目的勘探湖北利川喀斯特洞穴放线菌多样性并进行抗菌活性筛选,以期发现新的药用微生物资源,为新抗生素发现奠定基础。方法采用10种分离培养基,从来自3个洞穴内的38份样品中分离放线菌;通过基于16S r RNA基因序列的系统发育学分析,开展放线菌多样性研究;对67株放线菌发酵液乙酸乙酯萃取浓缩物和菌丝体丙酮浸提浓缩物进行抗菌活性筛选;阳性菌株进行次级代谢产物生物合成基因PKSⅠ、PKSⅡ和NRPS的初步筛选。结果从38份样品中共分离得到197株放线菌,它们分布于6个目13个科24个属,其中链霉菌为优势菌属,菌株T3-7-1为微杆菌科的一个潜在新分类单元;发酵67株放线菌,均在至少一个抗菌活性检测中显示为阳性;67株阳性菌株中有63株基于PKSⅠ、PKSⅡ或NRPS基因的引物PCR扩增出相应的目的条带,表明这些放线菌可能含有相应的PKSⅠ、PKSⅡ或NRPS基因。结论湖北利川喀斯特洞穴中蕴藏着丰富的放线菌资源,具有从中发现放线菌新物种及新抗生素的潜力,值得进一步研究。
目的勘探河南神仙洞放线菌多样性,以期发现药用微生物资源,为新抗生素发现奠定基础。方法采用10种分离培养基,以稀释涂布法分离放线菌;采用16S r RNA基因序列比对分析开展初步鉴别;经液体发酵,发酵液乙酸乙酯萃取,菌丝体丙酮浸提,获得提取浓缩物样品,采用纸片扩散法对样品进行抗菌活性筛选,活性菌株进行次级代谢产物生物合成基因NRPS,PKS I和PKS II的筛选。结果从6份土壤样品中共纯化到179株放线菌;经16S r RNA基因序列比对分析,它们分布于11个科18个属,其中链霉菌属为优势菌属;菌株S6R2A4-9的16S r RNA基因序列与最近有效菌株Flindersiella endophytica EUM 378T的相似率为93.58%,为潜在新属;发酵74株放线菌,其中52株在至少一个抗菌活性筛选中为阳性,总阳性率为70.27%。52株有活性的放线菌中,48株菌存在至少一个次级代谢产物生物合成基因簇,阳性率为92.3%,其中17株同时具有3种生物合成基因簇。结论河南新密神仙洞土壤中存在较为丰富的药用放线菌资源,具有从中发现放线菌新物种及新抗生素的潜力。
【目的】勘探海南东寨港真红树植物内生放线菌多样性,为发现放线菌新物种和新抗生素奠定基础。【方法】样品经表面消毒后粉碎,用10种不同培养基分离放线菌;通过PCR扩增、测定并比对16S r RNA基因序列,开展放线菌多样性分析;通过发酵、萃取等处理方法得到四类样品,包括发酵原液、乙酸乙酯提取液及水层和菌体的丙酮浸泡提取液;采用纸片扩散法对样品进行抗菌活性筛选;基于PCR的基因筛选技术探测活性菌株可能存在的NRPS、PKS I、PKS II抗生素生物合成基因。【结果】经形态特征排重,从14种真红树植物样品中共得到放线菌146株,16S r RNA基因序列比对表明它们分布于13个科18个属,其中链霉菌属为优势菌属,菌株S3Cf-2和S3Af-1的16S r RNA基因序列分别与有效发表菌株Couchioplanes caeruleus DSM44103T(X93202)和Microlunatus terrae BS6T(JF806519)的相似率最高,分别为97.45%和97.43%,可能为新物种。对其中46株放线菌发酵样品的抗菌活性检测表明,40株具有抗菌活性,总阳性率为86.96%;活性菌株中,38株菌存在至少一种所探测的生物合成基因簇,阳性率为95%,其中14株同时具有所探测的3种抗生素生物合成基因簇。【结论】海南东寨港真红树植物中存在多样性丰富的药用放线菌资源,具有从中发现放线菌新物种及新抗生素的潜力。
