张卡
- 作品数：4 被引量：6H指数：2
- 供职机构：华侨大学更多>>
- 发文基金：福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划教育部留学回国人员科研启动基金中央高校基本科研业务费专项资金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 基于ku70基因无痕缺失的米曲霉高效转化体系构建
- 米曲霉是一类重要的工业微生物，因其安全性和大量分泌蛋白质的能力在发酵工业中得到广泛应用。但由于米曲霉DNA双链断裂修复过程中，非同源末端整合的发生频率远高于同源重组，造成米曲霉基因打靶频率极低（通常低于10%），因此对其...
- 张卡
- 关键词：米曲霉基因打靶
- 米曲霉6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶基因(gnd)的克隆及生物信息学分析被引量：3
- 2012年
- 采用PCR技术从米曲霉CICC2012菌株基因组中克隆6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶基因(gnd),并利用生物信息学手段对其氨基酸序列、进化树、理化性质、蛋白质结构等进行分析。序列测定和分析结果表明,gnd基因序列长为1 723bp,包含1个1 551bp的开放阅读框,编码516个氨基酸;gnd基因编码的6PGDH氨基酸序列与黄曲霉6PGDH基因的同源性为99%,存在的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸磷酸化位点分别有11、2和6个;6PGDH蛋白分子量为57.3kD,等电点为5.63;gnd基因编码蛋白二级结构α-螺旋区域占44.57%,β-折叠区域占12.79%,无规则卷曲区域占42.64%;氨基酸残基11～195位点为NADP+结合区域。
- 吴晶晶洪志宏张卡陈宏文
- 关键词：米曲霉克隆生物信息学
- 米曲霉木糖醇脱氢酶的分子模建与对接被引量：3
- 2011年
- 【目的】研究米曲霉木糖醇脱氢酶基因的结构与功能。【方法】克隆测序来源于米曲霉的木糖醇脱氢酶(XDH)基因,利用Swiss-MODEL和Modeller对XDH进行三级结构模建,通过PROCHECK和Prosa2003对得到的4个目标模型进行评价,从中得到一个最佳模型。在同源建模的基础上,通过分子对接软件MolsoftICM-Pro,对辅因子进行对接,预测了XDH与NAD+、Zn2+作用的相关残基。寻找底物木糖醇与XDH结合的可能活性口袋,用Molsoft模拟XDH与木糖醇的对接,预测了酶与底物作用的关键氨基酸残基。【结果】结构分析显示,米曲霉XDH含有醇脱氢酶家族锌指纹结构和典型醇脱氢酶Rossmann折叠的辅酶结合域,属于Medium-chain脱氢酶(MDR)家族。通过对接研究,预测了XDH与NAD+之间形成氢键的氨基酸有Asp206、Arg211、Ser255、Ser301和Arg303,这些氨基酸位于结合域,与Zn2+形成氢键的氨基酸有His72和Glu73,位于催化域,与天然底物木糖醇形成氢键的氨基酸有Ile46、Ile349、Lys350和Thr351,位于催化域。【结论】所得信息对XDH分子定向改造、拓展米曲霉工业应用范围有重要意义。
- 陈宏文苟元波张卡方柏山
- 关键词：木糖醇脱氢酶米曲霉同源建模分子对接
- 米曲霉磷酸果糖激酶基因克隆及序列分析
- 2013年
- 磷酸果糖激酶(PFK)是糖酵解途径的重要调控酶。以酿酒米曲霉CICC2012为材料,克隆获得PFK基因pfkA(GenBank登录号:KC113503.1)。序列分析表明:pfkA序列长度为2 722bp,含有2个内含子,开放阅读框长2 358bp;PFK为785个氨基酸组成的亲水蛋白,分子量86.0kDa,等电点6.38,含有2个PFK家族指纹结构;二级结构包含42.68%的α-螺旋,14.27%的β-折叠和43.06%的无规则卷曲;同源建模三级结构PFK含有N端和C端的2个结构域,底物果糖-6-磷酸结合于N端结构域。采用进化树分析,发现米曲霉PFK与丝状真菌PFK亲缘性较近。
- 张卡杜钰陈宏文
- 关键词：米曲霉克隆
