杨凌云
- 作品数：5 被引量：5H指数：1
- 供职机构：苏州大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学理学更多>>
- 1种蛋白质Loop片段结构的概率生成模型
- 2010年
- 在计算生物学中,根据蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的结构是尚未解决的重要问题之一,而其中的1个难点是预测蛋白质中Loop片段的结构。本文用1阶马尔可夫模型为基础,通过对其训练,可根据氨基酸串和2级结构信息为蛋白质Loop片段概率建模和采样。其中用Ramachandran图示法的二面角对描述蛋白质结构,模型的训练和推理通过工具包Mocapy来完成。并使用KL交叉熵和角度差异值作为实验检验标准来完成Loop分布情况的测试实验,同时在从头预测Loop结构实验中预测CASP8中8个自由建模的蛋白质结构。与最流行的方法相比,本文提出的模型因为改进了Loop段的预测精度,从而可使得到的二面角对更加接近真实Loop结构中分布,同时在从头预测中提高整个蛋白质结构的预测精度。并且由于本文的模型具有概率推理特性,故在理论上也更具有无偏见性。
- 杨鹏吕强杨凌云吴进珍温炜
- 一种基于HMM的蛋白质侧链旋转异构体构造方法被引量：1
- 2011年
- 蛋白质侧链预测是蛋白质结构预测以及蛋白质设计中非常重要的子问题,而旋转异构体库的构造是进行侧链预测的基础,为预测提供搜索空间.现有的旋转异构体库考虑的是单个氨基酸的统计信息,没有考虑与之相邻的氨基酸对其构象产生的影响.本文提出一种基于隐马尔科夫模型的旋转异构体库构造方法,将相邻氨基酸的构象信息也考虑进来,产生与序列相关的旋转异构体库.并采用蛋白质预测程序Rosetta对CASP8中的12个自由建模蛋白质在本文提出的旋转异构体库基础上进行侧链预测,与基于经典的旋转异构体库的侧链预测结果相比,在预测精度上有了一定的提高.
- 温炜吕强杨鹏杨凌云吴进珍黄旭
- 关键词：隐马尔科夫模型
- 一种蛋白质点突变计算机预测的并行模型被引量：1
- 2012年
- 认识和预测蛋白质天然构象的波动对蛋白质-蛋白质对接和设计等应用是非常重要的.但是许多骨架柔性的方法会导致骨架较大幅度的波动.Backrub模型能够对骨架进行微小的扰动,符合高分辨率晶体结构中观察到的构象的微妙变化.本文提出了一种基于Backrub的并行扰动骨架和侧链的模型,可以对天然构象的等价状态进行模拟.这种并行扰动方式更加接近于真实情况下蛋白质构象的运动方式,更好地模拟了实验数据.通过预测10个点突变实例,相比串行随机扰动模型产生的构象,并行模型不仅从时间上提高了产生构象的速度,更提高了侧链的预测精度.
- 栾忠兰吕强杨凌云徐超
- 关键词：侧链
- 一种基于SVR的分辨近天然G蛋白耦联受体—配体构象的方法被引量：1
- 2011年
- 蛋白质小分子对接的难点之一是从生成的大量候选结构中挑选出近天然构象。本文使用了一种基于SVR的方法来挑选RosettaLigand生成的GPCR—配体decoy构象中的近天然构象。首先,对已有数据训练得到一个SVR模型,预测decoy构象的LRMSD,然后依此挑选近天然构象。最终,比较了本文方法和RosettaLigand方法挑选出的近天然构象decoy的质量,结果优于RosettaLigand方法,结果表明了本文方法能够有效地挑选出近天然构象。
- 杨凌云吕强
- 关键词：GPCRSVR分子对接
- 近邻传播聚类算法在蛋白质结构预测中的应用被引量：2
- 2010年
- 聚类是蛋白质结构预测中重要的后处理步骤,许多结构预测中都采取了不同的聚类算法.而AP聚类算法通过在数据点之间传递消息,经过若干次迭代后达到一种稳定状态,是构思巧妙的聚类算法.文中把AP聚类算法应用于蛋白质结构预测中,并在7个不同的数据集上进行了实验.结果表明,在采用RMSD进行结构相似性度量的情况下,AP算法有67%的结果优于Rosetta聚类算法或相当,是一种适合蛋白质结构聚类的算法.
- 黄旭吕强杨凌云钱培德
- 关键词：蛋白质结构预测RMSD
