李金城
- 作品数：3 被引量：5H指数：1
- 供职机构：宁波大学医学院更多>>
- 发文基金：浙江省自然科学基金国家自然科学基金王宽诚教育基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- CRISPR相关的生物信息学基础被引量：3
- 2016年
- 成簇规律间隔短回文序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)是细菌和古细菌在不断进化的过程中获得的一种适应性免疫防御机制,该结构与一些功能相关的蛋白质(CRISPR-associated,Cas)合称CRISPR-Cas系统。由于其致突变效率高、操作简单及成本较低的特点,近年来对CRISPR/Cas系统的研究获得越来越广泛的关注。该系统迅速在各领域中得到广泛应用,被认为是一种具有广阔应用前景的基因组定点改造分子工具。但是,该系统存在脱靶效应、测序数据分析等挑战。为此,许多研究者开发出各种软件解决以上问题。本文着重从生物信息学的角度出发,对CRISPR/Cas系统中sgRNA的设计软件、CRISPR全基因组筛选功能基因的测序数据分析软件以及CRISPR在生物信息学中的运用作一系统综述。
- 陶洋李金城廖奇
- 关键词：CRISPR生物信息学
- 大肠癌长非编码RNA的研究进展被引量：1
- 2016年
- 长非编码RNA(long noncoding RNA,lnc RNA)是长度大于200 nt,因缺少完整的阅读编码框而不编码蛋白质的一种功能性分子。研究发现,长非编码RNA在众多肿瘤的发生、发展过程中发挥着重要的作用。已有研究报道,在大肠癌细胞中,大量长非编码RNA的表达水平与正常细胞相比有显著差异,在功能上表现为抑癌或促癌作用,广泛参与大肠癌细胞的转移,有些长非编码RNA甚至可以作为大肠癌诊断或预后的潜在标记以及治疗的靶标。该文就在大肠癌发生发展中起重要抑癌或促癌作用的长非编码RNA作一综述,讨论它们在大肠癌中的功能作用及调节机制。
- 鲁利贞李金城叶孟陶洋廖奇
- 关键词：大肠癌抑癌基因癌基因
- 机器学习方法在基因功能注释中的应用被引量：1
- 2016年
- 目前,基于计算机数学方法对基因的功能注释已成为热点及挑战,其中以机器学习方法应用最为广泛。生物信息学家不断提出有效、快速、准确的机器学习方法用于基因功能的注释,极大促进了生物医学的发展。本文就关于机器学习方法在基因功能注释的应用与进展作一综述。主要介绍几种常用的方法,包括支持向量机、k近邻算法、决策树、随机森林、神经网络、马尔科夫随机场、logistic回归、聚类算法和贝叶斯分类器,并对目前机器学习方法应用于基因功能注释时如何选择数据源、如何改进算法以及如何提高预测性能上进行讨论。
- 李金城廖奇沈其君
- 关键词：功能注释基因
