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林琦

作品数：23 被引量：38H指数：4
供职机构：福建省疾病预防控制中心更多>>
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合作作者

文献类型

  • 23篇中文期刊文章

领域

  • 23篇医药卫生

主题

  • 17篇病毒
  • 8篇全基因组
  • 8篇流感
  • 8篇基因
  • 8篇基因组
  • 7篇全基因
  • 7篇测序
  • 6篇禽流感
  • 5篇禽流感病
  • 5篇禽流感病毒
  • 5篇进化分析
  • 5篇进化树
  • 4篇新型冠状病毒
  • 4篇冠状
  • 4篇冠状病毒
  • 4篇变异株
  • 3篇血凝
  • 3篇血凝素
  • 3篇系统进化树
  • 3篇高通量

机构

  • 23篇福建省疾病预...
  • 5篇福建医科大学
  • 2篇厦门市疾病预...
  • 1篇福建师范大学
  • 1篇福州市疾病预...
  • 1篇三明市疾病预...

作者

  • 23篇林琦
  • 21篇翁育伟
  • 8篇张炎华
  • 7篇陈宏彬
  • 5篇谢剑锋
  • 5篇王金章
  • 4篇郑奎城
  • 3篇陈炜
  • 3篇吴冰珊
  • 3篇赵琳
  • 2篇陈泽辉
  • 2篇何文祥
  • 2篇修文琼
  • 2篇欧剑鸣
  • 1篇陈敏红
  • 1篇吴生根
  • 1篇张拥军
  • 1篇姚栩
  • 1篇叶雯婧
  • 1篇李曲文

传媒

  • 7篇中华实验和临...
  • 6篇中国人兽共患...
  • 5篇病毒学报
  • 2篇中国公共卫生
  • 1篇海峡预防医学...
  • 1篇口岸卫生控制
  • 1篇中国病原生物...

