宋堃
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：上海交通大学更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 食管鳞状细胞癌基因组芯片生物信息学分析及靶向药物预测
- 2020年
- 目的·探究食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的发生机制及其潜在靶向药物,为诊断和治疗ESCC提供理论依据。方法·选取2个GEO集(GSE38129、GSE20347),用R语言筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并进行GO(Gene Ontology)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析。对DEGs行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,获得最显著模块基因以及关键基因,并对关键基因磷酸化酶B激酶(phosphorylase B kinase,PBK)做靶向药物预测。结果·2个数据集共包含670条相同的DEGs,其中下调基因342条、上调基因328条。GO和KEGG富集分析结果显示,DEGs主要富集到细胞外结构的组织、细胞外基质的组织、p53信号通路、IL-17信号通路、细胞周期等通路。通过对PPI网络做密集度分析,共筛选出20条关键基因。其中,关键基因PBK与细胞周期相关,在2个数据集中表达量均有上调;通过变构位点探测和化合物库虚拟筛选,预测出了PBK的潜在药物Compound 1。结论·通过生物信息学的方法能够有效分析ESCC的关键基因。关键基因PBK的靶向药物预测结果可能为ESCC的靶向治疗提供一定的参考。
- 李倩高境泽李云宋堃沈倩诚
- 关键词：食管鳞状细胞癌差异表达基因蛋白质相互作用网络
- 光敏剂亚甲蓝及其衍生物的构效关系研究
- 2016年
- 目的预测亚甲蓝及其衍生物的最大吸收峰,构建最大吸收峰与结构之间的构效关系(QSAR)模型。方法利用收集到的18个亚甲蓝及其衍生物的结构和最大吸收峰数据,采用怀卡托智能分析环境(WEKA)的方法对数据进行归一化,建模和预测。结果通过交叉验证和外部测试集对建立的拟合模型进行检测,得到相关系数R值分别为0.8和0.9。结论通过WEKA的方法成功建立了亚甲蓝及其衍生物的结构和吸收峰的QSAR模型。该模型可为此类化合物开发为光敏剂提供依据,为某些有潜质的化合物进行结构改造做前期准备。
- 田薇沈倩诚宋堃张健
- 关键词：亚甲蓝衍生物
