苟元波
- 作品数：1 被引量：3H指数：1
- 供职机构：华侨大学生物工程与技术系更多>>
- 发文基金：福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划教育部留学回国人员科研启动基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 米曲霉木糖醇脱氢酶的分子模建与对接被引量：3
- 2011年
- 【目的】研究米曲霉木糖醇脱氢酶基因的结构与功能。【方法】克隆测序来源于米曲霉的木糖醇脱氢酶(XDH)基因,利用Swiss-MODEL和Modeller对XDH进行三级结构模建,通过PROCHECK和Prosa2003对得到的4个目标模型进行评价,从中得到一个最佳模型。在同源建模的基础上,通过分子对接软件MolsoftICM-Pro,对辅因子进行对接,预测了XDH与NAD+、Zn2+作用的相关残基。寻找底物木糖醇与XDH结合的可能活性口袋,用Molsoft模拟XDH与木糖醇的对接,预测了酶与底物作用的关键氨基酸残基。【结果】结构分析显示,米曲霉XDH含有醇脱氢酶家族锌指纹结构和典型醇脱氢酶Rossmann折叠的辅酶结合域,属于Medium-chain脱氢酶(MDR)家族。通过对接研究,预测了XDH与NAD+之间形成氢键的氨基酸有Asp206、Arg211、Ser255、Ser301和Arg303,这些氨基酸位于结合域,与Zn2+形成氢键的氨基酸有His72和Glu73,位于催化域,与天然底物木糖醇形成氢键的氨基酸有Ile46、Ile349、Lys350和Thr351,位于催化域。【结论】所得信息对XDH分子定向改造、拓展米曲霉工业应用范围有重要意义。
- 陈宏文苟元波张卡方柏山
- 关键词：木糖醇脱氢酶米曲霉同源建模分子对接