年份

  • 2篇2024
  • 6篇2023
  • 4篇2022
  • 4篇2021
  • 1篇2020
  • 1篇2019
  • 2篇2018
  • 2篇2017
  • 1篇2016
共 23 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
福建省1例输入性新型冠状病毒全基因组测序分析被引量：2
2021年
目的应用高通量测序和生物信息学分析技术,从新冠肺炎病例标本中直接测定病毒基因组,并从病毒基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的全基因组特征和变异情况,追溯病毒的潜在来源。方法选取1例福建省境外输入性SARS-CoV-2无症状感染病例的咽拭子标本,采用新冠病毒全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术进行全基因组测序。应用多种在线病毒变异分析平台,分析病毒的变异位点;根据病毒与参考株的差异,判定病毒家系及型别。应用进化分析软件构建病毒进化树,结合病例的流行病学资料,证实病毒的来源。结果成功从1例输入性无症状感染病例标本中获得SARS-oV-全基因组序列,基因组全长29 883 bp,平均测序深度达25 762×,覆盖度达98.61%;全基因组共发生18处核苷酸突变,分布于5个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、ORF8、N);用不同方法进行病毒分型,结果显示病毒属于L基因型欧洲家系(中国分型)、B.1.1.214分支(Pangolin分型)、20B(Nextstrain分型)、GR型(GISAID分型);进化分析显示,该病毒序列与日本参考株共同处于同一分支(B.1.1.214分支),该结果与流行病学调查发现该感染者来自日本的结果一致。结论本研究构建的测序方法和分析结果可用于新冠病毒的变异分析和病例溯源,对新冠疫情防控具有重要意义。
林琦黄枝妙王宇平郑晖翁育伟
关键词：高通量测序进化分析
一起腺病毒引起的聚集性呼吸道感染的实验室调查被引量：2
2017年
目的对一起幼儿园聚集性发热事件开展病原学调查,为疫情处置提供依据。方法采集部分患者呼吸道样品,应用real-time RT-PCR法筛查,腺病毒核酸阳性样品接种HEp-2细胞系,PCR扩增部分腺病毒Hexon高变区基因片段并测序,确定病毒型别并进行变异分析。结果从10份咽拭子标本中检测到7份腺病毒核酸阳性。经分离培养得到7株人腺病毒毒株。系统进化分析确定均为人腺病毒7型。推导的氨基酸序列分析显示,与近年来国内外流行株相比,分离株的Hexon蛋白高变区无氨基酸位点突变。结论结合病例临床表现以及流行病学调查结果,此事件证实系人腺病毒7型引起的急性呼吸道感染聚集性事件。
朱颖林琦游丽斌黄枝妙陈敏红姚栩张拥军欧剑鸣翁育伟
关键词：人腺病毒病毒分离
福建省首株黄热病毒株的分离鉴定和全基因组序列分析
2021年
目的从福建省2016年输入性黄热病病例标本中分离黄热病毒(YFV)并分析其生物学特征。方法将16份黄热病毒核酸阳性血清、尿液、唾液样品分别接种C6/36细胞,YFV实时荧光RT-PCR法鉴定检测培养物中特异性病毒核酸,通过高通量测序获得病毒全基因序列并绘制系统进化树。结果从1例患者发病后3天的血清样品分离到一株病毒,通过YFV实时荧光RT-PCR鉴定为YFV病毒;BLAST分析显示该毒株全基因序列与2016年我国首例输入性黄热病病例中分离得到的毒株CNYF01R/2016(KX268355)序列完全一致;系统进化树显示该毒株与1971年安哥拉流行株Angola71分属同一进化树分支,与疫苗株17D vaccine strain(X03700)存在明显的差异,表明本研究分离到的YFV毒株是属于安哥拉型YFV野毒株。结论福建省成功从2016年输入性黄热病病例样品分离到一株安哥拉型YFV毒株。
王金章林琦俞婷婷阚乃鹏游丽斌翁育伟
关键词：黄热病黄热病毒病毒分离系统进化分析
基于多重PCR的HAdV-3全基因组高通量测序方法的建立
2023年
目的建立基于多重PCR的人3型腺病毒(human adenovirus 3,HAdV-3)全基因组高通量测序方法,提高HAdV-3全基因组测序效率和成功率。方法设计适用于HAdV-3全基因组扩增的多重PCR引物,通过多重PCR扩增HAdV-3全基因序列,使用琼脂糖凝胶电泳初步验证扩增产物的特异性。使用Illumina二代测序对多重PCR产物进行高通量测序。获得序列后使用CLC、IGV等软件分析测序有效数据量、平均深度及全基因组覆盖度等质量参数,评估测序质量。基于全基因组测序结果构建系统发育树,确认病毒型别及分析序列的同源性,评价该方法的准确性。结果设计得到HAdV-3全基因组多重PCR扩增引物共计70条(35对),扩增子大小约1200 bp,预期基因组全长约35240 bp、全基因组覆盖度可达99.8%;电泳结果显示多重PCR产物大小与预期相符且扩增特异性高;高通量测序结果显示基于该方法所获病毒全基因组序列完整无缺失,基因组覆盖度达预期范围;序列质量分析显示基于多重PCR的高通量测序方法能获得更多有效数据和更大测序深度,全基因组覆盖更均匀;进化分析显示病毒DNA经多重PCR扩增再测序与病毒DNA直接测序所获序列的进化分型结果一致且同源性高,表明该多重PCR方法的扩增忠实性高,结合高通量测序所获序列结果准确。结论本研究成功建立了一种基于多重PCR的HAdV-3全基因组高通量测序方法,该方法能够提高HAdV-3全基因测序效率和成功率,旨在为基于全基因组测序的HAdV-3病原监测及疫情溯源提供更好的技术支持与参考。
