陈晨
- 作品数：22 被引量：216H指数：7
- 供职机构：首都医科大学卫生管理与教育学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技重大专项艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术文化科学生物学更多>>
- 老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离株多位点可变数目串联重复序列基因分型特征分析被引量：5
- 2016年
- 目的探讨老年住院患者肺炎克雷伯菌分离株多位点可变数目串联重复序列分析的基因分型特点。方法收集解放军总医院南楼临床部老年住院患者肺炎克雷伯菌临床分离菌株184株,提取基因组DNA,采用多重PCR和毛细管电泳对7个位点进行分析,利用Bio Numerics 5.1软件进行聚类分析。结果 184株肺炎克雷伯菌临床分离株共产生139种基因型,呈现明显的基因多态性;聚类分析结果显示,全部菌株可分为3个基因群,其中Ⅰ群包含93.06%的菌株。结论本医疗中心老年住院患者的肺炎克雷伯菌临床分离株具有明显的优势菌群,其感染来源仍以院内感染为主。
- 张媛媛徐雅萍杜鹏程强裕俊张雯陈晨于季红郭军
- 关键词：老年住院患者肺炎克雷伯菌
- 病原菌基因组岛的预测及相关基因的功能研究
- 2013年
- 目的通过对病原菌基因组进行预测和对相关基因功能进行研究,探讨病原菌基因组岛对其基因组结构及功能的影响。方法通过生物信息学方法,根据GC含量异常预测基因组岛,对相关基因进行COG功能注释,对基因组岛的分布特点和相关基因功能进行分析。结果在276株病原菌基因组上预测得到了2945个基因组岛,相关基因9219个,以"细胞壁、细胞膜、包膜的生成"、"复制、重组和修复"、"预测的功能蛋白"及"转录"功能最多。结论病原菌基因组岛与水平基因转移密切相关,是病原菌获得新功能特性的重要来源,通过对基因组岛及其相关基因的功能特点进行深入研究,能够极大推动细菌致病性、耐药性的机制研究,对疾病的治疗和预防控制具有重要意义。
- 陈晨杜鹏程王海印张雯张媛媛
- 关键词：病原菌
- 微生物在线生物信息分析系统的开发及应用被引量：3
- 2012年
- 目的基于浏览器/服务器模式构建微生物在线生物信息分析系统,应用于传染病预防控制工作。方法将目前在传染病病原微生物研究和传染病分子诊断、溯源中常用的基于客户端/服务器模式的一些开源的或免费提供使用的分析软件,采用远程桌面、分布式处理等"云计算"技术方案,构建成不需要在本地安装,以浏览器/服务器模式直接通过浏览器以点鼠标的方式使用的微生物在线生物信息分析系统。结果构建了包含引物设计、序列比对和进化树构建、数据统计、图形展示四类共15种常用生物信息分析功能的微生物在线生物信息分析系统,实现了通过浏览器进行病原微生物序列数据在线分析及疫情溯源。结论通过构建基于浏览器/服务器模式的微生物在线生物信息分析系统,可为疾病预防控制工作者提供方便快捷的生物信息分析服务,加快病原微生物序列数据的深度挖掘和疫情溯源,提高应对突发疫情的反应速度。
- 于伟文杜鹏程陈超陈晨吴一雷张雯
- 关键词：传染病预防控制
- 利用系统进化树对H7N9大数据预测传播模型的评估被引量：7
- 2014年
- 活禽贸易和H7N9禽流感病毒传播之间存在关联,应用大数据技术分析活禽交易网络数据,可进行疫情溯源并预测未来传播趋势。从流感研究数据库中获取了截止至2013年分离得到的H7N9毒株的血凝素基因核酸序列,构建系统进化树推断2013年上半年疫情中H7N9在各省及城市间的传播情况,并与大数据推断结果进行对比分析。结果表明,系统进化树推断结果更为准确,但大数据分析能够提供更多地区的信息且具有更好的时效性,同时推断的传播模型准确度较高,在H7N9疫情的应对中具有较高的应用价值。
- 杜鹏程于伟文陈禹保闫鹏程安云鹤陈晨
- 关键词：系统进化树大数据
- 肠杆菌科菌株基因组水平上的遗传差异(ANI)及其在菌种鉴定上的应用
- 2013年
- 本研究探讨了高通量测序方法在肠杆菌科菌种鉴定中直接应用的可能性,第一次提出并验证了基因组平均遗传相似度(ANI)指标在肠杆菌科鉴定中的有效性,为该技术的进一步发展提供了数据积累。
