迟莹莹
- 作品数:4 被引量:12H指数:2
- 供职机构:东北农业大学更多>>
- 发文基金:国家西甜瓜产业技术体系建设专项更多>>
- 相关领域:生物学农业科学更多>>
- 基于CAPS标记的西瓜果实与种子相关性状QTL分析被引量:11
- 2017年
- 【目的】基于西瓜全基因组重测序数据,挖掘SNP位点并将其转变为CAPS标记,构建遗传连锁图谱,对西瓜果实与种子相关性状进行QTL分析,为西瓜果实与种子相关性状主效基因精细定位及克隆奠定理论基础。【方法】以普通栽培西瓜品系(Citrullus lanatus ssp.vulgaris)‘W1-1’和黏籽西瓜品系(Citrullus lanatus ssp.mucosospermus)‘PI186490’为亲本杂交获得F_1代,以‘W1-1’为轮回亲本,构建BC_1P_1群体。采摘成熟果实,对每个西瓜果实中心及边缘可溶性固形物、中心及边缘果肉硬度、种子百粒重、种皮底色进行调查及数据分析。对亲本材料进行覆盖度约为20×的全基因组重测序,用BWA、SAMTOOLS及VCFTOOLS等软件比对并检测亲本材料在全基因组范围内的SNP位点。运用SNP2CAPS软件选择7种在西瓜基因组上具有丰富酶切位点的限制性内切酶,对包含SNP位点的序列进行酶切位点分析,转化CAPS标记。选取全基因组范围内均匀分布的450个CAPS分子标记,筛选多态性CAPS标记,对BC_1P_1群体内225株分别进行基因分型,使用QTL Ici Mapping及Windows QTL Cartographer V2.5等软件进行遗传图谱的构建和西瓜果实与种子相关性状的QTL分析。【结果】在两亲本间共获得SNP位点751 532个,根据7种限制性内切酶位点信息共开发了450个CAPS分子标记,筛选出其中具有多态性的200个CAPS标记,在225株BC1P1群体构建一张包含11个连锁群(分别对应11条染色体)的遗传连锁图谱,覆盖长度1 376.95 c M,标记间的平均遗传距离为6.88 c M。QTL分析定位到与果实与种子相关性状QTL位点15个,其中包括中心可溶性固形物含量相关位点3个(CTSS2.1、CTSS2.2、CTSS8.1);边缘可溶性固形物含量相关位点1个(ETSS2.1);中心果实硬度相关位点3个(CFF6.1、CFF6.2、CFF8.1);边缘果实硬度相关位点2个(EFF6.1、EFF6.2);种皮底色相关位点4个(SCC8.1、SCC8.2、SCC8.3、SCC8.4);种子百粒重相关位点2个(SH
- 迟莹莹高鹏朱子成栾非时李桂英于鹏
- 关键词:西瓜遗传连锁图谱CAPS
- CAPS标记开发及果实相关性状QTL分析被引量:3
- 2018年
- 利用西瓜基因组重测序数据挖掘SNP位点并将其转变为CAPS标记,构建遗传连锁图谱,对西瓜果实相关性状进行QTL分析。以普通西瓜品系(Citrullus lanatus subsp.vulgaris)花园母本和黏籽西瓜品系(Citrullus lanatus subsp.mucosospermus)PI 186490为亲本,构建BC1群体。对亲本材料进行基因组重测序,覆盖西瓜基因组20×以上,发掘SNP位点,运用SNP2CAPS软件选择7种限制性内切酶对包含SNP位点的序列进行酶切位点分析并将其转化为CAPS标记。筛选具有多态性的CAPS标记,对225株BC1群体内各单株进行基因分型,对西瓜果实相关性状进行QTL分析。在两亲本间共获得SNP位点751 532个,设计CAPS引物450对,筛选出多态性引物200对,贡献率为44.44%。所构建遗传连锁图谱包含11个连锁群(分别对应西瓜基因组的11条染色体),覆盖基因组长度1 376.95 cm。获得与果实相关性状QTL位点15个。说明西瓜是可溶性固形物,具有果肉硬度、种子百粒重符合的数量性状遗传特点,种皮底色受四个QTL位点控制。
- 迟莹莹栾非时李桂英
- 关键词:西瓜SNPCAPSQTL
- 一种预示和鉴定西瓜果肉颜色的分子标记MboII-33及应用
- 本发明公开了一种预示和鉴定西瓜果肉颜色的分子标记MboII-33及应用,属于分子生物学技术领域。本发明所提供的分子标记扩增出的PCR产物片段大小为524bp,核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明所公开的CAPS...
- 刘识刘宏宇栾非时侯艳迟莹莹
- 文献传递
- 一种预示和鉴定西瓜果肉颜色的分子标记MboII‑33及应用
- 本发明公开了一种预示和鉴定西瓜果肉颜色的分子标记MboII‑33及应用,属于分子生物学技术领域。本发明所提供的分子标记扩增出的PCR产物片段大小为524bp,核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明所公开的CAPS...
- 刘识刘宏宇栾非时侯艳迟莹莹
- 文献传递