刘建魁
- 作品数：1 被引量：0H指数：0
- 供职机构：贵州省农业生物技术重点实验室更多>>
- 发文基金：贵州省科学技术基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 赤散囊菌MAPKs超家族的鉴定及分析
- 2016年
- 本研究以赤散囊菌Eurotium rubrum全基因组序列为对象,利用HMMER软件构建隐马尔可夫模型(hidden markov models,HMM)结合BLAST的方法鉴定了促分裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)超家族。通过构建系统发育树对鉴定蛋白进行分析,并利用MEME软件进行了保守性基序的预测及活性位点注释。分析结果表明,赤散囊菌基因组包含了4个MAPK蛋白,分别属于Hog1-type、Mpk C-type、Slt2-type和Fus3/Kss1-type类型;3个MAPK kinase(MAPKK)蛋白,分别属于MKK1-type、Pbs2-type和Ste7-type类型;3个MAPK kinase kinase(MAPKKK)蛋白,分别属于BCK1-type、Ste11-type和Ssk22-type类型。保守性基序分析及注释结果表明,MAPKs超家族蛋白都包含了蛋白激酶活性位点"-D[L/I/V]K-"以及保守性的ATP-binding标签序列。MAPK与MAPKK蛋白分别包含了"-Tx Y-"和"-SD[I/V]WS-"磷酸化位点,且MAPK蛋白还包含一个保守性的common docking基序(CD motif),而MAPKKK蛋白则包含了一个功能不明的保守性基序,其一致性序列为"-GTPYWMAPEV-"。研究结果为揭示MAPKs信号途径在赤散囊菌中参与调控的生物学过程奠定了基础。
- 王玉臣谭玉梅陈丽刘建魁刘永翔刘作易
