石晨曦 作品数:13 被引量:16 H指数:2 供职机构: 苏州大学附属第一医院 更多>> 发文基金: 苏州市“科教兴卫工程”青年科技项目 更多>> 相关领域: 医药卫生 自动化与计算机技术 更多>>
基于捕获法的靶向测序技术在弥漫大B细胞淋巴瘤IgH基因重排检测中的应用价值 2023年 目的探讨基于捕获法的靶向测序技术在弥漫大B细胞淋巴瘤IgH基因克隆性重排检测中的应用价值。方法收集2020年3月~2022年1月苏州大学附属第一医院送检的DLBCL标本99例,提取患者基因组DNA,使用基于捕获法的靶向测序技术进行IgH基因克隆性重排检测。结果27.3%(27/99)患者检测到IgH基因完全IgHV-IgHD-IgHJ重排,50.5%(50/99)患者检测到IgH基因不完全IgHD-IgHJ重排,IgH基因克隆性重排联合检出率为66.7%(66/99)。27例患者检测到32种IgHV-IgHD-IgHJ重排,50例患者检测到52种IgHD-IgHJ重排,在IgHV-IgHD-IgHJ重排中,IgHV3、IgHD3和IgHJ4家族基因的取用频率最高,在IgHD-IgHJ重排中,IgHD3和IgHJ4家族基因的取用频率最高。3例患者捕获到未知IgH基因融合伴侣,其中2例为MIR4507-IgH融合,1例为IRF8-IgH融合。结论基于捕获法的靶向测序技术不仅可以检测IgH基因克隆性重排具体方式,还能发现IgH基因未知融合伴侣,对DLBCL诊断及个体化治疗策略制定具有重要意义。 李三恩 石晨曦 朱卫东 王玉红 郭凌川关键词:淋巴瘤 弥漫大B细胞淋巴瘤 捕获法 IGH基因重排 子宫平滑肌瘤中TRIP6蛋白及mRNA的表达 2023年 目的探讨甲状腺激素受体相互作用蛋白6(thyroid receptor-interacting protein 6,TRIP6)在子宫平滑肌瘤中的表达及临床靶向药物治疗中的意义。方法采用Western blot法检测子宫平滑肌瘤和瘤旁正常子宫平滑肌组织中TRIP6蛋白表达,应用RT-PCR检测子宫平滑肌瘤和瘤旁正常子宫平滑肌组织中TRIP6 mRNA表达。结果11例子宫平滑肌瘤组织中,有8例(8/11,72.72%)TRIP6蛋白表达低于正常子宫平滑肌组织(P<0.05);有7例(7/11,63.64%)TRIP6 mRNA表达显著低于正常子宫平滑肌组织(P<0.05);其中,有7例(7/11,63.64%)TRIP6蛋白与mRNA表达水平一致降低。结论TRIP6在子宫平滑肌瘤中的表达降低,提示TRIP6表达降低可能与子宫平滑肌瘤的发生、发展相关。 李秀明 石晨曦 陈志 郭霞 郭凌川关键词:子宫平滑肌瘤 RT-PCR 一种Ziehl-Neelsen抗酸染色试剂盒方法的改良 2023年 结核病是由结核分枝杆菌感染引起的传染病,发病率、死亡率高,严重危害人类健康。病理科常用Ziehl-Neelsen抗酸染色试剂盒检测结核杆菌,但镜下观察结核杆菌与背景对比不清、抗酸染色的阳性率较低,笔者摸索出一种新的抗酸染色方法,使相同视野下着色的结核杆菌数量明显增多,抗酸染色阳性率也显著提高,现介绍如下。 李三恩 石晨曦 郭凌川 朱卫东关键词:抗酸染色 结核杆菌 两种脱钙液对骨髓穿刺组织DNA质量的影响比较 2023年 骨髓穿刺组织是病理科常见的标本,随着精准医学的发展和个体化治疗需求的增加,除了进行常规HE染色和免疫组化检测外,还需辅助分子生物学检测。良好的DNA质量是分子生物学检测的前提,脱钙液的选择对DNA质量有重要影响[1],因此进行分子生物学检测前需要评估脱钙后骨髓穿刺组织DNA质量。混合酸脱钙液和EDTA脱钙液是本科室两种常用的骨髓穿刺组织脱钙液,在常规组织学染色方面已经取得良好的效果,但其对DNA质量的影响尚不清楚。本实验通过提取两种脱钙液脱钙骨髓穿刺组织的DNA,从浓度、纯度、片段长度及RT-PCR检测Ct值比较两种脱钙液对DNA质量的影响,取得较好效果,现报道如下。 李三恩 石晨曦 程丽丽 朱卫东关键词:脱钙 混合酸 EDTA DNA Pan-TRK免疫组化在涎腺分泌性癌中敏感性与特异性的临床病理分析 2023年 目的探讨Pan-TRK免疫组化在涎腺分泌性癌(secretory carcinoma of salivary glands,SCSG)诊断及鉴别诊断中的价值。