孙景春
- 作品数：4 被引量：26H指数：3
- 供职机构：上海交通大学生命科学技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 猪链球菌全基因组序列比较分析被引量：8
- 2006年
- 1995年,在四川局部地区爆发的人感染猪链球菌疫情导致200多人感染,30多人死亡.为了研究猪链球菌的致病机理,以达到防止细菌传播和人畜感染的目的,对已测序的猪链球菌(Streptococcussuis)的2个菌株(P1/7,89-1591)进行了全面的功能注释和分析.猪链球菌P1/7的基因组全长为2.007Mb,共有1969个可读框(ORF),而部分测序的猪链球菌89-1591序列包含在177个连接群(contig)中,长为1.98Mb,含有1918个ORF.两菌株基因组比较结果表明,其平均编码区(CDS)的长度非常接近.在所有ORF中,同源ORF数为1306个.两菌株中可能的毒性因子大多数具同源性.但也存在例外,如在P1/7中存在于一个基因岛内,编码与毒性相关的荚膜多糖的11个毒性因子(CPS2A-2K)中,4个基因cps2A,2B,2I,2J未在89-159菌株中发现.同时,P1/7中编码细胞外因子(EF)和溶血素(Haemolysin)的基因也未在89-159菌株中发现.另外,两菌株中与DNA复制、修复及重组相关的基因组成上存在着明显的差异,并且在表面蛋白质组成上也同样存在着一定的差异.这些特性表明两菌株为了适应不同的环境压力而演化出特有的功能单位,暗示着2个菌株在毒性机理上存在着一定的差异.以上分析结果为系统地研究猪链球菌以及防治、疫苗的开发、治疗药物的设计提供了广泛的基因组学信息.
- 魏武丁国徽王晓婧孙景春屠康郝沛王川曹志伟石铁流李亦学
- 大规模蛋白质相互作用数据的分析与应用被引量：14
- 2005年
- 蛋白质相互作用在生命活动中起着重要的作用.目前已开发出几种实验和计算方法能够得到大规模蛋白质相互作用数据.但是,与传统的实验结果相比,蛋白质相互作用大规模数据中存在着比例较高的假阳性.为了能够充分利用这些数据,需要建立生物信息学方法对这些数据进行系统的评价,进而提高数据的可信度,并从中挖掘出有价值的生物信息.本文对目前蛋白质相互作用大规模数据的计算分析和应用进行了总结,包括蛋白质相互作用数据评估方法、与蛋白质其他信息的关系以及在生物学研究中的应用,并提出了开发分析和挖掘蛋白质相互作用数据工具的主要方向,以期有助于这些数据的研究和应用.
- 孙景春徐晋麟李亦学石铁流
- 关键词：蛋白质相互作用蛋白质功能预测生物途径大规模数据生物学研究生命活动
- 钩端螺旋体蛋白质相互作用网络预测与系统分析被引量：4
- 2006年
- 问号钩端螺旋体是一种致病菌,能够引起人畜共患病．该细菌全基因组序列测序的完成,为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了基础．本研究通过整合4种计算方法(基因融合法、基因邻居法、系统发生谱法和操纵子法)来预测钩端螺旋体赖株蛋白质相互作用网络．对运动和趋化系统、信号传导系统、脂多糖生物合成以及黏附、侵袭等有关蛋白质之间的相互作用进行了详细分析．除此以外,根据蛋白质的相互作用网络以及功能分类,预测了203个未知蛋白质可能的功能．这不仅为进一步研究钩端螺旋体赖株的致病机制提供了一个资料,也为在基因组范围内应用生物信息学方法研究微生物提供了一个实例．
- 孙景春徐晋麟曹建平刘琪郭晓奎石铁流李亦学
- 关键词：问号钩端螺旋体
- 蛋白质相互作用网络中的生物途径分析
- 分析复杂分子网络中的蛋白质相互作用信息有利于我们更好的理解生命活动的分子机理,阐明生物大分子的结构与功能的关系。蛋白质相互作用网络图已经被证实存在着已知的复合物和生物途径,同时它们也暗示着存在有新的复合物或者以前没被发现...
- 刘珍孙景春谢锦云李亦学梁宋平石铁流
- 文献传递
