本研究对三个国外猪种216个样本(大白猪、长白猪和杜洛克)mt DNA COXⅠ基因构建混合池,利用直接测序技术获得3个猪种COXⅠ基因的序列,进行SNPs筛选及序列分析,并采用MEGA 6.0分析软件基于Kimurk双参数模型应用邻接法构建系统发生树。结果表明,3个猪种mt DNA COXⅠ基因序列共存在16个突变位点,且有3个突变位点为3个猪种共有。长白猪与杜洛克猪的多态性较丰富,含有13个相同位点的突变,核苷酸的转换数(si)和颠换数(sv)的比值(R)分别为12和15,序列替换远未达到饱和。系统进化树和遗传距离分析显示长白猪及杜洛克亲缘关系较近,先聚为一支,再与大白猪、及野猪聚为一支。大白猪与中国东北地区野猪聚为一支,这可能与大白猪在培育过程中亲本遗传背景较复杂有关。本研究在一定程度上为了解大白猪的育成史及合理利用国外猪种提供了理论依据。
本研究对西北地区三个地方猪种471个样本(藏猪、甘肃黑猪和八眉猪)mt DNA COXⅠ基因构建混合池,利用直接测序技术获得3个猪种COXI基因的序列,进行SNPs筛选及序列分析,并采用MEGA 6.0分析软件基于Kimurk双参数模型应用邻接法构建系统发生树。结果表明,3个猪种mt DNA COXI基因序列仅存在5个突变位点,且无相同突变位点,多态性较贫乏。系统进化树和遗传距离分析显示,八眉猪、藏猪、黑猪及野猪聚为一支,再与杜洛克、欧洲伯克希尔猪及大白猪聚为一支,而后与同属为偶蹄目的牛、绵羊聚为一支。西北猪种应有共同的母系祖先,品种内母系遗传多样性较贫乏,外来猪种引入我国后主要是用作父本以提高生产速度和瘦肉率等,对本地猪种未有母系贡献。本研究在一定程度上为我国地方猪品种的有效保护和合理利用提供理论依据。
本研究利用生物信息学方法分析和预测牛SCD1基因的理化特性和编码产物的结构。结果表明牛SCD1基因编码359个氨基酸,平均分子质量为41.71 k Da;组成蛋白为不稳定的水溶性蛋白,三级结构由α-螺旋和无规则卷曲组成,并且牛SCD1基因氨基酸序列和山羊亲缘关系最近。牛SCD1基因的生物信息学分析为进一步研究牛SCD1基因的遗传特性和生理机制奠定了基础。
