林思远
- 作品数：5 被引量：27H指数：3
- 供职机构：广西大学动物科学技术学院更多>>
- 发文基金：广西大学科研基金国家自然科学基金广西大学大学生实验技能和科技创新能力训练基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 一株Nsp2蛋白自然缺失123个氨基酸的PRRSV分离和鉴定被引量：15
- 2015年
- 通过RT-PCR方法检测到一份猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)阳性肺组织病料。将该病料研磨、过滤后感染Marc-145细胞,连续传代都能产生明显的细胞病变。为鉴定细胞病变是否由PRRSV引起,抽提细胞总RNA,通过RT-PCR的方法成功的检测到了PRRSV基因。同时用间接免疫荧光方法证实了感染的细胞内有PRRSV N蛋白的表达。将成功分离的毒株命名为GXYL1403株。对分离株的ORF5基因和Nsp2高变区进行扩增、克隆和遗传进化分析,结果发现该毒株Nsp2高变区与NCBI登录的参考序列VR-2332氨基酸同源性为68.6%,JXA1的同源性为90.8%。通过ORF5遗传进化分析该分毒株为北美型PRRSV,且与高致病性PRRSV分布在同一个小分支上。Nsp2序列对比显示该分离株Nsp2蛋白含有高致病性PRRSV特异的1+29个氨基酸的缺失。特别的是,在缺失29个氨基酸区域的上游,含有连续20个氨基酸缺失,在下游更出现了连续73个氨基酸的缺失。该PRRSV毒株的分离和Nsp2蛋白部分序列的缺失鉴定,为下一步研究Nsp2部分氨基酸缺失对病毒生物学特性影响奠定了基础。
- 韦莹洪绍锋覃艳然黄加滨林思远韦苗苗陈樱黄伟坚韦祖樟
- 关键词：高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒NSP2基因
- PRRSV广西分离株GXYL-1403全基因克隆与序列分析被引量：11
- 2016年
- 对本实验室所分离的1株猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）毒株GXYL-1403进行全基因组克隆和序列分析。参考已发表的扩增全长PRRSV序列的13对特异性引物,用RT-PCR方法对病毒基因组进行分段扩增。将扩增得到的PCR片段克隆到pMD18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定。通过软件对所扩增序列进行拼接,获得GXYL-1403的全长序列,并对GXYL-1403进行比较和遗传进化分析。结果表明GXYL1403株基因序列全长为15 018bp,与国内外多株PRRSV毒株进行同源性比较发现,与VR-2332的相似性为89.1%,与TJ、JXA1、HEB1、HUB1、HUB2、TP株同源性达到了97.9%～98.1%。另外,GXYL-1403分离株nsp2蛋白含有高致病性PRRSV特异的1＋29个氨基酸的缺失。特别重要的是,在缺失29个氨基酸区域的上游,含有连续20个氨基酸缺失,在下游出现了连续74个氨基酸的缺失。遗传进化分析发现美洲型PRRSV主要分为3个亚群,GXYL-1403跟高致病性PRRSV毒株属于同一分支,证实了GXYL-1403株为美洲型PRRSV毒株。
- 林思远洪绍锋黄加滨韦莹陈樱黄伟坚韦祖樟
- 关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传进化分析
- 广西省猪繁殖与呼吸综合征病毒GP2、GP3、GP4蛋白遗传进化分析
- 2015年
- 研究表明,动脉炎病毒GP2、GP3和GP4形成的复合物决定病毒的细胞嗜性,猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）GP2和GP4能与细胞受体CD163进行相互作用。GP3和GP4也是刺激猪体产生中和抗体的病毒蛋白。本研究选用本实验室在2013～2014年分离到的11株PRRSV毒株进行ORF2、ORF3和ORF4基因的克隆和序列测定,并与国内外代表毒株进行比对分析。结果显示,11株PRRSV GP2、GP3、GP4核苷酸序列同源性分别为94.6%～99.6%、95.3%～100%、93.9%～100%;与美洲经典毒株VR-2332 GP2、GP3、GP4氨基酸同源性分别为91.4%～93.0%、85.1%～86.7%、89.4%～91.1%;与HP-PRRSV毒株对应氨基酸的同源性分别为96.1%～99.6%、95.3%～98.8%、95.0%～99.4%。序列比对表明：11株PRRSV GP2、GP3、GP4蛋白氨基酸序列未出现缺失和插入,但出现多处点变异。遗传进化分析表明：11株PRRSV均分布在美洲型分支上,且与HP-PRRSV亲缘关系较近。
- 贺微韦莹黄加滨洪绍锋林思远姚静陈樱黄伟坚韦祖樟
- 关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传进化
- 2015年—2016年度南宁部分地区猪戊型肝炎病毒基因型分析被引量：4
- 2017年
- 为了解广西猪群中戊型肝炎病毒(HEV)基因型,利用套式RT-PCR用对南宁周边猪场采集到的104份新鲜猪粪便进行HEV检测、分离并成功扩增和克隆了11株阳性毒株的ORF2基因部分保守片段。序列测定结果表明,11株HEV ORF2序列自身核苷酸同源性为97.7%~100%,推导编码的氨基酸同源性为97.9%~100%;与4型HEV代表毒株Ch-S-1、Ch-T11、swGX40等的核苷酸同源性为84.6%~90.6%,而与其他各型之间的同源性较低。系统发育进化树结果表明,11株HEV广西株为基因4型,其中,10株HEV为4a亚型,1株毒株为4e亚型。结果表明,广西猪群中流行的HEV均为基因4型,且以4a亚型为优势流行毒株。
- 贺微姚静覃一峰林思远邹柳黄加滨韦莹欧阳康陈樱黄伟坚韦祖樟
- 关键词：戊型肝炎病毒基因型
- 广西PRRSV分离株GXNN1396全基因序列分析
- 2016年
- 前期我们实验室分离鉴定了一株nsP2蛋白缺失49个氨基酸（aa）的猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）GXNN1396株。为了进一步对该毒株全基因组序列特性进行分析,将GXNN1396株病毒在Marc-145细胞上传至第3代,收集细胞上清,抽提该病毒RNA。用RT-PCR检测方法对GXNN1396基因组进行分段扩增、克隆、序列比较和遗传进化分析。结果表明,GXNN1 396全长15 263核苷酸（nt）,不包括5′帽子结构和3′Poly A尾。其中,5′非翻译区（5′UTR）长为189nt,3′UTR长151nt,ORF1a、ORF1b、ORF2、ORF3、ORF4、ORF5、ORF6、ORF7分别为7 422、4 382、771、765、537、603、525nt和372nt。与国内外的PRRSV毒株核苷酸序列的同源性进行了比较显示,GXNN1396与欧洲经典毒株LV和VR2332株的同源性分别为61%和88.8%,与TJ、JXwn06、JXA1在全基因上的同源性高达97.2%~97.3%,说明GXNN1396株是一株典型的美洲型PRRSV毒株。遗传进化分析表明美洲型PRRSV主要分为3个亚群,GXNN1396与高致病性PRRSV毒株属于同一分支。
- 黄加滨韦莹洪绍锋林思远何荣祥陈樱黄伟坚韦祖樟
- 关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因序列分析同源性分析遗传进化分析
