丁国徽
- 作品数：11 被引量：24H指数：2
- 供职机构：上海生物信息技术研究中心更多>>
- 发文基金：浙江省科技计划项目国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- R的那些事儿
- 本文对R的历史，体系结构，以及当前中国现状进行一个简要的概述。
- 丁国徽李虹
- 关键词：R语言
- 哺乳动物锌指蛋白家族中KRAB功能域的进化
- 2009年
- KRAB锌指基因是哺乳动物中最大的转录调控因子家族,它的多数成员在基因组上成簇分布,具有五种不同的亚家族,在功能行使上承担着不同的作用。本文通过对人类、黑猩猩、小鼠、大鼠和狗五种哺乳动物全蛋白质组序列及mRNA组织表达谱分析,验证了C2H2锌指结构在单个KRAB蛋白质中出现的数目多于一般锌指蛋白质;KRAB功能域在各物种中分布显著不同且与分化时间不成正比,这表明KRAB相关功能域多样性在灵长类进化过程中潜在的适应性进化。同时,提出KRAB亚家族进化的路线:即KRAB-Aa为起始家族,Ba由Aa直接演变形成,而Ca,blonga和XRCC三种亚型可能经过Ba或直接从Aa演变形成;此外,锌指结构在单个蛋白质中出现个数伴随KRAB功能域自身的进化路线逐渐递增,反映了KRAB功能域在形成新转录调控因子方面的积极作用。
- 袁力赟赵中明丁国徽
- 关键词：锌指基因亚家族进化
- 蛋白质功能特征的生物信息学系统研究
- 李亦学谢鹭赵国屏李虹丁国徽
- 该项目属于计算生物学研究领域。生命运动的实质就是生物信息从染色体DNA流向蛋白质，最终表现为有效的特定生物学功能，包含蛋白质三个水平上的高度动态协同：翻译后修饰，表达量（定量），以及相互作用。蛋白质是最接近生物表型的遗传...
- 关键词：
- 关键词：蛋白质
- 基于miRNA及临床指标的川崎病早期诊断评分体系研究被引量：1
- 2021年
- 目的探讨小儿川崎病(KD)鉴别诊断模型的分子指标,结合实验室指标为临床早期诊断提供参考。方法研究为回顾性病例分析,搜集2018年2月至11月70例确诊为KD的患儿为观察组,同期选择72例因其他原因发热时间≥3 d的患儿为对照组。两组均采用高通量测序筛查差异表达的miRNA,并对其进行实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)验证。比较两组间差异表达miRNA和年龄、发热天数、红细胞沉降率(ESR)、白细胞计数(WBC)、白蛋白(ALB)、C-反应蛋白(CRP)、D-二聚体(DD)情况,通过Logistic回归分析建立数学模型并评价其效能。采用向后逐步回归分析的方法,将单因素分析中显著的因变量纳入Logistic回归分析中进行优化,保留相对重要的变量,构建早期诊断模型。结果ESR、WBC、ALB、miR-15a-5p以及miR-941通过显著性检验。通过回归方程计算患者模型得分,绘制受试者工作特征(ROC)曲线,曲线下面积(AUC)为0.975(95%CI:0.953~0.998)。选取约登指数最高得分0.417作为截断点,敏感度和特异度分别为93.5%和92.4%。结论miRNA结合常规实验室检测指标建立的KD鉴别诊断模型诊断效能较高,具有进一步大规模、多中心研究验证的临床价值。
- 宁倩倩陈丽琴宋思瑞刘佳李光贾佳丁国徽黄敏
- 关键词：黏膜皮肤淋巴结综合征微RNAS分子诊断技术
- 一种检测外显子组单核苷酸覆盖率的方法
- 本发明公开了用于无偏的评估全基因组SNP芯片外显子组及基因覆盖率分析的方法和系统并可评估DNA片段的SNP覆盖率状况，在保持和现有评估方法优点的同时，可以减少现有方法的假阳性率和准确度。其技术方案为：方法包括：依据群体遗...
