袁晓龙
- 作品数：32 被引量：89H指数：6
- 供职机构：华南农业大学动物科学学院更多>>
- 发文基金：国家现代农业产业技术体系建设项目国家科技基础性工作专项广东省科技计划工业攻关项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学文化科学医药卫生更多>>
- 3款猪50K SNP芯片基因型填充至序列数据的效果评估被引量：5
- 2022年
- 【目的】利用猪50K SNP(Single nucleotide polymorphisms)芯片开展基因组育种已经得到了广泛的应用与认可。基因型填充可在不增加基因型检测成本的前提下大幅提高基因型数据量,有利于开展复杂性状的遗传解析与遗传评估。本研究旨在评估3款猪SNP芯片基因型填充至序列数据的填充效果。【方法】选用3款芯片共同检测的48头杜洛克猪群体作为填充的目标群体,260头猪的全基因组测序数据作为参考群体,使用Beagle5.1软件进行基因型填充,对比3款不同猪SNP芯片纽勤50K、中芯一号50K和液相50K基因型填充至序列数据的填充效果。【结果】3款芯片原始的SNP数分别为50697、57466和50885个。填充至序列后,未质控时位点填充准确性(基因型一致性)分别为0.886、0.886和0.898,质控过滤DR^(2)(Dosage R-squared)<0.95的位点后,填充准确性(基因型一致性)分别提升至0.974、0.976和0.969,位点数分别为3393066、3139095和3320627个。【结论】不同芯片基因型填充至序列数据具有可行性,通过基因型填充可获得高质量的高密度基因型数据,可为后续的育种应用研究打下基础。
- 曾浩南钟展明徐志婷滕金言袁晓龙李加琪张哲
- 关键词：序列数据
- EXOC4基因启动子活性分析
- 引言EXOC4 基因(Exocyst complex component 4)与囊泡介导的转运生物学过程相关，其作用是将囊泡连接到细胞膜上.以本课题组前期GWAS 结果为基础，结合前人研究筛选出与繁殖性状显著SNP 位点...
- 何颖婷郑蓉蓉袁晓龙李加琪
- 关键词：启动子活性分析
- 转录组学在动物科学类专业生物信息学教学中的探索及实践
- 2020年
- 生物信息学作为生命科学领域的前沿学科,其教学尚处于起步阶段。转录组测序已有替代传统实时定量PCR的趋势,已成为畜牧科学家开展科研工作的常用手段和工具。大规模的转录组数据分析对计算环境的硬件和软件提出了更高的要求,给生物信息学的教学带来了难题。本文结合农业院校动物科学类专业特点和生物信息学转录组课程的教学实践,利用计算机集群和网络公共数据,以锻炼学生的科研能力为导向,开展转录组课程的个性化实践教学,旨在培养学生独立思考和解决问题的能力,提高学生适应新时代动物科学研究的能力。
- 袁晓龙张哲张豪李加琪
- 关键词：转录组生物信息学计算机集群
- 大白猪繁殖性状的遗传参数估计及进展分析被引量：9
- 2020年
- 本研究旨在对大白猪繁殖性状进行遗传参数估计,并评估这些性状间的遗传相关和表型相关及遗传趋势和表型趋势,为目标群体的生产管理提供参考依据。利用R软件对影响大白猪繁殖性状的固定效应进行方差分析,利用DMU软件分别采用单/多性状动物模型计算了大白猪繁殖性状的遗传参数,并评估这些性状间的遗传相关和表型相关及遗传趋势和表型趋势。结果显示:不同固定效应对不同繁殖性状的影响不同。大白猪初配日龄的遗传力为0.19,属于中等遗传力性状;其他繁殖性状的遗传力在0.045~0.106,属于低遗传力性状。繁殖性状间的表型相关在0.071~0.978,遗传相关在0.097~0.989。各性状表型趋势和遗传趋势总体呈上升趋势。各固定效应对不同性状的影响不同,应提高各猪场的饲养管理水平。本群体整体遗传趋势和表型趋势呈上升趋势,说明本群体的遗传改良取得了一定效果。