林琦黄枝妙翁育伟何文祥游丽斌
关键词：多重PCR全基因组序列高通量测序
基于多重RT⁃PCR扩增与双链cDNA合成的A组轮状病毒全基因组测序效果比较
2024年
建立A组轮状病毒(Group A rotavirus,RVA)全基因组单管多重RT⁃PCR扩增方法,并比较其与双链cDNA合成方法在RVA临床标本全基因组二代测序中的应用。对2022年某哨点医院的18份腹泻住院患儿RVA阳性粪便标本进行核酸提取,分别用单管多重RT⁃PCR扩增方法对RVA全基因组进行扩增,用随机引物对病毒核酸进行反转录及双链cDNA合成,最后采用Illumina平台对这2种不同类型的产物进行二代测序。用CLC软件对测序数据进行拼接,分析有效数据量、测序深度及全基因组覆盖度等参数,并用IGV软件查看全基因组测序深度覆盖轨迹。多重RT⁃PCR扩增产物测序和双链cDNA测序获得的RVA有效数据量分别为69.39%~99.83%和0.38%~92.99%,平均测序深度分别为10172×~68156×和35×~61783×,全基因组测序深度10×以上的位点覆盖度分别为98.93%~100.00%和86.28%~100.00%。从全基因组测序深度情况来看,多重RT⁃PCR扩增产物测序在同一个基因节段内部测序深度较为均匀,在11个节段之间测序深度差别较大;而双链cDNA测序在不同基因节段之间的测序深度较为均匀,但同一个基因节段内部靠近5'和3'末端测序深度较低。2种方法所获得的病毒核苷酸序列基本一致,部分基因节段在5'或3'末端100 bp区域内存在2个以内的核苷酸位点差异。在多重RT⁃PCR扩增方法中鉴于引物在不同基因型别间的特异性,对本研究中未涉及到的基因型别的扩增效率还有待进一步验证。单管多重RT⁃PCR扩增方法和双链cDNA合成方法虽然各有优缺点,但均适用于轮状病毒全基因组二代测序在基层的推广。
黄枝妙吴冰珊林琦林卫东翁育伟
关键词：A组轮状病毒全基因组测序
经福州海关关区输入的境外新型冠状病毒基因组特征分析被引量：5
2023年
目的 对经福州海关关区输入的境外新型冠状病毒感染者标本进行全基因组测序,了解关区范围内输入性新型冠状病毒全基因组特征及变异情况,为新冠疫情防控中的新冠病毒溯源提供参考。方法 采用靶向扩增方法结合二代测序技术获得新型冠状病毒全基因组,应用在线分析平台及序列分析软件,判断病毒型别,分析病毒突变位点;构建系统发育树,并结合病例流行病学资料进一步证实病毒的来源。结果 获得30株2021年5月至2022年4月期间输入性新型冠状病毒感染者的SARS-CoV-2全基因组序列。Pangolin分型显示30株病毒分别属于R.1进化分支、Alpha变异株(B.1.1.7)、Beta变异株(B.1.351)、Delta变异株(B.1.617.2)和Omicron变异株(B.1.1.529),2022年1月之后的毒株均为Omicron变异株,分别属于BA.1和BA.2两种进化分支。全基因组核苷酸突变位点分析显示,与武汉参考株(NC_045512.2)相比30个SARS-CoV-2基因组序列核苷酸突变为24~71个,核苷酸突变位点在全基因组中分布不一致,突变位点数较多的分别是S基因、ORF1a基因、ORF1b基因和N基因。在氨基酸水平上,30株病毒S蛋白存在8个非特征性突变位点,其余突变位点均为相应谱系的特征性突变位点(75%以上同谱系流行株共有的突变位点)。核苷酸系统进化树分析显示,输入性病毒与来源地区流行毒株相似度较高。结论 对福州海关关区输入的新冠肺炎感染者标本进行病毒全基因组测序,获得30个SARS-CoV-2序列。分析表明输入病毒株存在多种不同谱系,核苷酸突变差异导致了氨基酸的特征性突变和非特征性突变,可以为新冠疫情防控中的病毒溯源提供了依据。
黄枝妙郑晖林琦陈炜郑盈翔王宇平翁育伟
关键词：新型冠状病毒全基因组
2018-2019年福建省禽类外环境H5亚型禽流感病毒分子特征和遗传进化分析
2023年
目的分析2018-2019年福建省禽类外环境H5亚型禽流感病毒的分子特征和遗传进化特点,为禽流感防控提供参考依据。方法对2018-2019年福建省禽类外环境H5亚型单阳性标本进行复核,筛选出Ct值小于30的标本,对HA和NA基因进行靶向扩增和二代测序,从NCBI和GISAID数据库下载参考序列,使用生物信息学软件分别对HA和NA基因进行分子突变位点和遗传进化分析。结果共完成12株H5亚型HA和NA全基因测序。序列比对结果显示,HA基因最高一致性在98.59%~99.89%,NA基因最高一致性在98.19%~99.85%。遗传进化分析显示,HA基因归属于Clade 2.3.4.4h分支,NA基因归属于欧亚谱系H5N6和H6N6分支。12株毒株的裂解位点均为高致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点为禽源受体,但S123P、S133A、I151T、T156A突变可增强病毒与人源受体的亲和力。HA基因糖基化位点分析显示,常见154位糖基化位点缺失,在124位(-NHTS)新增潜在糖基化位点。结论2018-2019年福建省禽类外环境中存在Clade 2.3.4.4h进化分支H5N6高致病性禽流感病毒,并且N6基因在进化上具有多样性,提示基因进化重组的可能,需加强对病毒分子进化的持续监测。