方法收集14例SCSG临床资料,采用免疫组化、FISH对SCSG进行检测。另选取经典的腺泡细胞癌、黏液表皮样癌、腺样囊性癌各10例作为对照。结果14例SCSG患者男女比为4∶3,年龄15~79岁,10例发生于腮腺,2例发生于颊部,1例发生于腭部,1例发生于颈部;11例生存状态良好,1例复发生存,2例失访。14例SCSG,多呈浸润性生长,呈微囊状、乳头-囊状、管状、实性排列或几者混合,腔内伴丰富分泌物,1例见神经侵犯,1例伴淋巴结转移。免疫表型:14例SCSG中CK7、S-100、Mammaglobin均阳性,11例SOX-10阳性,10例GATA-3阳性,14例DOG1均阴性,Ki-67增殖指数为1%~15%。FISH检测:12例SCSG成功检测到FISH信号,10例发现ETV6-NTRK3基因融合阳性。14例SCSG均行Pan-TRK免疫组化检测,10例细胞核阳性,1例细胞质阳性。10例腺泡细胞癌、10例黏液表皮样癌、10例腺样囊性癌中分别有2、4、7例Pan-TRK阳性,定位于细胞膜/细胞质。结论Pan-TRK免疫组化阳性可提示伴ETV6-NTRK3融合的SCSG,尤其以细胞核着色模式为阳性标准时,在SCSG诊断及鉴别诊断中表现为较高的敏感性和高度特异性,并对未来TRK基因靶向治疗提供依据。 倪皓 郭霞 石晨曦 顾冬梅 庞培 詹升华 黄仁鹏 黄山 刘蔚 郭凌川关键词:涎腺肿瘤 FISH 超声组织快速处理技术对小活检组织二代测序质控参数的影响 被引量:3 2023年 目的探讨超声组织快速处理技术对小活检组织二代测序(next-generation sequencing,NGS)相关质控参数的影响。方法收集苏州大学附属第一医院2019年9月~2022年6月采用超声快速系统处理的26例小活检标本,其中肺癌8例,淋巴瘤15例,肠癌3例;另收集82例采用传统常规组织处理程序处理的小活检标本作为对照,其中肺癌11例,淋巴瘤68例,肠癌3例。HE切片肿瘤组织占比评估合格后提取DNA进行NGS检测,分析两者病理质控、抽提质控、建库质控、上机质控及数据分析质控等的一致性。结果与传统常规组织处理程序相比,使用超声快速处理技术处理的小活检标本DNA片段降解程度相对较高,预文库总量、平均测序深度、文库多样性、插入片段长度、覆盖均一性、序列回贴比率、碱基质量Q30占比等质控参数结果相近。结论超声组织快速处理技术能够高效地缩短组织处理时间,可应用于小活检组织NGS检测的前期处理。 石晨曦 李秀明 陈志 黄山 朱卫东 郭凌川新型超声快速处理活检标本保存不同年限对DNA质量的影响 2025年 背景:新型超声组织处理技术越来越多地被用来进行分子生物学分析,研究新型超声处理不同存储年限组织DNA的质量,对进一步分子检测的标本质控具有重要意义。目的:探讨新型超声处理活检标本存储不同年限对DNA质量的影响,以期为分子检测探索最佳的标本存储时间。方法:收集40例乳腺穿刺小活检组织,采用超声技术制作石蜡标本,按照存储年限分为4组:<1年组、1-3年组、>3-5年组及>5年组,每组10例,对石蜡标本进行切片,每张切片厚3μm,切片10-15张,提取DNA后通过Nanophotometer N60超微量分光光度计和Qubit 4.0荧光计检测DNA的质量浓度,记录A_(260)/A_(280)比值判定DNA的纯度,利用全自动毛细管电泳核酸分析仪(Qsep 100)检测DNA片段完整性,以评估DNA片段的质量。结果与结论:4组样本A_(260)/A_(280)均值在1.8-2.0之间,达到纯度要求,无明显差异。4组样本的DNA质量浓度(Qubit浓度)均值分别为30.39,14.33,2.52,1.95 ng/μL;DNA的平均N/Q比值分别为6.48,14.18,24.56,29.86;DNA质量数均值分别为5.64,1.76,1.24,0.80;大片段占比均值分别为56.08%,17.72%,12.68%,7.90%。PCR检测内控基因Ct均值分别为15.32,17.09,18.39,21.24。与<1年组相比,其余3组DNA浓度显著降低,N/Q比值显著增加,DNA质量数和大片段占比均值显著降低,Ct值升高,差异有显著性意义(P<0.05)。