- 钟庭艳董潇李碧清丁国徽李亦学
- 文献传递
- 283例胎儿血型基因型鉴定结果分析被引量：1
- 2017年
- 有关胎儿血型尽早鉴定在临床应用上有一定的迫切性，早期确定能够预测母婴血型不合以及与ABO／RH血型基因型连锁的遗传疾病，治疗因血型不合引起的胎儿溶血性贫血的输血等。随着胎儿游离DNA提取技术的不断进步，检测技术的不断发展，该技术在临床的应用变得越来越可行。本研究对283例孕妇O型配偶非O型的特定人群进行胎儿血型产前诊断，现将研究结果报告如下。
- 方强丁国徽沈国松
- 关键词：胎儿血型母婴血型不合溶血性贫血遗传疾病
- 检测人乳头瘤病毒的检测试剂盒及其制备和使用
- 本发明公开了一种用于检测人乳头瘤病毒的检测试剂盒，包括人乳头瘤病毒测序引物溶液。本发明还公开了上述用于检测高危型人乳头瘤病毒的试剂盒的制备方法和使用方法。本发明的试剂盒可以确定待测样本中是否包含HPV病毒，以及具体病毒亚...
- 韦朝春蔡锴晔刘雷高军晖李亦学丁国徽李轩
- 猪链球菌全基因组序列比较分析被引量：8
- 2006年
- 1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和分析.猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007Mb,共有1969个可读框(ORF),而部分测序的猪链球菌89-1591序列包含在177个连接群(contig)中,长为1.98Mb,含有1918个ORF.两菌株基因组比较结果表明,其平均编码区(CDS)的长度非常接近.在所有ORF中,同源ORF数为1306个.两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性.但也存在例外,如在P1/7中存在于一个基因岛内,编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中,4个基因cps2A,2B,2I,2J未在89-159菌株中发现.同时,P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现.另外,两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异,并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异.这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位,暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异.以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.
- 魏武丁国徽王晓婧孙景春屠康郝沛王川曹志伟石铁流李亦学
- 血红蛋白毛细管电泳筛查α地中海贫血的研究被引量：14
- 2015年
- 目的 探讨应用血红蛋白毛细管电泳技术对α地中海贫血筛查方案.方法 采用荧光PCR熔解曲线技术对1000例早孕妇女进行α地中海贫血基因诊断,将α地贫基因携带者和正常孕妇分为地贫组和正常组,比较两组孕妇的血红蛋白成分差异.结果 地贫组HbA2均值为1.96,标准差为0.386,HbF均值为0.01,标准差为0.098;正常组HbA2均值为2.79,标准差为0.418,HbF均值为0.01,标准差为0.105.两组间HbA2值的差异有统计学意义（P＜0.05）,HbF值无提示作用.如果取HbA2值＜2.2为α地中海贫血筛查截断值,则α地贫基因携带检出率为9/16,假阴性率为7/16;如果取HbA2值＜2.4为a地中海贫血筛查截断值,则α地贫基因携带检出率为10/16,假阴性率为6/16.结论 血红蛋白毛细管电泳方法对α地中海贫血的筛查效率不及β地中海贫血,但选择一个合理的截断值再组合其他指标仍是临床可接受的筛查方案.
- 何平亚张鑫丽丁忠英丁国徽沈国松
- 关键词：电泳Α地中海贫血Β地中海贫血基因
- 宏观进化和基因关系网络视角下的基因组进化
- 生物的进化可以从微观进化和宏观进化两个层次上考虑，并且这两个层次会相互影响。在微观层次上，可以发现这种相互作用的印迹。反之，通过宏观进化和系统层次的视角，可以更加深刻地认识微观层次现象，如基因组的功能等。本论文进行了这方...
- 丁国徽
- 关键词：宏观进化跨膜蛋白基因组物种起源
- 文献传递
