黄彬
- 作品数：144 被引量：878H指数：15
- 供职机构：中山大学附属第一医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金广东省科技计划工业攻关项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学文化科学交通运输工程更多>>
- 淋病奈瑟菌自身猝灭荧光定量PCR方法的临床应用
- 2006年
- 目的评价自身猝灭荧光定量PCR(FQ-PCR)检测临床标本中淋病奈瑟菌的应用价值。方法应用培养法和FQ-PCR法分别检测59份疑为淋病奈瑟菌感染病人的分泌物标本。结果两者特异性均为100%(28/28),而FQ-PCR敏感性100%(38/38),高于培养法81.6%(31/38)(P<0.05)。对其中32例经正规治疗,症状、体征消失2～3周的患者进行追踪检测,培养法均转阴,FQ-PCR检测仍有5例为阳性。结论自身猝灭荧光定量PCR方法具有快捷、敏感、特异、价格低廉和稳定性较好的特点,是辅助诊断淋病的有效方法之一。
- 陈茶黄彬罗进勇尹一兵
- 关键词：淋病奈瑟菌荧光定量PCR
- 铜绿假单胞菌群体感应系统的研究进展被引量：6
- 2012年
- 细菌的群体感应也称自身诱导,是指细菌通过产生和感应信号分子浓度的变化来监测其群体密度,协调群体行为的过程。自身诱导物随着细菌密度增高而增高,当自身诱导物达到某一阈值后,会与一些转录调节子结合,从而诱导或抑制多种基因的表达。群体感应系统内由多种信号分子和效应蛋白组成复杂的调节网络,调控包括细菌毒力因子产生与释放、生物膜形成、接合反应等,从而影响细菌的致病过程。本文主要对铜绿假单胞菌的群体感应系统及其与宿主关系、群体感应抑制剂等方面的研究进展进行综述。
- 陈树林黄彬
- 关键词：铜绿假单胞菌
- SYBR Green荧光定量PCR检测外源ATP7B对于内源CP基因转录的影响
- 2005年
- 【目的】应用 SYBR Green 荧光定量 PCR 检测在正常 BRL 细胞中短暂转染人 ATP7B cDNA 后 CP 基因的转录情况。【方法】分为空质粒组(转染空质粒 Kbpala/Alb)和处理组(转染野生型 Kbpala/Alb-ATP7B),分别于转染后0、4、8、12、24、48、72、168h 提取 mRNA,逆转录后行 SYBR Green 荧光 PCR 检测人 ATP7B cDNA 及大鼠 CP 基因的转录情况。SAS11.0统计软件进行数据处理和分析。【结果】人 ATP7B cDNA 在短暂转染后约48h 转录达高峰,可持续至转染后7d 以上;经方差分析,空质粒组转染后各时间点 CP 基因的转录水平与 t=0h 相比较 P>0.05;处理组亦是。【结论】外源ATP7B cDNA 的转染及表达对于内源性 CP 基因的转录无影响。
- 徐琳梁秀龄徐评议黄彬林正丰岩清
- 关键词：ATP7B基因CP基因基因转录
- 基于细菌16SrRNA基因的PCR扩增与测序分析在临床不常见菌鉴定中的应用被引量：28
- 2012年
- 目的探讨细菌16SrRNA基因的广谱PCR扩增与测序分析在临床分离的少见病原菌的鉴定及分类中的价值。方法收集2010年12月至2011年9月来自7家不同医院和机构，常规方法难以鉴定或具有特殊表型的少见菌48株，以及仪器法连续监测报警阳性、但二次传代无细菌生长的液体增菌培养瓶7个，采用细菌16S核糖体核糖核酸（rRNA）基因MicroSeq500试剂盒、通用引物27f-1492r、27f-1525r进行广谱PCR扩增及目的片段的基因测序。运用美国国立生物信息中心“基于局部比对算法的搜索工具（Blast）”，结合“具有法定分类学地位的原核生物名称目录（http：／／W^Ufir．bacterio．cict．fr／）”提供的分类学信息，比较待鉴定细菌与近缘种模式菌株基因序列的相似程度；参考美国临床与实验室标准化协会（CLSI）MM18-A的解释标准，以确定待鉴定细菌的种属及分类学位置。