搜索到155篇“ RIBOSWITCH“的相关文章
一个用于黄单胞菌核开关筛选鉴定的GUS报告载体的构建
2024年
核开关(riboswitch)是存在于信使RNA(messenger RNA,mRNA)分子的5′非翻译区(5′-untranslated region,5′UTR)的一段具有调控功能的RNA片段,它通过与特定的代谢物分子直接结合来调控所在mRNA自身的表达。核开关广泛存在于细菌中,在调控细菌的基础代谢以及致病等生理过程中发挥非常重要的作用。尽管目前在大肠杆菌(Escherichia coli)等模式细菌中已经鉴定了许多核开关,然而,至今在重要的植物病原细菌黄单胞菌属(Xanthomonas)细菌中只鉴定了1个核开关。为了实现在全基因组水平上对黄单胞菌的核开关进行高通量筛选鉴定,本研究设计和构建了1个β-葡萄糖苷酸酶(β-glucuronidase,GUS)报告载体pL3-SD^(+)gusA。该载体既适用于在黄单胞菌属细菌中对候选的核开关进行验证,也可以通过构建基因组DNA表达文库而实现对黄单胞菌核开关的高通量筛选鉴定。
张云帆王家孟詹紫璐陈泳伶杨汇瀛唐东阶
关键词:黄单胞菌
人工核糖开关在食品快速检测技术中的应用研究进展
2024年
食品安全一直是社会关注的热点问题,现代食品安全快速检测技术种类繁多,全细胞生物传感技术检测是现场检测食品中污染物的一种新途径,已受到广泛关注。全细胞传感技术是利用细胞内的转录因子或核糖开关作为感应元件捕获目标物,并将目标物浓度信号转换为特定基因的表达强度,进而通过荧光强度或颜色变化实现对目标物检测的技术。核糖开关生物传感器理论上检测速度更快、特异性更强,因此构建人工核糖开关全细胞生物传感器,有利于开发出更理想的食品污染物快速检测技术。核糖开关由适配体和表达平台两部分构成,适配体结构域与其配体结合造成核糖开关二级结构的变化,从而控制基因的表达,实现对目标物的检测。本文对核糖开关的结构、调节机制、筛选以及在食品中的应用进行了介绍,并从适配体亲和力、开发新核糖开关和丰富报告元件3个方面对人工核糖开关生物传感器提出了展望。以期为核糖开关生物传感器在食品污染物中的应用提供理论依据。
夏诗琦陈诗静苏宏菲郭明璋
关键词:核糖开关适配体食品安全快速检测
A DnaA-dependent riboswitch for transcription attenuation of the his operon
2023年
Transcription attenuation in response to the availability of a specific amino acid is believed to be controlled by alternative configurations of RNA secondary structures that lead to the arrest of translation or the release of the arrested ribosome from the leader mRNA molecule.In this study,we first report a possible example of the DnaA‐dependent riboswitch for transcription attenuation in Escherichia coli.We show that(i)DnaA regulates the transcription of the structural genes but not that of the leader hisL gene;(ii)DnaA might bind to rDnaA boxes present in the HisL‐SL RNA,and subsequently attenuate the transcription of the operon;(iii)the HisL‐SL RNA and rDnaA boxes are phylogenetically conserved and evolutionarily important;and(iv)the translating ribosome is required for deattenuation of the his operon,whereas tRNA^(His) strengthens attenuation.This mechanism seems to be phylogenetically conserved in Gram‐negative bacteria and evolutionarily important.
Yuan YaoHongwei SunWurihanGegehengGeziKirsten SkarstadLifei FanMorigen
关键词:RIBOSWITCH
卡那霉素人工核糖开关构建和验证被引量:1
2023年
适体酶是一种常用的人工核糖开关,被广泛用于基因表达调控,目前报道最多且更加成熟的仍是抑制类型(OFF)的适体酶,激活类型(ON)的适体酶报道较少且效率不高,为获得更多激活类型的适体酶,设计并验证可响应卡那霉素调节的激活型适体酶.通过理性设计适体酶linker部分,使用适体酶控制表达卡那霉素抗性基因和荧光蛋白,在大肠杆菌中进行验证及评估.设计了7个不同linker的适体酶结构,在通过大肠杆菌平台进行验证时,其中4个无法在卡那霉素抗性平板上正常生长,3个结构能够正常生长,引入荧光蛋白评估这3个结构发现,这3个结构都能够响应卡那霉素的调节,其调控效率分别为1.93倍、2.99倍和1.43倍.本研究成功实现了在大肠杆菌中对抗生素类型适体酶的验证和评估,并且通过这一策略获得了3个激活类型,响应卡那霉素调节的适体酶结构.
