梅娟
- 作品数:3 被引量:5H指数:2
- 供职机构:无锡城市职业技术学院更多>>
- 发文基金:江苏省博士后科研资助计划项目江苏省教育科学“十二五”规划项目江苏省“青蓝工程”基金资助项目更多>>
- 相关领域:自动化与计算机技术生物学文化科学更多>>
- 基于模块度优化的蛋白质网络集团探测与分析被引量:2
- 2012年
- 探测蛋白质相互作用网络中的功能模块对于理解生物系统的组织和功能具有重要的意义。目前,普遍的做法是将蛋白质相互作用网络表示成一个图,利用各种图聚类算法来挖掘功能模块。本文采用了基于模块度优化的图聚类算法来探测蛋白质相互作用网络中的集团,从具有2617个节点11855个相互作用的酵母蛋白相互作用网络中探测出68个集团。对于得到的集团,首先从拓扑结构的角度验证其的确是内部连接稠密的子图,然后分析了MIPS数据库中ComplexCat提供的已知的蛋白质复合体与这些集团的重叠情况,发现很多蛋白质复合体完全包含在某些集团中,最后使用超几何聚集分布的P值来分析一个集团对某个特定功能的富集程度,并根据最小的P值对应的功能来注释该集团的主要功能,发现集团中大部分的蛋白质具有相同的功能。研究结果表明,该方法探测的集团具有重要的生物学功能意义。
- 梅娟纪志成
- 关键词:蛋白质相互作用网络复合体功能模块模块度
- 基于图聚类和序列信息的蛋白质远同源性探测被引量:1
- 2015年
- 远同源蛋白间的序列相似性很低,处于随机涨落区域边缘,很难区分通过比对获得的序列特征是进化过程中功能约束还是随机突变导致的结果。为了从具有高度噪音的比对分数中提取关于同源性的微弱信号,本文将基于模块度优化的图聚类算法应用于蛋白质相似性网络来探测远同源性,并与已有的性能表现较好的方法进行比较,实验结果表明,该方法能较好地探测到蛋白质远同源性,输出的集团在很大程度上对应着蛋白质超家族,输出的集团数目接近数据集中超家族的个数,得到的结果明显优于其他方法。
- 梅娟赵吉傅毅
- 关键词:模块度
- 基于企业博士工作站的高职产学研合作培养模式的研究与实践——以无锡城市职业技术学院计算机应用技术专业为例被引量:2
- 2016年
- 针对当前高职院校中开展的多种形式校企合作实践,在分析其特点的基础上,结合本校专业具体情况提出一种全新的校企产学研合作模式,即基于企业博士工作站的校企合作模式,委派具有博士学位的教师进入企业进行科研实践工作,运用博士的专业理论知识,把企业科技进步与人才成长结合起来,做好技术积累和创新,为学院培养高素质技能型人才服务,为企业创新发展提供有力保障,有利于高职教育产学研的创新教学模式进行积极的探索和研究,并进行人才培养模式的改革。
- 赵吉傅毅梅娟张春燕马列坚
- 关键词:产学研校企合作