北京大学前沿交叉学科研究院定量生物学中心 作品数:15 被引量:29 H指数:3 发文基金: 国家自然科学基金 国家重点实验室开放基金 国家高技术研究发展计划 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 自动化与计算机技术 化学工程 更多>>
How ligand-receptor binding kinetics affects downstream gene expression 近年来研究表明,配体受体结合动力学在信号通路功能选择性方面发挥重要作用。NF-κB控制着下游与炎症、免疫应答、细胞增殖分化等生理功能相关的数百个基因的表达,其活性的错误调控将引起多种疾病。不同的TNFα-TNFR1结合动... 郭安南 张晓玲 来鲁华关键词:基因表达谱 文献传递 大肠杆菌趋化性受体Tsr的趋化性分子筛选与负趋分子机制研究 <正>细菌能够感受周围环境中化合物,并沿着化合物的浓度梯度定向运动,这种性质称为趋化性。细菌朝着化合物高浓度的方向运动,称为正趋,该化合物就是引诱剂,反之是负趋,该化合物就是驱散剂。细菌趋化性是通过其细胞膜上的趋化性受体... 陈曦 马晓旻 毕双玉 来鲁华关键词:趋化性 引诱剂 分子机制 文献传递 大数据时代的药物设计与药物信息 被引量:9 2015年 大数据时代,以数据驱动的药物研发(data-driven drug research and development)方式有望显著提高药物研发成功率、缩短药物研发周期以及降低药物研发成本.本文简短综述了近年来药物设计和药物信息相关数据整合和数据挖掘的最新研究概况,并对大数据时代的药物设计与药物信息研究提出了展望. 孙潭霖 裴剑锋关键词:大数据 药物设计 药物信息 语义网络 冠状病毒3CL蛋白酶活性调控机制及抑制剂研究 被引量:8 2020年 由冠状病毒感染引发的全球性疫情对人类健康造成了巨大威胁,时至今日尚未有特效的治疗药物或疫苗问世,因此开发具有临床应用价值的抗冠状病毒药物刻不容缓. 3CL蛋白酶在冠状病毒的复制过程中起关键作用,其序列具有高度保守性,是进行抗冠状病毒药物设计的关键靶标.本文围绕SARS-CoV、MERS-CoV和SARS-CoV-2 3CL蛋白酶的结构与功能关系、已报道抑制剂的结构类型与活性及可能的作用机制进行归纳总结,探讨3CL蛋白酶抑制剂研发的新方向,为抗新型冠状病毒药物研发提供参考. 李春梅 孙琦 陆阳彬 刘莹 来鲁华关键词:冠状病毒 抑制剂 药物研发 基于深度学习的自动逆合成反应路线预测 自从E. J. Corey提出逆合成分析,利用计算机来辅助合成路线设计一直是有机化学家的愿景。现有的大多数的方法都是基于反应规则模板来预测合成路线,主要分为两种,分别是专家手写规则和自动反应规则提取。但是,手写反应规则耗... 林康杰 徐优俊 裴剑峰 来鲁华文献传递 大肠杆菌趋化性受体Tsr的趋化性分子筛选与分子机制研究 细菌能够感受周围环境中化合物,并沿着化合物的浓度梯度定向运动,这种性质称为趋化性。细菌朝着化合物高浓度的方向运动,称为正趋,该化合物就是引诱剂,反之是负趋,该化合物就是驱散剂。细菌趋化性是通过其细胞膜上的趋化性受体及其下... 陈曦 马晓旻 来鲁华关键词:趋化性 引诱剂 分子机制 文献传递 深度学习在化学信息学中的应用 被引量:9 2017年 深度学习在计算机视觉、语音识别和自然语言处理三大领域中取得了巨大的成功,带动了人工智能的快速发展。将深度学习的关键技术应用于化学信息学,能够加快实现化学信息处理的人工智能化。化合物结构与性质的定量关系研究是化学信息学的主要任务之一,着重介绍各类深度学习框架(深层神经网络、卷积神经网络、循环或递归神经网络)应用于化合物定量构效关系模型的研究进展,并针对深度学习在化学信息学中的应用进行了展望。 徐优俊 裴剑锋关键词:人工智能 定量构效关系 化学信息学 Screening of chemoeffectors for Chemoreceptor Tsr to disclose the possible molecular mechanism of repellents Chemotaxis is a phenomenon that motile bacteria move directionally alone chemicalgradients in the environment.... 陈曦 马晓旻 来鲁华关键词:CHEMORECEPTOR TSR 靶向毒素蛋白HipA的抑制剂能够减轻细菌的多药耐药性 持留菌是细菌群体中一小部分没有发生基因突变,但是对多种抗生素耐药的群体,是导致抗菌治疗失败和细菌多药耐药性产生的主要原因之一。持留菌的产生与毒素-抗毒素系统具有较强的关联性。本研究中我们针对毒素蛋白HipA进行了基于结构... 裴剑锋 李佟清 来鲁华文献传递 弱AI时代的药物发现 药物发现是医药产业链的源头,现已成为人工智能(AI)技术的一个重要应用场景。AI可应用于包括靶标发现、先导化合物发现和优化、从头药物分子生成、新药合成设计、药效及安全性预测等多个药物研发环节。目前我们还处于弱AI时代,常... 裴剑锋关键词:药物发现 文献传递