吴晶晶陈宏彬林琦张炎华鄢育青翁育伟
关键词：禽流感病毒遗传进化
福建省2021年3月—2022年2月新冠病毒Delta变异株感染及复阳者流行病学分析被引量：2
2023年
目的回顾性分析福建省2021年3月—2022年2月新冠病毒Delta变异株感染与复阳者的流行病学特征。方法通过中国疾病预防控制信息系统中的传染病报告卡收集福建省2020年10月1日—2022年9月30日的新冠病毒感染者信息,通过突发公共卫生事件管理信息系统中的流行病学调查报告获取本土暴发疫情中的个案传播关系。运用描述流行病学的方法分析Delta变异株感染者的三间分布特征和潜伏期,运用R软件的“R0”、“EpiEstim”包拟合暴发疫情中感染者的代间隔(SI)并估算实时再生数(Rt);分析复阳的发生率及其核酸检测情况,运用logistic回归分析复阳发生的影响因素。结果新冠病毒Delta变异株在福建省的流行时间大致为2021年3月—2022年2月,呈持续散在输入和本土局部暴发态势。输入性感染者以海员及长途驾驶员(28.99%)、学生(15.94%)以及商业服务人员(14.49%)为主,由厦门入境的感染者最多,主要来自东南亚和日本、美国、英国等地;本土疫情主要发生在莆田和厦门的学校和工厂,传播速度快,实时再生数(Rt)的最大值达7.35,代间隔(SI)服从Gamma分布,均值和标准差分别为2.28和2.06,中位潜伏期为6.50 d。复阳发生率为37.98%,本土感染者发生复阳的风险是输入性感染者的2.68倍(95%CI=1.45~4.95),病程为15~30 d的感染者发生复阳的风险是病程为45 d以上感染者的4.12倍(95%CI:1.18~14.34)。结论新冠病毒Delta变异株在福建省的流行时间大致为2021年3月—2022年2月,呈持续散在输入和本土局部暴发态势,输入性疫情防控压力较大,但暴发疫情得到迅速而有效的控制;Delta变异株感染者复阳发生率为37.98%,病程可能是复阳的影响因素。
张炎华叶雯婧欧剑鸣谢剑锋林琦黄枝妙翁育伟郑奎城
关键词：新型冠状病毒流行病学特征
福建省1株Salivirus病毒全基因组特征分析
2021年
目的了解福建地区Salivirus病毒的全基因组特征并对其遗传背景进行分析。方法对2018年福建省342份腹泻儿童粪便标本中检测到的1份Salivirus病毒阳性标本进行高通量测序,获得病毒全基因组序列FUAN-01。对FUAN-01全基因组核苷酸序列和VP1区的核苷酸及氨基酸进行遗传进化分析。结果 FUAN-01全长7907 bp。全基因组与参考株的核苷酸同源性为81.86%~98.21%,与KT182636株的同源性最高,二者ORF区(开放阅读框)编码蛋白存在14个氨基酸位点的差异。VP1区与参考株的核苷酸酸同源性为76.83%~97.81%,与KT182636株的同源性最高;氨基酸同源性为85.27%~99.22%,与KT182636株同源性最高。FUAN-01属于Salivirus A1(SAV-A1)基因型。结论首次在福建地区腹泻儿童粪便中发现Salivirus。国内SAV-A1株或由同一来源传入,与欧洲来源的病毒可能存在流行病学关联。需建立可靠的筛查办法,进一步对福建地区Salivirus的病原学及流行病学情况展开研究。
何文祥吴冰珊林琦陈炜翁育伟
关键词：全基因组遗传进化分析
福建省人感染H5N6禽流感病毒与外环境禽流感病毒相关性分析被引量：8
2018年
目的分析福建省外环境H5亚型禽流感病毒分布情况及与人感染H5N6禽流感的关系,为人感染禽流感的科学防治提供依据。方法收集2013-2017年福建省外环境常规监测标本信息,进行统计分析。从数据库下载相关禽流感病毒基因序列,进行基因同源性比对和系统进化分析。结果外环境监测结果统计分析显示:2013-2017年共采集样本4 903份,H5亚型阳性率为4.24%,且不同的网络实验室(χ~2=101.033)、监测场所(χ~2=45.526)、标本类型(χ~2=31.751)和季节(χ~2=48.174)阳性率均存在统计学差异(P<0.05)。福建省首例人感染H5N6禽流感(A/Fujian-Sanyuan/21099/2017)病毒全基因序列与6株福建省外环境H5N6病毒的同源性在85.1%~98.5%,与病家院中采集的1株加强监测外环境标本的HA和NA基因同源性分别为100.0%和99.9%。系统进化分析显示:福建省人感染H5N6病毒HA基因与加强监测的外环境H5N6病毒的进化距离最近,与其余6株距离较远,处在不同的进化分枝中,其基因源于H5N8病毒;而NA基因则与7株外环境H5N6病毒的进化距离较近,源于H5N6病毒。结论福建省冬春季外环境中禽流感活动较为活跃,应加强活禽交易市场的卫生管理工作。福建省发现的首例人感染H5N6禽流感与外环境禽流感病毒的重配可能存在一定的相关性。
陈平谢剑锋林琦赵琳张炎华陈宏彬翁育伟郑奎城
关键词：进化分析
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