- 邵宝全叶绍潘滕金言张哲邱小田袁晓龙陈赞谋李加琪张豪
- 关键词：大白猪繁殖性状
- 源性成分鉴别检测技术研究进展被引量：4
- 2015年
- 自疯牛病和禽流感等疾病暴发以来,世界各国将食品安全、饲料安全视为涉及国家公共安全的重大问题。随着生活水平的提高,人们越来越注重生活质量,但是在生产实践中,常有以假乱真和以次充好的现象,源性成分的检测成为判别的标准已涉及到各行各业。论文对源性成分检测的起源、应用和常用的方法做了综述,以期为商品真伪鉴别、品质鉴定、防止动物疫病病原体传播等提供参考。
- 李丽娟袁晓龙
- 关键词：物种鉴别
- 广东省现有5个地方猪种基于SNP芯片的遗传多样性分析被引量：19
- 2018年
- 本研究以广东省现有的5个地方猪品种为对象,利用SNP芯片进行SNP分型,对比欧洲野猪、亚洲野猪以及4个西方商业猪种,对广东省现有地方猪品种的遗传多样性、遗传距离以及群体结构进行分析。结果表明:两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗传多样性低于西方商业猪种以及粤东黑猪和梅花猪;广东省地方猪与亚洲野猪遗传距离较近,与西方猪种遗传距离较远;作为大花白猪一个类群的梅花猪与大花白猪遗传距离较远,主成分分析以及Structure分析表明梅花猪与大花白猪遗传差异较大,梅花猪具有独特的遗传结构并存在西方猪血液的渗入;粤东黑猪与西方猪种遗传距离较近,粤东黑猪也存在西方猪种血液的渗入。综上所述,两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗传多样性较低,梅花猪和粤东黑猪存在西方猪种血液的渗入。
- 黄树文张哲陈赞谋袁晓龙李加琪张豪
- 关键词：地方猪群体遗传结构
- 动物科学专业学生线上学习的调查与分析——以华南农业大学为例被引量：7
- 2021年
- 开展线上线下混合教学是新时代教学的新需求。同时,动物科学专业相关课程具有理论与实践教学紧密结合的强烈需求,又对线上学习的硬件和软件提出了更高的要求。为了解动物科学专业学生线上学习的硬件和软件情况,笔者对学生的学习网络的顺畅程度、学习终端等影响学习的质量和效率的重要因素进行了调研,并对结果进行了分析,以期为开展精准教学改革提供参考。
- 袁晓龙陈飞洋张哲张豪李加琪
- 关键词：动物科学专业线上学习教学质量
- 利用人类全基因组亚硫酸氢盐测序数据检测CNVs的研究
- 2023年
- DNA甲基化异常可能导致拷贝数变异(copy number variants,CNVs)的发生,而CNVs的发生又可能改变DNA甲基化水平。全基因组亚硫酸氢盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术能够获得DNA水平的测序数据,具有挖掘CNVs的潜力和优势,但利用WGBS数据挖掘CNVs的效果尚不清楚。本研究选取了5款检测CNVs不同策略的软件(BreakDancer、cn.mops、CNVnator、DELLY、Pindel),基于人类的真实(2.62 billion reads)和模拟(12.35 billion reads)测序数据,进行150次CNVs检测,评估CNVs检出数量、精确率、召回率、相对检出能力、内存占用和运行时间等指标,旨在讨论利用WGBS数据检测CNVs的最佳方案。