王舒
- 作品数：3 被引量：13H指数：3
- 供职机构：上海交通大学医学院附属瑞金医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 正常核型急性髓细胞白血病中CEBPA基因伴随突变模式分析被引量：5
- 2017年
- 目的:探究CEBPA基因双端突变与单端突变2种突变模式的伴随附加基因突变分布差异,并讨论其与患者预后间的潜在相关性。方法:对152例正常核型初发急性髓细胞白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者中,25个AML驱动基因的热点区域进行二代深度测序,并结合一代测序验证检测突变位点,利用卡方检验或Fisher检验对CEBPA基因双端突变和单端突变所伴随的附加基因突变情况进行统计分析。结果:152例正常核型的初发AML患者中,CEBPA基因双端突变43例(28.29%),CEBPA基因单端突变13例(8.55%)。携带CEBPA基因单端突变患者伴3个以上附加基因突变百分比高于CEBPA基因双端突变(P=0.043)。在携带CEBPA基因双端突变患者中,未发现伴NPM1基因突变,而在13例CEBPA基因单端突变患者中,有6例伴NPM1突变(P<0.001)。附加基因突变分布分析中,CEBPA基因单端突变患者伴更多的DNA甲基化修饰基因突变(DNMT3A、TET2、IDH1、IDH2)(P=0.046);CEBPA基因单端突变伴随更多的叠加高危组基因突变(DNMT3A、FLT3-ITD、TP53)。结论 :CEBPA单端突变比双端突变患者伴随更多的预示不良预后的附加突变,可能与CEBPA基因双端突变及单端突变2种突变模式的预后差异相关。
- 王舒张赟翔眭竫旎鲁静范惠咏王超陈冰
- 关键词：急性髓细胞白血病
- 急性髓细胞白血病的分子分型被引量：3
- 2016年
- 急性髓细胞性白血病(AML)是起源于造血干/祖细胞的恶性克隆性疾病,其发生和发展涉及多种遗传学异常。精准诊断分型是AML临床治疗及预后评估的重要基础。随着对于AML发病机制研究的逐渐深入以及细胞遗传学、分子生物学、高通量测序等技术手段的不断发展,AML的分型及预后评估体系历经了基于细胞形态学、细胞遗传学和分子分型的发展历程。分子分型体系可为AML的精准分型、个体化分层治疗、预后评估以及疗效监测等各方面提供重要参考,为白血病现代化精准诊疗奠定了坚实基础。
- 王舒陈冰
- 关键词：急性髓细胞白血病基因突变分子分型
- 基于基因Panel测序数据的分析方法被引量：5
- 2017年
- 目的·针对基因Panel测序数据整合多种二代测序分析方法,建立一套具备质量控制、基因突变检测的自动化分析及可视化工具。方法·整合Fast QC、Prinseq等方法开发针对基因Panel测序数据的质量控制和可视化R包;BWA或TMAP用于FASTQ文件与参考基因组映射;Lofreq、Varscan2、GATK、TVC等用于基因突变检测得到含有基因突变信息的变异识别格式(VCF)文件;使用Annovar完成基因突变注释。结果·完成36例急性髓系白血病患者PGM平台数据分析,在2例示例样本数据的DNMT3A、TET2、JAK2、PHF6、ASXL1、NPM1和CEBPA基因中找到了10个经过一代测序验证的高可信度基因突变位点。结论·该分析方法整合和开发了一系列用于基因Panel数据分析的工具,能有效完成基因Panel测序数据基因突变检测工作,降低检测假阳性率,并提高检测效率,对基因Panel测序相关数据分析工作提供了有效支持。
- 李剑峰严天奇崔博文孔杰王舒陈冰黄金艳
- 关键词：基因突变检测可视化
