为了从分子水平上明确云南丘北仙女虾一物种的具体种类,采用PCR产物直接测序法测定了30个样本的COI基因与18S r DNA基因的部分序列片段(长度分别为658 bp和325 bp)。基于NCBI数据库BLAST相似性比对发现COI基因与18S r DNA基因序列同Streptocephalus sirindhornae相似度最高,分别为96%和100%。序列分析发现COI基因序列中共检测到15个简约信息位点,22个变异位点,8个单倍型;18S r DNA基因序列中只检测到1个简约信息位点,1个变异位点,2个单倍型。此外,结合Gen Bank中无背甲目部分科物种的同源序列,进行遗传距离和系统发育关系分析。结果显示:丘北仙女虾与弯头虫科的S.sirindhornae种间遗传距离为4.3%,属于种内水平;与钗额虫科的Thamnocephalus platyurus种间遗传距离为21.1%,属于种间水平。此外,系统发育树显示:丘北仙女虾与S.sirindhornae聚在一起形成一个单系枝,COI树的支持率为100%,18S r DNA树的支持率为72%。上述结果表明云南丘北仙女虾是弯头虫科的Streptocephalus sirindhornae,而不是钗额虫科的物种。同时,还表明COI基因相比18S r DNA基因更适合用于仙女虾物种的分子鉴定。
限制性酶切位点相关DNA测序(restriction-site associated DNA sequencing,RAD-seq)是在二代测序技术上发展起来的简化基因组测序技术,该技术操作简单、实验成本低、并且简化了基因组的复杂度.鱼类是脊椎动物中物种数最多的类群,由于生活环境的不同,造就了丰富的物种多样性,常作为基因组学的研究对象.目前,在鱼类基因组学研究中,RAD-seq技术广泛应用于鱼类的系统发育、物种分化、遗传图谱、群体遗传和适应性进化等方面的研究.研究主要基于RAD-seq技术在鱼类基因组学中的研究进展进行综述,以期为鱼类资源的保护和合理利用提供参考依据.
