程雪艳 作品数:5 被引量:17 H指数:3 供职机构: 浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室 更多>> 发文基金: 浙江省重大科技专项基金 国家高技术研究发展计划 浙江省科技计划项目 更多>> 相关领域: 生物学 农业科学 更多>>
基于COI基因序列的泥蚶遗传多样性和种群结构分析 2017年 为了研究泥蚶不同地理群体的遗传多样性和它们的系统进化关系,以采自来自7个地理群体的150个泥蚶个体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基I(COI)的部分序列进行PCR扩增和序列比对,分析泥蚶群体的遗传多样性;计算泥蚶不同地理群体间的遗传距离及遗传分化系数,基于泥蚶群体平均遗传距离构建UPGMA聚类树;以毛蚶Anadara sativa为外群,用MEGA6.0软件中的ML法构建了泥蚶单倍型之间的系统进化树以及用Network4.6软件分析了所有单倍型的中介网络图。结果表明,泥蚶线粒体COI的基因片段的PCR产物大小约为509 bp。在目的序列片段中检测到了14个多态性位点,包括6个简约信息位点和8个单变异多态性位点,组成16个单倍型。群体中的核苷酸多态性和单倍型多态性均处于较低的水平,日本、海南、韩国三个群体的遗传变异程度相对较高。7个群体间的遗传距离在0.0002~0.0022之间,种群遗传分化系数(FST)值在-0.01646~0.34422之间。通过构建UPGMA聚类树,发现广西、江苏、山东三个群体聚成一个小支,之后依次和浙江、海南、韩国、日本聚在一起,但总体而言泥蚶的不同地理群体之间并没有形成明显的遗传分化。ML系统进化树和中介网络图表明在16个单倍型中,各单倍型之间未形成与其地理群体空间分布相对应的聚类单元,也不存在明显的进化关系。 程雪艳 柴雪良 肖国强 滕爽爽关键词:泥蚶 COI基因 种群结构 泥蚶(Tegillarca granosa)抗氧化酶基因的克隆与表达分析 泥蚶(Tegillarca granosa)是我国主要的养殖经济贝类之一,具有很高的经济价值。然而,随着工业废水排放量的迅速增加,泥蚶的养殖环境逐渐恶化。再加上累代人工养殖后,造成了泥蚶种质退化,抗逆能力下降,由外界病原... 程雪艳关键词:泥蚶 活性氧 抗氧化酶 基因克隆 基因表达 文献传递 斧文蛤金属硫蛋白基因的克隆与表达分析 被引量:5 2016年 金属硫蛋白(Metallothionein,MT)是一类富含半胱氨酸的小分子蛋白质,参与机体重金属解毒、维持金属元素代谢平衡以及清除自由基等生理功能。为了解斧文蛤金属硫蛋白(Ml-MT)的分子生物学特征及其在重金属Cd^(2+)胁迫下的响应机制,本文采用RACE技术从斧文蛤(Meretrix lamarckii)总RNA反转录产物中获得了636 bp的Ml-MT c DNA基因序列。该序列包含65 bp的5′非编码区(UTR)和340 bp的3′非编码区(UTR)以及231 bp的开放阅读框(ORF),可编码76个氨基酸;其中半胱氨酸占27%,不含芳香族氨基酸,含16个MT所特有的Cys-Xn-Cys结构,预测的分子量约为7.704 k D,理论等电点7.138。MT氨基酸序列比对分析表明:斧文蛤金属硫蛋白(Ml-MT)与丽文蛤(Meretrix lusoria)的相似性高达88%,与文蛤(Meretrix meretrix)的同源性为87%。实时荧光定量(q RT-PCR)检测MT在斧文蛤5种组织中均有表达,但存在组织特异性,其中内脏团表达量最高,其次依次为鳃丝、闭壳肌、外套膜、斧足。在Cd^(2+)(0.13 mg/L)胁迫0、6h、12h、24h、48h、72h和96h下,斧文蛤内脏团MT呈现出不同程度的上调表达,具体表现为"高-低-高-低"的波浪式变化,除6h以外,其他时间点均与对照组存在极显著差异(P<0.01)。本研究表明:MT基因在维护机体正常生理功能及斧文蛤抵御重金属Cd^(2+)胁迫过程中发挥着重要的分子调控作用。 蒋国萍 程雪艳 滕爽爽 柴雪良 林兴管 刘广绪 肖国强关键词:金属硫蛋白 基因克隆 基于微卫星的泥蚶5个地理群体遗传多样性分析 被引量:7 2015年 为了研究泥蚶不同地理群体的系统发育关系和遗传多样性,运用微卫星DNA标记,对浙江温州(ZJ)、山东日照(SD)、韩国釜山(KR)、广西企沙(GX)、海南海口(HN)等5个泥蚶地理群体进行了17个基因位点的遗传多样性分析。结果显示,从17对引物中共检测出115个等位基因,每个位点等位基因数(Na)2~12个。有效等位基因数(Ne)为1.192~7.849,平均观测杂合度(Ho)为0.430~0.516,平均期望杂合度(He)为0.573~0.656,5个群体的平均多态信息含量(PIC)为0.525~0.608。Hardy-Weinberg平衡检验表明,51.2%的微卫星位点偏离平衡状态(P〈0.05)。5个群体间的种群遗传分化系数(FST)为0.012~0.062,呈现出较低的遗传分化。UPMGA聚类分析表明,浙江群体和韩国群体首先聚在一起,亲缘关系最近,然后与海南群体聚合;广西群体和山东群体亲缘关系较近,聚为一支,然后与上面三个群体聚合。 程雪艳 滕爽爽 肖国强 邵艳卿 张炯明 方军 柴雪良关键词:泥蚶 微卫星 地理群体 泥蚶谷胱甘肽过氧化物酶基因的全长克隆与表达分析 被引量:5 2016年 为了探讨谷胱甘肽过氧化物酶(Glutathione peroxidase,GPx)基因在泥蚶应激反应中的作用,研究采用RACE技术克隆了泥蚶GPx基因(TgGPx)c DNA全长,其c DNA全长1195 bp,包含45 bp 5′-UTR,639 bp开放阅读框(ORF)和511 bp 3′-UTR。ORF编码212个氨基酸残基,预测蛋白分子量为24.3 k D,理论等电点为8.33,其中,第53个氨基酸U是由密码子202UGA204编码的硒代半胱氨酸(Se-Cys)。在3′-UTR上存在一段序列,形成一种独特的茎环结构,即SECIS元件。SECIS元件在密码子UGA翻译为Se-Cys的过程中起决定性作用。通过序列比对与系统进化分析,发现软体动物中也存在不同种类的GPx基因,TgGPx与GPx1和GPx2的亲缘关系较近。利用qRT-PCR技术对TgGPx在泥蚶的不同组织以及重金属刺激后的表达量进行分析,结果表明,TgGPx在泥蚶的5个组织中都有表达,但存在组织特异性,在外套膜中的表达量最高,在血细胞中的表达量最低。用重金属铅、铜、镉刺激后,TgGPx在肝胰脏中的表达量显著升高,表明TgGPx在维护机体正常功能方面及泥蚶抵御外界刺激的应激反应中发挥作用。 程雪艳 蒋国萍 柴雪良 滕爽爽关键词:泥蚶 谷胱甘肽过氧化物酶 全长克隆 基因表达