任永红
- 作品数：3 被引量：4H指数：1
- 供职机构：生物芯片北京国家工程研究中心更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 基因芯片癌与癌旁组织分析中药品混合对结果的影响被引量：1
- 2006年
- 基因芯片技术已经广泛地应用到生物科学与医学研究的多个领域中.由于实验费用的制约,在使用芯片数目较少的情况下,一些研究者倾向于把经过同一种处理的多个个体的RNA进行混合,希望能消除个体差异.但应用一个研究肿瘤的具体例子,比较单个个体与多个个体的RNA混合后得到的基因芯片的结果表明,多个样品的RNA混合后得到的结果和单个样品得到的结果,无论从正确率、假阳性、假阴性来比较,在统计学上都没有明显差异,因此:结合多个因素考虑,建议进行基因芯片分析的RNA样品不用进行混合.
- 庄远红张亮孟欣任永红
- 关键词：基因芯片技术
- 胆管癌全基因组表达差异的初步观察被引量：2
- 2007年
- 目的通过比较肝门部胆管癌与胆总管中下段癌的全基因组表达差异,进一步揭示胆管癌发生、发展的内在分子机制。方法采用含21329条Oligo DNA的人类全基因组寡核苷酸芯片,对3例肝门部胆管癌与正常胆管配对检测差异表达基因,另取4例胆总管中下段癌标本与正常胆管配对检测差异表达基因,通过SAM分析,得到两者间差异表达基因,并采用实时定量RT-PCR验证芯片结果。结果肝门部胆管癌与胆总管中下段癌之间基因表达既存在共性,又存在差异。与正常胆管组织相比,两者共同上调基因244条,共同下调基因399条;而两者差异表达基因共82条(ratio≥2.0或≤0.5)。通过SAM分析(q=0),两者显著差异表达基因共40条,其中上调基因29条,下调基因11条,包括AREG、EPHA2、SPP1、PACE4等。结论高通量的基因芯片技术能够筛选出大量的胆管癌差异表达基因,肝门部胆管癌与胆总管中下段癌的基因表达亦存在着明显的聚类性质差别。
- 田志刚徐智张亮李晓红凌晓锋任永红侯纯升王姝杰王立新修典荣宋士兵张同琳周孝思
- 关键词：肝门部胆管癌
- 高性价比寡核苷酸基因表达谱芯片的制备方法被引量：1
- 2010年
- 目的探讨探针长度对寡核苷酸(Oligo)基因芯片杂交信号的影响。方法以大肠杆菌基因表达信息作为实验模型,根据已有大肠杆菌全基因组芯片数据选择覆盖高、中、低杂交信号强度的20个大肠杆菌基因,针对该20个基因分别设计59-mer和70-mer长度Oligo探针,并将2种探针点制在同一张芯片中,同时设阳性对照探针和阴性对照点样液。提取大肠杆菌RNA,经过反转录、扩增、荧光标记后与芯片进行杂交反应,采用激光共聚焦扫描仪扫描芯片,利用数据分析软件提取探针的杂交信号值并进行显著性分析。结果大肠杆菌28SrRNA和18SrRNA条带清晰,无降解带出现,质量合格。芯片杂交结果显示59-mer和70-mer长度探针的杂交效率和杂交信号差异无统计学意义(P=0.9810),阳性对照探针出现阳性杂交信号,阴性对照点样液未检测到杂交信号,符合质控要求。结论59-mer长度探针可用来制备Oligo基因芯片,这不仅降低了基因芯片制作成本,而且将推动基因芯片技术更为普及的应用。
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- 关键词：寡核苷酸序列分析寡核苷酸探针基因表达谱
