现、检查结果及预后.结果 患儿男,3月龄16 d,以“生后20 d始反复抽搐”为主要症状,伴肌张力低下、发育迟缓,常规血液学、生化、代谢检测及影像学检查未见明显异常,其兄8月龄始反复抽搐发作,至20月龄死亡.基因检测发现患儿存在PIGN基因的复合杂合变异,一个为剪接位点变异（c.963G＞A,第8外显子最后一位）,为已报道变异位点;另一变异为无义变异（c.2773A＞T,p.Lys925＊）,尚未见报道.两个变异位点分别来源于患儿的父亲及母亲.检索到人类PIGN变异所致疾病的相关报道9篇,国内尚未见相关病例报道.包括本例,一共22例病例,临床表现以发育迟缓、肌张力低下、癫痫最为多见;基因变异以错义变异最常见;预后不佳,8例死亡,余患儿表现为不同程度难治性癫痫、严重精神发育迟滞、肌无力.结论 MCAHS 1临床表现为癫痫、严重发育迟缓、肌张力低下,可能伴有其他器官、系统的多发畸形.PIGN基因纯合变异或复合杂合变异是其致病原因.
- 胥雨菲李牛李国强王秀敏周云芳殷蕾王剑
- 两例CHARGE综合征患儿的基因突变分析被引量：3
- 2018年
- 目的分析2例分别表现为多发畸形和生长发育迟缓患儿的遗传学原因。方法应用靶向基因测序技术对2例患儿的外周血基因组DNA进行高通量测序，用Ingenuity变异分析软件对测序结果进行分析，同时对检出的致病性变异位点进行Sanger测序验证。结果高通量测序结果显示例1的CHD7基因的第36外显子存在c.7957C〉T（p.Arg2653＊）无义突变；例2的CHD7基因第2外显子存在c.718C〉T （p.Gln240＊）无义突变。Sanger测序结果验证了两例患儿CHD7基因的突变，患儿的父母均未检测到突变，患儿CHD7基因的突变均为新生突变（de novo）。
结论CHD7基因突变是两例患儿的遗传学病因。
- 李国强李牛胥雨菲李娟丁宇沈亦平王秀敏王剑
- 关键词：高通量测序