- 张雯杜鹏程王海印于伟文张媛媛陈晨
- 关键词：肠杆菌基因组菌种鉴定
- 我国鼠疫耶尔森菌单核苷酸多态性特征研究被引量：1
- 2012年
- 目的了解我国不同鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌的单核苷酸多态性（SNP）特征。方法利用Mummer程序对已知全基因组序列的9株鼠疫菌进行全基因组比对，选择其中的13个基因片段（19个SNP位点）在国内133株鼠疫菌中进行PCR扩增、测序，并对序列进行UPGMA聚类分析。结果全基因组比对共筛查出3780处序列差异位点。通过对不同SNP位点组合的聚类分析发现我国鼠疫菌具有明显的地理区域性和生态型聚集性特征。结论SNP作为一种比较稳定的遗传标记，可以较好地反映我国不同鼠疫自然疫源地耶尔森鼠疫菌的基因组特征。
- 王娜申小娜俞东征夏连续魏建春蔡虹徐冬蕾陈晨崔志刚梁莹徐大琴雒涛海荣
- 关键词：聚类分析
- 关于建立北京市农村社区卫生服务效果、效益评价指标体系的研究被引量：19
- 2005年
- 目的建立一套适宜北京市的农村社区卫生服务效果、效益评价指标体系。方法改进的特尔菲穴Delphi雪法。结果经两轮专家函询共确定评价指标109项,其中一级指标5项,二级指标34项,三级指标99项。两轮专家权威程度较高,分别为0.7509和0.7319。协调系数分别为0.176和0.195。结合专家权威系数,从重要性和可操作性两方面综合专家评分结果,确定指标最终组合权重,其中投入、服务内容、服务满意度、服务费用和效果效益五项一级指标的权重分别是0.2118、0.1813、0.2145、0.1889和0.2035。结论本指标体系的建立考虑了北京市农村社区卫生服务发展水平,是全方位的评价指标体系,适用于农村地区社区卫生服务中心或社区卫生服务站的评价。
- 李军陈晨彭迎春秦天刚邹声金张宝敬李占义常文虎梁万年
- 关键词：社区卫生服务指标体系
- 鼠疫菌基因组“默认编码序列”数据库的建立与初步研究被引量：3
- 2010年
- 目的对8株鼠疫耶尔森菌全基因组间编码序列进行比对,寻找鼠疫菌中最普遍存在的编码序列,建立"默认编码序列"数据库。方法应用Blast软件、Perl编程及Excel软件等,对8株已测序全基因组编码序列进行比对和统计。结果建立了"默认编码序列"数据库,共有4271个编码序列。其中8株鼠疫菌核苷酸(氨基酸)完全一致的编码序列为1176个;对应的编码序列只存在1种"默认编码序列"的是2465个;存在2种"默认编码序列"的是630个。结论 "默认编码序列"数据库是鼠疫菌中最普遍存在的编码序列集合,为进一步深入研究鼠疫菌的遗传特征提供了可靠信息。
- 张恩民王琪申小娜陈晨俞东征海荣
- 关键词：鼠疫耶尔森菌
- 454 GS Junior测序平台用于细菌基因组de novo测序的评价
- 2013年
- 目的评价454 GS Junior测序平台在细菌基因组测序中的应用价值。方法利用454 GS Junior测序平台测定1株霍乱弧菌的基因组序列,组装注释后,与参考序列霍乱弧菌O1埃尔托生物型菌株N16961基因组序列进行比对。结果共获得37Mbp数据,平均读长为322bp。数据组装后,得到170个序列重叠群,总长为3.96Mbp。与参考序列相比,测定序列对于参考序列的覆盖度达到99.49%,参考序列96.76%的基因被完整测出同源基因。结论 454 GS Junior测序平台可以用于细菌基因组的快速测定。
- 陈晨张媛媛王海印
- 关键词：GS
- 卡介苗各亚株间Rv1985c和Rv1986基因缺失的研究被引量：2
- 2013年
- 目的明确卡介苗群体内在Rv1985c和Rv1986两个位点上的遗传差异。方法基于结核分枝杆菌设计引物,针对21株卡介苗标准株和临床株进行Rv1985c和Rv1986两个位点的PCR鉴定,鉴定基因的缺失情况。结果 21株卡介苗中10株缺失Rv1985c基因,11株缺失Rv1986基因。结论卡介苗中部分菌株中两个基因位点的缺失,为今后的疫苗改造提供了备选位点,同时本研究中所建立的PCR方法也可以在临床上用于部分卡介苗菌株与结核分枝杆菌的快速鉴别。
- 张雯张媛媛陈晨
- 关键词：结核卡介苗