结果采用广谱PCR测定，7份假阳性血培养瓶中，2份扩增到细菌的16SrRNA基因，经序列分析鉴定均为肺炎链球菌。48株不同来源、不同种属的少见菌，均扩增到16SrRNA基因目的片段并成功测序，参考CLSIMM18-A的解释标准，35株（72．9％）直接鉴定到“种”，11株（22．9％）鉴定到“属”，另2株鉴定为可能的新属新种。进一步结合细菌的生化反应特征及其他管家基因序列分析结果，则可鉴定到“种”的细菌可增加到42株（87．5％），其中包括链杆菌、嗜二氧化碳噬纤维菌、玫瑰单胞菌、奴卡菌、弯曲菌、分枝杆菌等具有明确临床意义的少见菌，以及多株近十年内命名的新细菌，如小不动杆菌、富西亚分枝杆菌、黏液玫瑰单胞菌、Halomonasjohnsoniae等。此外，还发现了1个新亚型的胎儿弯曲菌。结论16SrRNA基因测序鉴定能明确提供细菌的遗传学信息，且无种属选择性，对临床少见菌、苛养菌、以及固体培养基不生长的�
- 陈茶屈平华顾全黄彬张伟铮穆小萍张磊陈默蕊王露霞鄂顺梅叶金艳唐小龙蓝锴罗强戴小波袁慧
- 关键词：聚合酶链反应细菌学技术
- 接合转移质粒pUCP24T的构建与性能研究被引量：1
- 2013年
- 目的构建能在大肠埃希菌(E.coli)和铜绿假单胞菌(PA)间高效接合转移的质粒。方法通过NCBI blastn程序分析质粒pCVD442接合反应起始序列oriT,PCR扩增oriT后插入pMD18-T,再将pMD18-oriT转化E.coli DH5α,经酶切、测序验证后用SmaⅠ和HindIIII双酶切亚克隆至质粒pUCP24,获得质粒pUCP24T,将pUCP24T转化E.coli后研究pUCP24T从E.coli到PA的接合效率和质粒稳定性等。结果成功构建pUCP24T重组质粒,在E.coli和PA的接合实验中,E.coli(pUCP24T)-PA共培养2 h的接合效率平均为3.588×10-2,按12 h一代连续9代继代培养108 h,抗生素压力下质粒保存率为98.29%,无抗生素的培养基中质粒保存率为21.76%。结论成功构建高接合效率的接合转移质粒pUCP24T。
- 陈树林陈茶黄彬张妮鄂顺梅蔡壬辛袁慧曲平华林冬玲
- 关键词：铜绿假单胞菌基因水平转移
- 耐亚胺培南鲍曼不动杆菌的耐药机制研究和同源性分析被引量：15
- 2019年
- 目的研究鲍曼不动杆菌耐药性的变迁及耐亚胺培南鲍曼不动杆菌(IRAB)的耐药机制及同源性,为临床抗感染治疗及医院感染控制提供依据。方法采用Vitek 2 Compact全自动微生物鉴定仪进行菌株鉴定和药敏实验。收集2011至2014年间1 761株鲍曼不动杆菌,其中IRAB 1360株。随机选取对亚胺培南耐药和敏感的鲍曼不动杆菌,分为耐药组(66株)及对照(敏感)组(14株),用PCR方法进行A^D类β-内酰胺酶、外膜孔通道蛋白和主动外排泵基因检测,采用脉冲场凝胶电泳对菌株进行分子分型,用BioNumeric软件进行聚类分析。结果1761株鲍曼不动杆菌对亚胺培南的耐药率逐年下降,由84.0%降至71.8%。同时,鲍曼不动杆菌对多种抗生素的耐药率也逐年下降。耐药组耐药基因TEM、AMPC、OXA-51的阳性率分别为95.45%、98.48%、96.97%,对照组分别为35.71%、64.29%、71.43%,耐药组均高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。OXA23、OXA58仅在耐药组中检出,阳性率分别为95.45%和1.52%。其余耐药基因在2组中均未检出。80株鲍曼不动杆菌分为A^W共23个型别,耐药组主要为P1型(16株),R1型(4株)和R2(12株)型,对照组分布分散,其中R4型同时存在于耐药组和对照组。2012年2次暴发流行,分别为P1型(9月-11月)(MICU、SICU),R2型(9月-11月)(MICU);2013年2次暴发流行,分别为P1型(4月-6月)(MICU、SICU、神经科),R1型(2013年12月-2014年2月)(MICU、神经科);2014年一次暴发流行,流行菌株为R2型(2月-4月)(MICU、SICU、神经科)。结论耐亚胺培南鲍曼不动杆菌对多种抗生素的耐药率较高。鲍曼不动杆菌对亚胺培南耐药的主要机制为携带OXA23基因,产生D类β-内酰胺酶水解亚胺培南。MICU、SICU和神经科是暴发流行监控的重点科室。
