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葛静
葛静
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中国科学院武汉植物园
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中国科学院“百人计划”
武汉市青年科技晨光计划
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相关领域:
生物学
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合作作者
宋驰
中国科学院研究生院
卢辰
中国科学院武汉植物园
王瑛
中国科学院武汉植物园
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检测番茄BAC序列中paralogs的blastn参数研究
2009年
并系同源(paralog)和直系同源(ortholog)是物种进化过程中产生的两种基本的同源序列类型。目前判断ortholog的方法已经基本确立,而paralog的判断却还没有统一的标准。番茄全基因组测序正在进行中,利用Gen-Bank中已有的番茄BAC序列进行一系列不同参数下的比对(blastn),根据比对结果确定了paralog预测的最佳参数,分别是E值为10-40,匹配序列长度为200bp,序列一致率为80%。这些参数值的确定为以后在番茄BAC序列中进行paralog预测提供了适用的参数。
葛静
宋驰
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番茄
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