实验结果表明,对于新型超声处理活检标本,应优先选择存储<1年的样本进行日常分子检测,储存3年内的样本可满足二代测序等检测要求,5年内样本仅可尝试进行PCR等检测,存储超过5年的样本不建议进行后续分子检测。 石晨曦 朱卫东 李三恩 李秀明 师逢 丁亚云关键词:超声处理 病理切片蜡屑收集装置 本实用新型公开了病理切片蜡屑收集装置,包括病理切片机本体,病理切片机本体的一侧固定连接有收集斗,收集斗的底部固定连接有底箱,底箱的内部通过转轴转动连接有转动板,转动板的底部对称固定连接有两个固定箱,固定箱的底部开设有安装... 石晨曦 李三恩 倪皓209例非小细胞肺癌患者中表皮生长因子受体突变的分布趋势 被引量:2 2016年 目的 检测非小细胞肺癌(NSCLC)患者表皮生长因子受体(EGFR)的突变情况,初步探讨EGFR突变的分布趋势及其与临床病理特征的关系.方法 收集209例NSCLC患者肿瘤组织标本(手术切除组织,肺活检组织),提取DNA,采用ARMS法对EGFR基因的第18、19、20及21号外显子突变情况进行检测,并分析EGFR突变与标本组织类型、患者性别、年龄、病理分级、病理类型等的关系.结果 209例NSCLC患者肺癌组织中,108例(51.67%)存在EGFR的突变.其中,3例(2.78%)18号外显子上发生点突变,51例(47.22%)19号外显子上发生缺失突变,6例(5.56%)20号外显子上发生插入突变和点突变,48例(44.44%)21号外显子上发生点突变.此外,肺手术标本,活检标本中EGFR基因突变率分别为57.34%(82/143),39.39%(26/66)(P=0.016).女性患者EGFR基因突变率73.81%(62/84)高于男性患者36.80%(46/125)(P〈0.01).年龄〈65岁的患者EGFR突变率为54.46%(55/101),而年龄≥65岁的患者EGFR突变率为49.07%(53/108)(P〉0.05).病理分级为高分化及中-低分化的患者EGFR突变率分别为50.00%(1/2)及51.69%(107/207)(P〉0.05).腺癌患者EGFR基因突变率54.74%(104/190)明显高于鳞癌患者21.05%(4/19)(P〈0.01).结论 NSCLC患者EGFR突变率51.67%,EGFR突变多集中在19和21号外显子.EGFR基因突变率以女性及腺癌患者较高.EGFR基因突变与标本的组织类型有关,与患者年龄及病理分级无显著关系. 石晨曦 郭凌川 朱卫东关键词:非小细胞肺癌 表皮生长因子受体 临床病理特征 晚期非小细胞肺癌中c-MET、ALK、ROS1基因突变的相关性及临床意义 被引量:11 2017年 目的探讨晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中发生c-MET扩增、ALK和ROS1基因重排的阳性率、基因变异,及其与临床病理特征的相关性。方法采用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)检测91例晚期NSCLC中c-MET、ALK、ROS1基因,分析发生c-MET扩增、ALK/ROS1基因重排的阳性率及其相互间发生变异的相关性。结果 NSCLC患者c-MET基因的阳性率为8.79%(8/91),女性c-MET扩增率显著高于男性(19.4%vs 1.82%,P=0.006);≥60岁患者c-MET扩增阳性率高于<60岁(8.89%vs 7.5%);Ⅲ期患者阳性率高于Ⅳ期患者(9.62%vs 7.69%);腺癌患者c-MET扩增阳性率为9.2%,鳞癌患者中未发现c-MET扩增。NSCLC中ALK和ROS1融合的阳性率分别为10%和13.3%,且发现1例患者同时存在c-MET扩增和ROS1基因重排。结论 NSCLC中c-MET基因扩增阳性率与患者性别相关,女性患者发生率明显高于男性,而与患者年龄、病理类型和临床分期相关性不明显。c-MET基因扩增与ALK/ROS1基因重排的发生几乎无共存,但并非完全排斥;该实验首次发现1例患者同时存在c-MET扩增和ROS1基因重排。 朱卫东 石晨曦 李三恩 郭凌川关键词:肺肿瘤 非小细胞肺癌 病理特征