- 谭坪海陈利达郭鹏豪廖康伍众文叶大柠黄彬
- 关键词：鲍曼不动杆菌耐药性同源性分析
- 新型冠状病毒亚基因组RNA检测方法的建立及性能评估
- 2024年
- 目的建立检测新型冠状病毒(新冠病毒)亚基因组RNA(subgenomic RNA,sgRNA)的方法,并对所建立的方法进行性能评估。方法根据新型冠状病毒sgRNA序列设计引物和探针,建立检测sgRNA的实时荧光逆转录PCR(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)方法,对所建立的方法进行优化,包括引物、探针的浓度及比例、延伸温度、反应体积和模板量。并对所建立的方法进行性能评估,包括最低检测限、灵敏度、特异性和重复性。对临床样本进行新冠病毒sgRNA和基因组RNA(genomic RNA,gRNA)检测,并对检测结果进行分析。结果建立了检测新冠病毒sgRNA的RT-PCR方法。所建方法的最低检测限为100 copies/mL,对常见病原体的检测结果均为阴性。对高、中、低浓度样本sgRNA进行检测,CV均<5%。115例疑似新冠病毒感染者的咽拭子样本sgRNA为阳性(115/330,阳性率为34.85%)。gRNA-N Ct值<30时,sgRNA-N的阳性率为100.00%;gRNA-N的Ct值介于30~32时,sgRNA-N的阳性率为68.75%;gRNA-N的Ct值介于32~35时,sgRNA-N的阳性率为44.44%;gRNA-N的Ct值>35时,sgRNA-N均为阴性。结论建立了新冠病毒sgRNA的RT-PCR检测方法,方法灵敏、特异、重复性好。
- 赵祉薇陈茶黄彬
- 关键词：新型冠状病毒聚合酶链反应逆转录
- 拉米夫定治疗慢性乙型肝炎发生HBV YMDD变异的研究被引量：2
- 2007年
- 目的探讨拉米夫定治疗慢性乙型肝炎发生YMDD变异的临床意义。方法分别用荧光定量PCR、ELISA和连续监测法检测65例仅用拉米夫定治疗的慢性乙型肝炎患者治疗前(0个月)、治疗中(6,12个月)YMDD变异的情况、HBV DNA定量水平、两对半和肝功能(丙氨酸氨基转移酶ALT)等指标。结果65例慢性乙型肝炎患者中,拉米夫定治疗前未检出YMDD变异,治疗6个月时检出YMDD变异5例(7.7%),12个月时12例(18.5%),随治疗时间的延长,YMDD变异率升高(P<0.05)。拉米夫定治疗6,12个月后患者HBV DNA定量水平和ALT均显著低于治疗前(P<0.05),而治疗6个月和12个月的HBV DNA定量水平和ALT比较差异无显著性(P>0.05)。不同治疗时期YMDD变异组与未变异组的ALT,HBV DNA定量水平比较差异均无显著性(P>0.05)。5例在治疗6个月发生YMDD变异的患者继续用拉米夫定治疗6个月后,其HBV DNA定量水平比治疗前相比显著降低(P<0.05),与治疗6个月时相比差异无显著性(P>0.05),其ALT水平比治疗前相比显著降低(P<0.05),与治疗6个月时相比升高(P<0.05)。治疗12个月时乙肝大三阳、小三阳的患者HBV DNA转阴率分别为13.5%和71.4%,差异有显著性(P<0.05)。结论YMDD变异的发生随治疗时间的延长而增加。YMDD变异的发生对拉米夫定在肝脏炎症活动的改善和HBV复制的抑制方面无显著影响,患者仍呈现HBV DNA的持续抑制。
- 黄彬陈茶徐磊陈怡丽
- 关键词：慢性乙型肝炎YMDD变异拉米夫定