基于真实WGBS数据,Pindel检出缺失型和重复型CNVs的数量最多,CNVnator对缺失型CNVs的检测精确率最高,cn.mops对重复型CNVs的检测精确率最高,Pindel对缺失型CNVs的召回率最高,cn.mops对重复型CNVs的召回率最高。基于模拟WGBS数据,BreakDancer检出缺失型CNVs数量最多,cn.mops检出重复型CNVs数量最多,CNVnator对缺失型和重复型CNVs的检测精确率和召回率均为最高。与全基因组测序数据相比,CNVnator在真实和模拟WGBS数据中检出CNVs的能力与之相当。此外,DELLY和BreakDancer的内存占用峰值和CPU运行时间最小,CNVnator的内存占用峰值和CPU运行时间最大。结果表明,利用WGBS数据检测CNVs具有可行性,使用CNVnator和cn.mops在WGBS数据上检测CNVs的准确率较高,这些工作为利用WGBS数据深入研究CNVs和DNA甲基化之间的相互关系提供一定的参考和帮助。
- 徐丹同王祎菲蔡佳丽龚文滔潘向春田雨晗沈箐鹏李加琪袁晓龙
- 关键词：拷贝数变异
- 华南地区公猪精液性状遗传参数估计被引量：4
- 2022年
- 本研究旨在对华南地区公猪精液性状进行遗传参数估计及估计育种值准确性分析,并评估各精液性状间的遗传相关和表型相关,以及不同固定效应对这些性状的影响,为种公猪的选育和生产管理提供参考依据。本研究收集了华南地区某核心公猪站2020—2022年924头公猪23470条精液测定记录,利用R软件对影响公猪精液性状的固定效应进行方差分析及显著性检验,利用DMU软件单/多性状重复力模型计算各精液性状的遗传参数和这些性状间的遗传相关和表型相关,并评估各性状估计育种值的准确性。结果显示:品种、年份、季节、公猪胎次、公猪同窝仔猪数和公猪总乳头数等固定效应对各精液性状的影响不同;精液体积、精液密度、精子活力、直线前进运动精子比例、精子畸形率、总精子数的遗传力和重复力分别为0.23、0.28、0.19、0.21、0.298、0.14和0.33、0.32、0.29、0.22、0.63、0.22,各精液性状均具有中等遗传力,精液性状间的表型相关在-0.42~0.58,遗传相关在-0.67~0.55;估计育种值准确性在0.59~0.89,具有较高可信度。以上结果表明,可以通过对精液性状进行选择来提高种公猪精液质量和精子数量,同时,各固定效应对公猪精液性状具有显著影响,应加强种公猪选育,提高核心育种场和公猪站的饲养管理水平。
- 张笑科李瑶林清周隽黄晓宇钟展明袁晓龙张哲李加琪黄翔张豪
- 关键词：公猪
- 基质金属蛋白酶MMP2和MMP9在哺乳动物卵泡发育中的作用研究进展被引量：9
- 2020年
- 在哺乳动物卵泡发育过程中,卵泡腔的形成和扩张、排卵、黄体化以及闭锁等伴随明显的组织重塑。卵泡膜细胞和颗粒细胞的细胞外基质及卵泡液中含有大量的明胶蛋白、纤维蛋白和Ⅳ型胶原蛋白等,这些活性蛋白为卵泡膜细胞和颗粒细胞的迁移、增殖和分化提供了必要条件。基质金属蛋白酶-2(matrix metalloproteinases 2,MMP2)和酶-9(MMP9)在其他MMPs、雌激素、凋亡和自噬信号通路的协同作用下,分解细胞外基质和卵泡液中的明胶蛋白、纤维蛋白和Ⅳ型胶原蛋白等,促进细胞凋亡和血管生成,使卵巢组织发生降解和重塑,进而影响卵泡膜细胞和颗粒细胞的功能、卵泡腔的形成及扩张,调控卵泡的生长发育。针对MMP2和MMP9调节卵泡生长、排卵、黄体化及闭锁的研究进展进行综述。
- 孔亚茹周小枫熊浩铭张哲张豪李加琪袁晓龙
- 关键词：基质金属蛋白酶明胶酶MMP2MMP9卵泡发育哺乳动物