陈梅依雍溶唐卓
关键词:卡那霉素大肠杆菌
小分子靶标的核糖开关生物传感器研究进展被引量:2
2022年
小分子化合物种类繁多,在众多生化过程中发挥关键作用,具有重要的检测意义与价值,其快速灵敏可视化检测技术的开发是当前的研究热点。基于核糖开关的生物传感器因具有识别特性高、操作简便、成本低等优势,为小分子检测提供了一条新途径。对核糖开关的来源、构成、调控机制、体内外筛选,特别是对基于小分子靶标的核糖开关生物传感器分类进行了介绍,并从核糖开关的筛选、裁剪、理性设计、核糖开关无细胞传感器的应用等几个方向提出了展望,以期为小分子靶标的核糖开关生物传感器的发展和应用提供理论依据。
吴一凡林晟豪许文涛
关键词:核糖开关生物传感器基因表达调控
氟离子核糖开关调控行为的动力学研究
2020年
核糖开关位于RNA(ribonucleic acid)的非编码区,参与调控很多重要的生物过程。本文利用已发展的RNA转录折叠预测方法,研究了位于Thermotoga petrophila中的氟离子核糖开关。计算结果表明,该核糖开关在转录过程中先折叠成一个包含假结并可以特异性结合配体的适体域结构。当氟离子浓度较低时,随着RNA序列的延长,转录终止子开始成核、延长,最终完全形成,引起转录提前终止;当氟离子浓度较高时,配体和适体域结构结合形成一个稳定的复合体结构,阻止了转录终止子的形成,从而使得下游基因可以正常表达。该核糖开关受转录速度和配体浓度的联合控制,体现出动力学调控特性。
龚沙杜承意李丹
关键词:基因调控折叠动力学
Folding Behaviors of Purine Riboswitch Aptamers
2018年
Most riboswitches are characterized by two components, an aptamer domain that folds into a unique ligand binding pocket to interact with the ligand, and an expression platform that converts folding changes in the aptamer into changes in gene expression. Using the recently developed systematic helix-based computational method, we theoretically studied the refolding and co-transcriptional folding behaviors of the purine riboswitch aptamers from Bacillus subtilis xpt-pbu X guanine riboswitch and Vibrio vulnificus add adenine riboswitch. Despite several intermediate structures persisting a short time during the transcription, helices P2, P3 and P1 fold in turn for both aptamers. Although some misfolded structures are observed during the refolding process, the RNAs can fold into the ligand binding pocket structure containing helices P2, P3 and P1 within a few seconds, suggesting the aptamer domains are highly evolved. The purine riboswitch aptamers can quickly fold into the ligand binding pocket structure even at a high transcription speed, possibly because formation of this structure is the necessary prerequisite for the riboswitch to bind its ligand and then regulate relevant gene expression.
GONG ShaWANG YanliWANG ZhenSUN YuyingZHANG Wenbing
关键词:APTAMER
glmS核糖开关研究进展被引量:4
2017年
glmS核酶是存在于革兰氏阳性细菌中,对葡糖胺-6-磷酸(GlcN6P)的合成起反馈抑制作用的核糖开关。同时,glmS核糖开关是一种位于glmS基因5′非翻译区的自剪切核酶。glmS核糖开关/核酶通过结合GlcN6P后自剪切抑制下游基因glmS的表达。对glmS核糖开关结构和功能的研究将有助于开发新的抗生素作用靶点。本文对glmS核糖开关的结构和功能进行阐述并介绍glmS核糖开关近年来的研究进展和应用。
周丁王倩祁庆生
关键词:核糖开关
基于核糖开关的新型基因表达调控系统的应用被引量:1
2017年
核糖开关是能对细胞环境的改变做出反应的顺式作用元件,通过改变自身的构象实现对基因表达的调控。基于核糖开关调控方式简洁,无需蛋白质参与,响应迅速,且自身片段小,结构简单,易于设计和改造等特性使其在生物医学领域体现出诸多应用优势。对核糖开关的结构,调节机理以及这种新型基因表达调控系统在基因治疗、抗生素新靶点的开发、病毒疫苗的安全控制、新型核糖选择器和生物体内传感器的应用进行了综述,旨为启示我国核糖开关的新型应用。
熊莹喆曹苑青肖玲慧李招发
关键词:核糖开关
鸟嘌呤核糖开关识别配体小分子
2016年
鸟嘌呤核糖开关是一类位于mRNA的非翻译区,可直接结合有机代谢物,通过调整自身构象变化从而调控基因表达的mRNA元件.鸟嘌呤核糖开关识别配体具有高度特异性和选择性.用动力学模拟的方法,研究鸟嘌呤核糖开关特异识别配体小分子的本质和用热力学积分算法计算核糖开关与配体分子的相对结合自由能.研究发现,核糖开关的结合口袋与配体通过氢键形式相互作用,不同配体与核糖开关结合的亲和力不同.嘌呤配体2-号位对核糖开关的结合必不可少,6-号位对核糖开关的结合关系复杂.
马爱静扈国栋王吉华
关键词:配体分子动力学模拟

相关作者

单战
作品数:15被引量:175H指数:6
供职机构:浙江理工大学
研究主题:发酵品质 纤维素酶 苜蓿 苜蓿叶蛋白 苜蓿草渣
来鲁华
作品数:196被引量:376H指数:9
供职机构:北京大学
研究主题:蛋白质 药物设计 抑制剂 分子设计 多肽
陈梅
作品数:3被引量:3H指数:1
供职机构:北京大学信息科学技术学院软件研究所
研究主题:细胞 RNA干扰 基因网络 基因调控 大肠杆菌BL21(DE3)
张凯
作品数:15被引量:14H指数:2
供职机构:浙江理工大学
研究主题:培养基 斑马鱼 氟虫腈 大田生产 半夏
杨鹏
作品数:27被引量:6H指数:2
供职机构:浙江理工大学
研究主题:小翼 轴流风机 扭叶片 三元叶轮 吸力面