- 铜绿假单胞菌群体感应相关sRNA的筛选及突变株的构建被引量：2
- 2020年
- 目的群体感应与调控小RNA(small regulatory RNA,sRNA)在铜绿假单胞菌(P.aeruginosa)许多信号传导级联反应中起关键调节作用。文中旨在探讨sRNA是否参与P.aeruginosa的群体感应表达调控系统,筛选群体感应系统相关sRNA,构建sRNA过表达与敲除株。方法利用基因转录组测序及qPCR筛选群体感应系统相关sRNA;利用PCR扩增目的基因,使用无缝连接试剂盒将线性化载体与目的片段连接,分别将pROp200-sRNA和pGSM-ΔsRNA的连接反应液转化入E.coliDH5α和SM10λπ感受态细胞中,通过PCR鉴定重组载体;将过表达质粒pROp200-sRNA转化入铜绿假单胞菌野生株PAO1,获得PAO1-sRNA过表达株;通过接合反应将pGSM-ΔsRNA转移至PAO1,获得PAO1ΔsRNA敲除株。对处于对数生长期的PAO1野生株、PAO1-sRNA过表达株、PAO1ΔsRNA敲除株及PAO1ΔsRNA/sRNA过表达株提取RNA,逆转录,验证sRNA基因过表达株及敲除株。绘制各菌株生长曲线,检测绿脓素的浓度。结果成功利用转录组测序及qPCR筛选出群体感应相关sRNA P26、P5316.1、P30、P34、AmiL。pROp200经过EcoRI酶切后,质粒由超螺旋结构变为线性结构;pGSM-MR经SacI、XbaI双酶切后,产生长度分别为1898bp和7509bp的片段。PAO1-sRNA过表达株的sRNA基因表达量均较PAO1野生株显著上调(P<0.05);PAO1ΔsRNA敲除株的sRNA基因表达量较PAO1野生株均明显降低(P<0.05);PAO1ΔsRNA/sRNA过表达株的sRNA基因表达量较PAO1ΔsRNA敲除株均明显升高(P<0.05)。绿脓素检测显示,PAO1-sRNA过表达株AmiL绿脓素浓度低于PAO1野生株[(1.73±0.03)μg/mL vs(2.83±0.09)μg/mL,P<0.05],PAO1ΔsRNA/sRNA过表达株AmiL绿脓素浓度较PAO1ΔsRNA敲除株降低(P<0.05),P30绿脓素浓度较PAO1ΔsRNA敲除株升高(P<0.05)。结论PAO1-sRNA过表达株与PAO1ΔsRNA敲除株构建成功,可用于研究sRNA与群体感应系统间的调控关系,并进一步功能研究。
- 李虹霖鲁洋刘宇阳张社彬蔡依玫曾建明黄彬陈茶
- 关键词：铜绿假单胞菌群体感应系统SRNA过表达
- RNAi干扰WT1和Pax2表达对逆转肾小管上皮间充质转化的作用被引量：2
- 2011年
- 【目的】探讨抑制肾小管上皮间充质转化(EMT)过程中胚胎发育关键基因WT1和Pax2的表达对EMT的逆转作用。【方法】采用RNAi技术分别抑制WT1和Pax2。分别构建pshRNA-WT1和pshRNA-Pax2表达载体,采用脂质体转染技术,使质粒瞬时转染NEK52E细胞后用10ng/mLIL-1α刺激细胞,分别提取不同时间点细胞的RNA和蛋白质,采用RT-PCR和Western blot检测细胞WT1、Pax2、Snail、上皮细胞标志E-cadherin和间充质标志α-SMA的mRNA和蛋白质的表达,并观察NRK52E细胞的形态。【结果】构建的pshRNA-WT1和pshRNA-Pax2表达载体可在转染细胞内发挥RNAi作用抑制WT1和Pax2基因的表达,抑制率分别为80.4%和82.7%。分别抑制WT1和Pax2基因后EMT过程受阻,α-SMA和Snail的表达显著减少,E-cadherin的表达无显著性变化,细胞形态未发生明显的成纤维化样改变。【结论】WT1和Pax2基因是EMT中的关键基因,分别抑制胚胎发育关键基因WT1和Pax2均可使EMT受阻。阻断WT1和Pax2的表达有望中止EMT及肾纤维化的发生。
- 黄彬姜傥皮蕾滕军旗
- 关键词：RNAI上皮间充质转化肾小管上皮细胞
